seq1 = pF1KE5542.tfa, 1095 bp
seq2 = pF1KE5542/gi568815575r_101737492.tfa (gi568815575r:101737492_101942792), 205301 bp

>pF1KE5542 1095
>gi568815575r:101737492_101942792 (ChrX)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-135  (100820-100903)   100% ->
136-240  (101015-101119)   100% ->
241-321  (101235-101315)   100% ->
322-391  (101463-101532)   100% ->
392-480  (101689-101777)   100% ->
481-588  (101898-102005)   100% ->
589-698  (102185-102294)   100% ->
699-735  (103967-104003)   100% ->
736-804  (104383-104451)   100% ->
805-860  (104538-104593)   100% ->
861-919  (104953-105011)   100% ->
920-1082  (105139-105301)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCGGAACACACAAGATGAAAACATGAGGAAATGGTTCAAGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCGGAACACACAAGATGAAAACATGAGGAAATGGTTCAAGGTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 A         ATTCCTTATGGGATAAAGTATGACAAGGCATGGCTAATGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTG...TAGATTCCTTATGGGATAAAGTATGACAAGGCATGGCTAATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTCAATCCAGAGCAATTGCAGTGTCCCCTTCACTCCGGTTGAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100860 ATTCAATCCAGAGCAATTGCAGTGTCCCCTTCACTCCGGTTGATGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    TTCCACTACATCCGAAATCGGGCATGCTTCTTTGTCCAGGTTGCTAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101012 TAGTTCCACTACATCCGAAATCGGGCATGCTTCTTTGTCCAGGTTGCTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCTGCCTCTGCATTGAAGGATGTCAGTTATAAGATTTATGATGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101062 TGCTGCCTCTGCATTGAAGGATGTCAGTTATAAGATTTATGATGATGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAAAAG         ATATGTATATTTGTCAGTCATTTTACTGCGCCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101112 ACCAAAAGGTG...CAGATATGTATATTTGTCAGTCATTTTACTGCGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TACTCTGTGAAGAATAAGTTGAAGCCAGGCCAAATGGAGATGCTAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101268 TACTCTGTGAAGAATAAGTTGAAGCCAGGCCAAATGGAGATGCTAAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322        CTGACCATGAACAAACGGTACAATGTCTCCCAGCAAGCTCTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101318 A...CAGCTGACCATGAACAAACGGTACAATGTCTCCCAGCAAGCTCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATCTCCAGAATCTCCGCTTTGACCCAG         ACTTGATGGGCCGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101506 ATCTCCAGAATCTCCGCTTTGACCCAGGTA...AAGACTTGATGGGCCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GACATTGATATAATCCTGAATCGAAGAAACTGCATGGCTGCCACCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101703 GACATTGATATAATCCTGAATCGAAGAAACTGCATGGCTGCCACCCTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GATCACTGAAAGAAATTTCCCTGAG         CTGTTGTCTTTGAACT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101753 GATCACTGAAAGAAATTTCCCTGAGGTG...AAGCTGTTGTCTTTGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGTGCAACAACAAACTGTACCAGCTGGATGGCCTTTCTGACATTACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101914 TGTGCAACAACAAACTGTACCAGCTGGATGGCCTTTCTGACATTACAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAGGCTCCCAAAGTCAAGACCCTGAATCTCTCCAAAAATAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101964 AAGGCTCCCAAAGTCAAGACCCTGAATCTCTCCAAAAATAAGGTG...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589  CTGGAGTCGGCGTGGGAGTTGGGCAAGGTGAAAGGGCTGAAGCTCGAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102184 GCTGGAGTCGGCGTGGGAGTTGGGCAAGGTGAAAGGGCTGAAGCTCGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGCTATGGCTAGAAGGGAACCCGTTGTGCAGCACCTTCTCGGACCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102234 AGCTATGGCTAGAAGGGAACCCGTTGTGCAGCACCTTCTCGGACCAGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCCTATGTAAG         TGCCATCCGGGATTGTTTCCCCAAGTTGTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102284 GCCTATGTAAGGTC...CAGTGCCATCCGGGATTGTTTCCCCAAGTTGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ACGCCTG         GACGGCCGAGAGTTATCCGCACCAGTGATTGTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103997 ACGCCTGGTA...CAGGACGGCCGAGAGTTATCCGCACCAGTGATTGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 ACATTGACAGCTCTGAGACAATGAAACCCTGCAAG         GAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104417 ACATTGACAGCTCTGAGACAATGAAACCCTGCAAGGTG...CAGGAAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 TTTACTGGATCTGAGACCCTAAAGCATTTAGTCCTGCAATTCCTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104544 TTTACTGGATCTGAGACCCTAAAGCATTTAGTCCTGCAATTCCTGCAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861          GAGCAACTTGTGCAAGTACTTCAAGGATAGCAGGAATATAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104594 GTG...TAGGAGCAACTTGTGCAAGTACTTCAAGGATAGCAGGAATATAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 AAATTCTCAAAGACCCCT         ACCTGCAGAGGAAGCTGCTAAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104994 AAATTCTCAAAGACCCCTGTA...TAGACCTGCAGAGGAAGCTGCTAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 CACACAAAATGTCCACGAAACGTGGACTCCCTCAGTGCATTGCCTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105162 CACACAAAATGTCCACGAAACGTGGACTCCCTCAGTGCATTGCCTGAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 TCAGCATGACTTCACCTCCATCCTGGTGGACATGTGGTACCAGACCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105212 TCAGCATGACTTCACCTCCATCCTGGTGGACATGTGGTACCAGACCGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 ACACCTGCTTCCTCCCTCGGGCAGGCCCAGAGAGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105262 ACACCTGCTTCCTCCCTCGGGCAGGCCCAGAGAGCCAGAG