seq1 = pF1KE5534.tfa, 1311 bp
seq2 = pF1KE5534/gi568815587f_117994816.tfa (gi568815587f:117994816_118217455), 222640 bp

>pF1KE5534 1311
>gi568815587f:117994816_118217455 (Chr11)

1-43  (99999-100040)   95% ->
44-157  (104170-104283)   100% ->
158-310  (108286-108438)   100% ->
311-440  (109876-110005)   100% ->
441-542  (112959-113060)   100% ->
543-583  (114041-114081)   100% ->
584-743  (116926-117085)   99% ->
744-910  (118454-118620)   100% ->
911-1009  (120014-120112)   100% ->
1010-1152  (120323-120465)   100% ->
1153-1311  (122490-122645)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTACAGGATCCTGACAGTGATCAACCTCTGAACAGCCTCG       
        | -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
  99999 AA TTACAGGATCCTGACAGTGATCAACCTCTGAACAGCCTCGGTA...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   ATGTCAAACCCCTGCGCAAACCCCGTATCCCCATGGAGACCTTCAGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104168 AGATGTCAAACCCCTGCGCAAACCCCGTATCCCCATGGAGACCTTCAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGTGGGGATCCCCATCATCATAGCACTACTGAGCCTGGCGAGTATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104218 AGGTGGGGATCCCCATCATCATAGCACTACTGAGCCTGGCGAGTATCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTGTGGTTGTCCTCA         TCAAGGTGATTCTGGATAAATACTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104268 ATTGTGGTTGTCCTCAGTA...CAGTCAAGGTGATTCTGGATAAATACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTCCTCTGCGGGCAGCCTCTCCACTTCATCCCGAGGAAGCAGCTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108311 CTTCCTCTGCGGGCAGCCTCTCCACTTCATCCCGAGGAAGCAGCTGTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACGGAGAGCTGGACTGTCCCTTGGGGGAGGACGAGGAGCACTGTGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108361 ACGGAGAGCTGGACTGTCCCTTGGGGGAGGACGAGGAGCACTGTGTCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCTTCCCCGAAGGGCCTGCAGTGGCAG         TCCGCCTCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108411 AGCTTCCCCGAAGGGCCTGCAGTGGCAGGTG...CAGTCCGCCTCTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGACCGATCCACACTGCAGGTGCTGGACTCGGCCACAGGGAACTGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109889 GGACCGATCCACACTGCAGGTGCTGGACTCGGCCACAGGGAACTGGTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCCTGTTTCGACAACTTCACAGAAGCTCTCGCTGAGACAGCCTGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109939 CTGCCTGTTTCGACAACTTCACAGAAGCTCTCGCTGAGACAGCCTGTAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGATGGGCTACAGCAG         CAAACCCACTTTCAGAGCTGTGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109989 CAGATGGGCTACAGCAGGTA...CAGCAAACCCACTTTCAGAGCTGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GATTGGCCCAGACCAGGATCTGGATGTTGTTGAAATCACAGAAAACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112983 GATTGGCCCAGACCAGGATCTGGATGTTGTTGAAATCACAGAAAACAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGAGCTTCGCATGCGGAACTCAAGTGG         GCCCTGTCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113033 AGGAGCTTCGCATGCGGAACTCAAGTGGGTA...CAGGCCCTGTCTCTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGCTCCCTGGTCTCCCTGCACTGTCTTG         CCTGTGGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114054 GGCTCCCTGGTCTCCCTGCACTGTCTTGGTG...CAGCCTGTGGGAAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCTGAAGACCCCCCGTGTGGTGGGTGGGGAGGAGGCCTCTGTGGATTCTT
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 116939 CCTGAAGACCCCCCGTGTGGTGGGTGTGGAGGAGGCCTCTGTGGATTCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGCCTTGGCAGGTCAGCATCCAGTACGACAAACAGCACGTCTGTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116989 GGCCTTGGCAGGTCAGCATCCAGTACGACAAACAGCACGTCTGTGGAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGCATCCTGGACCCCCACTGGGTCCTCACGGCAGCCCACTGCTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 117039 AGCATCCTGGACCCCCACTGGGTCCTCACGGCAGCCCACTGCTTCAGGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    744       GAAACATACCGATGTGTTCAACTGGAAGGTGCGGGCAGGCTCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117089 ...CAGGAAACATACCGATGTGTTCAACTGGAAGGTGCGGGCAGGCTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACAAACTGGGCAGCTTCCCATCCCTGGCTGTGGCCAAGATCATCATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118498 ACAAACTGGGCAGCTTCCCATCCCTGGCTGTGGCCAAGATCATCATCATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAATTCAACCCCATGTACCCCAAAGACAATGACATCGCCCTCATGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118548 GAATTCAACCCCATGTACCCCAAAGACAATGACATCGCCCTCATGAAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCAGTTCCCACTCACTTTCTCAG         GCACAGTCAGGCCCATCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 118598 GCAGTTCCCACTCACTTTCTCAGGTG...CAGGCACAGTCAGGCCCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GTCTGCCCTTCTTTGATGAGGAGCTCACTCCAGCCACCCCACTCTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120032 GTCTGCCCTTCTTTGATGAGGAGCTCACTCCAGCCACCCCACTCTGGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATTGGATGGGGCTTTACGAAGCAGAATGGAG         GGAAGATGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120082 ATTGGATGGGGCTTTACGAAGCAGAATGGAGGTA...CAGGGAAGATGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGACATACTGCTGCAGGCGTCAGTCCAGGTCATTGACAGCACACGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120333 TGACATACTGCTGCAGGCGTCAGTCCAGGTCATTGACAGCACACGGTGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGCAGACGATGCGTACCAGGGGGAAGTCACCGAGAAGATGATGTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120383 ATGCAGACGATGCGTACCAGGGGGAAGTCACCGAGAAGATGATGTGTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGCATCCCGGAAGGGGGTGTGGACACCTGCCAG         GGTGACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120433 GGCATCCCGGAAGGGGGTGTGGACACCTGCCAGGTG...CAGGGTGACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGGTGGGCCCCTGATGTACCAATCTGACCAGTGGCATGTGGTGGGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122498 TGGTGGGCCCCTGATGTACCAATCTGACCAGTGGCATGTGGTGGGCATCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTAGCTGGGGCTATGGCTGCGGGGGCCCGAGCACCCCAGGAGTATACACC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122548 TTAGTTGGGGCTATGGCTGCGGGGGCCCGAGCACCCCAGGAGTATACACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAGGTCTCAGCCTATCTCAACTGGATCTACAATGTCTGGAAGGCTGAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-| ||--
 122598 AAGGTCTCAGCCTATCTCAACTGGATCTACAATGTCTGGAAGG TAAG  

   1400 
   1311 G
        |
 122645 G