seq1 = pF1KE5540.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KE5540/gi568815589r_133231872.tfa (gi568815589r:133231872_133436132), 204261 bp

>pF1KE5540 1083
>gi568815589r:133231872_133436132 (Chr9)

(complement)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-304  (101532-101741)   100% ->
305-393  (102327-102415)   100% ->
394-606  (103373-103585)   100% ->
607-1083  (103785-104261)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCTCTACTCGCCAAGGACGCCTACCTGCAGAGCCTGGCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCTCTACTCGCCAAGGACGCCTACCTGCAGAGCCTGGCCAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCTGCTCCCATTCGGCCCCGGAACAGCAGGCGCGCACGCGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 GATCTGCTCCCATTCGGCCCCGGAACAGCAGGCGCGCACGCGGGGTA...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    CTGGCAAAACTCAAGGCTCAGAAACTGCAGGGCCCCCAAAAAAGAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101529 CAGCTGGCAAAACTCAAGGCTCAGAAACTGCAGGGCCCCCAAAAAAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGAAGAAAACACAAAAGAAATTCCGGAAGCGAGAAGAGAAGGCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101579 AGGAAGAAAACACAAAAGAAATTCCGGAAGCGAGAAGAGAAGGCTGCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCACAAGGCCAAGTCCTTGGGGGAGAAATCTCCAGCAGCCTCTGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101629 GCACAAGGCCAAGTCCTTGGGGGAGAAATCTCCAGCAGCCTCTGGGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAGGCCTGAGGCAGCCAAAGAGGAAGCAGCTTGGGCTTCCAGCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101679 GGAGGCCTGAGGCAGCCAAAGAGGAAGCAGCTTGGGCTTCCAGCTCAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGAACCCTGCAG         ATGGCCTGGCCACTGAGCCTGAGTCTGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101729 GGGAACCCTGCAGGTG...CAGATGGCCTGGCCACTGAGCCTGAGTCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTTGCTCTGGATGTTCTGCGACAGCGACTGCATGAGAAGATCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102355 CTTTGCTCTGGATGTTCTGCGACAGCGACTGCATGAGAAGATCCAGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCGGGGCCAG         GGCAGTGCCAAGGAGCTGTCCCCTGCCGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102405 CCCGGGGCCAGGTA...CAGGGCAGTGCCAAGGAGCTGTCCCCTGCCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGGAGAAAAGGCGGCGGAGAAAGCAGGAACGGGACCGGAAGAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103403 TTGGAGAAAAGGCGGCGGAGAAAGCAGGAACGGGACCGGAAGAAGAGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCGAAAGGAGCTGCGGGCGAAAGAGAAGGCCAGGAAGGCTGAGGAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103453 GCGAAAGGAGCTGCGGGCGAAAGAGAAGGCCAGGAAGGCTGAGGAGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGGAGGCCCAGGAGGTGGTGGAGGCAACCCCAGAGGGGGCCTGCACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103503 CGGAGGCCCAGGAGGTGGTGGAGGCAACCCCAGAGGGGGCCTGCACGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCGCGGGAGCCGCCCGGGCTGATCTTCAATAAG         GTGGAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103553 CCGCGGGAGCCGCCCGGGCTGATCTTCAATAAGGTG...CAGGTGGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGCGAAGACGAGCCGGCCAGCAAGGCGCAGCGCAGAAAAGAGAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103793 GAGCGAAGACGAGCCGGCCAGCAAGGCGCAGCGCAGAAAAGAGAAGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGAGGGTGAAGGGGAACCTCACGCCGCTGACCGGGAGGAACTACCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103843 AGAGGGTGAAGGGGAACCTCACGCCGCTGACCGGGAGGAACTACCGGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTGCTGGAGCGCCTGCAGGCACGGCAGAGCCGGCTGGACGAGCTGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103893 CTGCTGGAGCGCCTGCAGGCACGGCAGAGCCGGCTGGACGAGCTGCGCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCAGGATGAGGGGAAGGCGCAGGAGCTGGAGGCGAAGATGAAGTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103943 CCAGGATGAGGGGAAGGCGCAGGAGCTGGAGGCGAAGATGAAGTGGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACCTCCTCTACAAGGCGGAGGGCGTGAAGATCCGTGACGACGAACGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103993 ACCTCCTCTACAAGGCGGAGGGCGTGAAGATCCGTGACGACGAACGCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGCAGGAGGCCCTGAAGCGCAAGGAGAAGCGCAGGGCGCAGCGGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104043 CTGCAGGAGGCCCTGAAGCGCAAGGAGAAGCGCAGGGCGCAGCGGCAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCGGTGGGAGAAGCGCACGGCCGGCGTGGTGGAGAAGATGCAGCAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104093 CCGGTGGGAGAAGCGCACGGCCGGCGTGGTGGAGAAGATGCAGCAGCGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGGACCGGCGGCGGCAGAACCTGCGCAGGAAGAAGGCGGCCCGCGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104143 AGGACCGGCGGCGGCAGAACCTGCGCAGGAAGAAGGCGGCCCGCGCCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CGCCGCCTGCTCAGAGCCCGCAAGAAGGGCCGCATCCTGCCGCAGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104193 CGCCGCCTGCTCAGAGCCCGCAAGAAGGGCCGCATCCTGCCGCAGGACCT

   1100     .    :    .
   1065 GGAGCGCGCAGGCCTGGTC
        |||||||||||||||||||
 104243 GGAGCGCGCAGGCCTGGTC