seq1 = pF1KE5544.tfa, 1143 bp
seq2 = pF1KE5544/gi568815591r_142825508.tfa (gi568815591r:142825508_143033459), 207952 bp

>pF1KE5544 1143
>gi568815591r:142825508_143033459 (Chr7)

(complement)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-226  (103014-103111)   100% ->
227-349  (103280-103402)   100% ->
350-487  (103895-104032)   100% ->
488-586  (104340-104438)   100% ->
587-762  (104594-104769)   100% ->
763-909  (105226-105372)   100% ->
910-1143  (107719-107952)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGGTTTTCTACCTAAGGCAGAAGGGCCCGGGAGCCAACTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGGTTTTCTACCTAAGGCAGAAGGGCCCGGGAGCCAACTCCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTTCTGCCCTCCTTTCTGGTCAGAGAACAAGACTGGGACCAGCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTTCTGCCCTCCTTTCTGGTCAGAGAACAAGACTGGGACCAGCACCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAAGCTTCATATGCTGCAGCAGAAGAG         GATTCTAGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 ACAAGCTTCATATGCTGCAGCAGAAGAGGTA...CAGGATTCTAGAGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCACTGCTTCGAGCATCCAAGGAAAATGACCTGTCTGTTCTTAGGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103027 CCACTGCTTCGAGCATCCAAGGAAAATGACCTGTCTGTTCTTAGGCAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTACTGGACTGCACCTGTGACGTTCGACAAAGAG         GAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103077 TCTACTGGACTGCACCTGTGACGTTCGACAAAGAGGTG...CAGGAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGGGGAGACGGCGCTGCACATAGCAGCCCTCTATGACAACTTGGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103286 TGGGGGAGACGGCGCTGCACATAGCAGCCCTCTATGACAACTTGGAGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCTTGGTGCTGATGGAGGCTGCCCCAGAGCTGGTCTTTGAGCCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103336 GCCTTGGTGCTGATGGAGGCTGCCCCAGAGCTGGTCTTTGAGCCCACCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATGTGAGGCTTTTGCAG         GTCAGACTGCACTGCACATCGCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103386 ATGTGAGGCTTTTGCAGGTA...CAGGTCAGACTGCACTGCACATCGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGTGAACCAGAATGTGAACCTGGTGCGTGCCCTGCTCACCCGCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103919 TTGTGAACCAGAATGTGAACCTGGTGCGTGCCCTGCTCACCCGCAGGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTGTCTCTGCCAGAGCCACAGGCACTGCCTTCCGCCATAGTCCCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103969 AGTGTCTCTGCCAGAGCCACAGGCACTGCCTTCCGCCATAGTCCCCGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTCATCTACTTTG         GGGAGCACCCTTTGTCCTTTGCTGCCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104019 CCTCATCTACTTTGGTG...CAGGGGAGCACCCTTTGTCCTTTGCTGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGTGAACAGCGAGGAGATCGTGCGGCTGCTCATTGAGCATGGAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104367 GTGTGAACAGCGAGGAGATCGTGCGGCTGCTCATTGAGCATGGAGCTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCAGGGCCCAGGACTCCCTGG         GAAACACAGTATTACACAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104417 ATCAGGGCCCAGGACTCCCTGGGTA...CAGGAAACACAGTATTACACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTCATCCTCCAGCCCAACAAAACCTTTGCCTGCCAGATGTACAACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104613 CCTCATCCTCCAGCCCAACAAAACCTTTGCCTGCCAGATGTACAACCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCTGTCCTATGATGGACATGGGGACCACCTGCAGCCCCTGGACCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104663 TGCTGTCCTATGATGGACATGGGGACCACCTGCAGCCCCTGGACCTTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCCAATCACCAGGGTCTCACCCCCTTCAAGCTGGCTGGAGTGGAGGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104713 CCCAATCACCAGGGTCTCACCCCCTTCAAGCTGGCTGGAGTGGAGGGTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACTGTG         ATGTTCCAGCACCTGATGCAGAAGCGGAGGCACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104763 CACTGTGGTA...CAGATGTTCCAGCACCTGATGCAGAAGCGGAGGCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCAGTGGACGTATGGACCCCTGACCTCCATTCTCTACGACCTCACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105260 TCCAGTGGACGTATGGACCCCTGACCTCCATTCTCTACGACCTCACGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATCGACTCCTGGGGAGAGGAGCTGTCCTTCCTGGAGCTTGTGGTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105310 ATCGACTCCTGGGGAGAGGAGCTGTCCTTCCTGGAGCTTGTGGTCTCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGATAAACGAGAG         GCTCGCCAAATTCTGGAACAGACCCCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105360 TGATAAACGAGAGGTA...CAGGCTCGCCAAATTCTGGAACAGACCCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAAGGAGCTGGTGAGCTTCAAGTGGAACAAGTATGGCCGGCCGTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107747 TGAAGGAGCTGGTGAGCTTCAAGTGGAACAAGTATGGCCGGCCGTACTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TGCATCCTGGCTGCCTTGTACCTGCTCTACATGATCTGCTTTACTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107797 TGCATCCTGGCTGCCTTGTACCTGCTCTACATGATCTGCTTTACTACGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTGCGTCTACCGCCCCCTTAAGTTTCGTGGTGGCAACCGCACTCATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107847 CTGCGTCTACCGCCCCCTTAAGTTTCGTGGTGGCAACCGCACTCATTCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GAGACATCACCATCCTCCAGCAAAAACTACTACAGGTGATTCTCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107897 GAGACATCACCATCCTCCAGCAAAAACTACTACAGGTGATTCTCCTCAGA

   1200     .
   1138 AGGGGA
        ||||||
 107947 AGGGGA