seq1 = pF1KE5545.tfa, 1164 bp
seq2 = pF1KE5545/gi568815579r_4345501.tfa (gi568815579r:4345501_4554017), 208517 bp

>pF1KE5545 1164
>gi568815579r:4345501_4554017 (Chr19)

(complement)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-153  (100496-100560)   100% ->
154-282  (101526-101654)   100% ->
283-380  (105603-105700)   100% ->
381-456  (106393-106468)   100% ->
457-541  (107098-107182)   100% ->
542-761  (107299-107518)   100% ->
762-892  (107605-107735)   100% ->
893-1041  (107821-107969)   100% ->
1042-1164  (108395-108517)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCCGCTGCCGCCCTAGCCCGGCTGGAGCAGAAGCAGTCCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCCGCTGCCGCCCTAGCCCGGCTGGAGCAGAAGCAGTCCCGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGGCCCCACATCGCAGGACACCATCCGAAACCAGG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 CTGGGGCCCCACATCGCAGGACACCATCCGAAACCAGGGTG...CAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAAAGGAACTTCAAGCCGAAGCCACCGTCAGCGGGAGCCCCGAGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100499 GAAAGGAACTTCAAGCCGAAGCCACCGTCAGCGGGAGCCCCGAGGCCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGACCAACGTG         GTATCTGAGCCCAGAGAGGAAGGCTCTGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100549 GGGACCAACGTGGTA...CAGGTATCTGAGCCCAGAGAGGAAGGCTCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCACCTGGCTGTGCCTGGCGTGTACTTCACCTGTCCGCTCACTGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101555 CCACCTGGCTGTGCCTGGCGTGTACTTCACCTGTCCGCTCACTGGGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCTGAGGAAGGACCAGCGGGACGCCTGCATCAAGGAGGCCATTCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101605 CCCTGAGGAAGGACCAGCGGGACGCCTGCATCAAGGAGGCCATTCTCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283          CACTTCTCCACCGACCCAGTGGCCGCCTCCATCATGAAGAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101655 GTG...CAGCACTTCTCCACCGACCCAGTGGCCGCCTCCATCATGAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTACACGTTCAACAAAGACCAGGACCGGGTGAAGCTGGGTGTGGACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105644 CTACACGTTCAACAAAGACCAGGACCGGGTGAAGCTGGGTGTGGACACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGCCAA         GTACCTGGACAACATCCACCTGCACCCCGAGGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105694 TTGCCAAGTG...CAGGTACCTGGACAACATCCACCTGCACCCCGAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGAAGTACCGGAAGATCAAGCTGCAGAACAAGGTGTTTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106427 GAGAAGTACCGGAAGATCAAGCTGCAGAACAAGGTGTTTCAGGTG...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    457  GAGCGCATTAACTGCCTGGAAGGGACCCACGAGTTTTTTGAGGCCATTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107097 GGAGCGCATTAACTGCCTGGAAGGGACCCACGAGTTTTTTGAGGCCATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGTTCCAGAAGGTGTTGCTTCCCGCCCAGGATCAGG         AGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107147 GGTTCCAGAAGGTGTTGCTTCCCGCCCAGGATCAGGGTA...TAGAGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCCGAGGAGTTCTACGTGCTGAGCGAGACCACCTTGGCCCAGCCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107304 CCCGAGGAGTTCTACGTGCTGAGCGAGACCACCTTGGCCCAGCCCCAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCTGGAGAGGCACAAGGAACAGCTGCTGGCTGCGGAGCCCGTGCGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107354 CCTGGAGAGGCACAAGGAACAGCTGCTGGCTGCGGAGCCCGTGCGCGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGCTGGACAGGCAGCGCCGCGTCTTCCAGCCCTCGCCCCTGGCCTCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107404 AGCTGGACAGGCAGCGCCGCGTCTTCCAGCCCTCGCCCCTGGCCTCGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCGAACTGCCTGGGGACTTCTTCAACCTCACAGCAGAGGAGATCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107454 TTCGAACTGCCTGGGGACTTCTTCAACCTCACAGCAGAGGAGATCAAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGCAGAGGCTCAG         GTCCGAGGCGGTGGAGCGGCTGAGCG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107504 GGAGCAGAGGCTCAGGTG...CAGGTCCGAGGCGGTGGAGCGGCTGAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGCTGCGGACCAAGGCCATGCGGGAGAAGGAGGAGCAGCGGGGGCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107631 TGCTGCGGACCAAGGCCATGCGGGAGAAGGAGGAGCAGCGGGGGCTGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGTACAACTACACGCTGCTGCGCGTGCGCCTCCCCGATGGCTGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107681 AAGTACAACTACACGCTGCTGCGCGTGCGCCTCCCCGATGGCTGCCTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCAGG         GCACTTTCTACGCTCGGGAGCGGCTGGGGGCGGTGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107731 GCAGGGTG...CAGGCACTTTCTACGCTCGGGAGCGGCTGGGGGCGGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACGGGTTCGTCCGGGAGGCCCTGCAGAGCGACTGGCTGCCTTTTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107857 ACGGGTTCGTCCGGGAGGCCCTGCAGAGCGACTGGCTGCCTTTTGAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGGCCTCGGGAGGGCAGAAGCTGTCCGAGGACGAGAACCTGGCCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107907 CTGGCCTCGGGAGGGCAGAAGCTGTCCGAGGACGAGAACCTGGCCTTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CGAGTGCGGGCTG         GTGCCCTCTGCCCTCCTGACCTTCTCGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107957 CGAGTGCGGGCTGGTG...CAGGTGCCCTCTGCCCTCCTGACCTTCTCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGGACATGGCTGTGCTGGAGGACATCAAGGCCGCGGGGGCCGAGCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108423 GGGACATGGCTGTGCTGGAGGACATCAAGGCCGCGGGGGCCGAGCCGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1120 TCCATCCTGAAACCCGAGCTCCTGTCAGCCATCGAGAAGCTCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108473 TCCATCCTGAAACCCGAGCTCCTGTCAGCCATCGAGAAGCTCTTG