seq1 = pF1KE5539.tfa, 1119 bp
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>pF1KE5539 1119
>gi568815576f:38942931_39152692 (Chr22)

12-171  (100001-100160)   100% ->
172-451  (102011-102290)   99% ->
452-566  (102498-102612)   100% ->
567-723  (106495-106651)   99% ->
724-1003  (109144-109423)   100% ->
1004-1119  (109647-109762)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     12 CTTCAGAAACACAGTGGAGCGAATGTATCGAGACACATTCTCCTACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 CTTCAGAAACACAGTGGAGCGAATGTATCGAGACACATTCTCCTACAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     62 TTTATAATAGACCCATCCTTTCTCGTCGGAATACCGTCTGGCTGTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTATAATAGACCCATCCTTTCTCGTCGGAATACCGTCTGGCTGTGCTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    112 GAAGTGAAAACAAAGGGTCCCTCAAGGCCCCGTTTGGACGCAAAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAGTGAAAACAAAGGGTCCCTCAAGGCCCCGTTTGGACGCAAAGATCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    162 TCGAGGCCAG         GTGTATTCCCAGCCTGAGCACCACGCAGAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGAGGCCAGGTA...CAGGTGTATTCCCAGCCTGAGCACCACGCAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    203 TGTGCTTCCTCTCTTGGTTCTGTGGCAACCAGCTGCCTGCTTACAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102042 TGTGCTTCCTCTCTTGGTTCTGTGGCAACCAGCTGCCTGCTTACAAGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253 TTCCAGATCACCTGGTTTGTATCCTGGACCCCCTGCCCGGACTGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102092 TTCCAGATCACCTGGTTTGTATCCTGGACCCCCTGCCCGGACTGTGTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    303 GAAGCTGGCCGAATTCCTGTCTGAGCACCCCAATGTCACCCTGACCATCT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 102142 GAAGCTGGCCGAATTCCTGGCTGAGCACCCCAATGTCACCCTGACCATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    353 CCGCCGCCCGCCTCTACTACTACTGGGAAAGAGATTACCGAAGGGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102192 CCGCCGCCCGCCTCTACTACTACTGGGAAAGAGATTACCGAAGGGCGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    403 TGCAGGCTGAGTCAGGCAGGGGCCCGTGTGAAGATTATGGACGATGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||>
 102242 TGCAGGCTGAGTCAGGCAGGGGCCCGCGTGAAGATTATGGACGATGAAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    452         AATTTGCATACTGCTGGGAAAACTTTGTGTACAGTGAAGGTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102292 TG...CAGAATTTGCATACTGCTGGGAAAACTTTGTGTACAGTGAAGGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    494 AGCCATTCATGCCTTGGTACAAATTCGATGACAATTATGCATTCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102540 AGCCATTCATGCCTTGGTACAAATTCGATGACAATTATGCATTCCTGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    544 CGCACGCTAAAGGAGATTCTCAG         AAACCCGATGGAGGCAAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102590 CGCACGCTAAAGGAGATTCTCAGGTG...CAGAAACCCGATGGAGGCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    585 GTATCCACACATATTCTACTTCCACTTTAAAAACCTACGCAAAGCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106513 GTATCCACACATATTCTACTTCCACTTTAAAAACCTACGCAAAGCCTATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    635 GTCGGAACGAAAGCTGGCTGTGCTTCACCATGGAAGTTGTAAAGCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106563 GTCGGAACGAAAGCTGGCTGTGCTTCACCATGGAAGTTGTAAAGCACCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    685 TCACCTATCTCCTGGAAGAGGGGCGTCTTCCGAAACCAG         GT
        |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106613 TCACCTGTCTCCTGGAAGAGGGGCGTCTTCCGAAACCAGGTA...CAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    726 GGATCCTGAGACCCATTGTCATGCAGAAAGGTGCTTCCTCTCTTGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109146 GGATCCTGAGACCCATTGTCATGCAGAAAGGTGCTTCCTCTCTTGGTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776 GTGACGACATACTGTCTCCTAACACAAACTACGAGGTCACCTGGTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109196 GTGACGACATACTGTCTCCTAACACAAACTACGAGGTCACCTGGTACACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    826 TCTTGGAGCCCTTGCCCAGAGTGTGCAGGGGAGGTGGCCGAGTTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109246 TCTTGGAGCCCTTGCCCAGAGTGTGCAGGGGAGGTGGCCGAGTTCCTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    876 CAGGCACAGCAACGTGAATCTCACCATCTTCACCGCCCGCCTCTACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109296 CAGGCACAGCAACGTGAATCTCACCATCTTCACCGCCCGCCTCTACTACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    926 TCTGGGATACAGATTACCAGGAGGGGCTCCGCAGCCTGAGTCAGGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109346 TCTGGGATACAGATTACCAGGAGGGGCTCCGCAGCCTGAGTCAGGAAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    976 GCCTCCGTGGAGATCATGGGCTACAAAG         ATTTTAAATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109396 GCCTCCGTGGAGATCATGGGCTACAAAGGTG...CAGATTTTAAATATTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1017 TTGGGAAAACTTTGTGTACAATGATGATGAGCCATTCAAGCCTTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109660 TTGGGAAAACTTTGTGTACAATGATGATGAGCCATTCAAGCCTTGGAAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1067 GACTAAAATACAACTTTCTATTCCTGGACAGCAAGCTGCAGGAGATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109710 GACTAAAATACAACTTTCTATTCCTGGACAGCAAGCTGCAGGAGATTCTC

   1150 
   1117 GAG
        |||
 109760 GAG