seq1 = pF1KE5533.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KE5533/gi568815592r_143395710.tfa (gi568815592r:143395710_143611550), 215841 bp

>pF1KE5533 1401
>gi568815592r:143395710_143611550 (Chr6)

(complement)

1-224  (99917-100140)   100% ->
225-412  (104127-104314)   100% ->
413-752  (107299-107638)   100% ->
753-963  (108986-109196)   100% ->
964-1154  (109429-109619)   98% ->
1155-1263  (114054-114162)   100% ->
1264-1401  (115704-115841)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCCCCAGGAGCTCCCCAGGCTCGCGTTCCCGTTGCTGCTGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99917 ATGCGGCCCCAGGAGCTCCCCAGGCTCGCGTTCCCGTTGCTGCTGTTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTGCTGCTGCTGCCGCCGCCGCCGTGCCCTGCCCACAGCGCCACGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99967 GTTGCTGCTGCTGCCGCCGCCGCCGTGCCCTGCCCACAGCGCCACGCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGACCCCACCTGGGAGTCCCTGGACGCCCGCCAGCTGCCCGCGTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 TCGACCCCACCTGGGAGTCCCTGGACGCCCGCCAGCTGCCCGCGTGGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCAGGCCAAGTTCGGCATCTTCATCCACTGGGGAGTGTTTTCCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 GACCAGGCCAAGTTCGGCATCTTCATCCACTGGGGAGTGTTTTCCGTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCTTCGGTAGCGAGTGGTTCTG         GTGGTATTGGCAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100117 CAGCTTCGGTAGCGAGTGGTTCTGGTG...TAGGTGGTATTGGCAAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAAGATACCGAAGTATGTGGAATTTATGAAAGATAATTACCCTCCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104144 AAAAGATACCGAAGTATGTGGAATTTATGAAAGATAATTACCCTCCTAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCAAATATGAAGATTTTGGACCACTATTTACAGCAAAATTTTTTAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104194 TTCAAATATGAAGATTTTGGACCACTATTTACAGCAAAATTTTTTAATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAACCAGTGGGCAGATATTTTTCAGGCCTCTGGTGCCAAATACATTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104244 CAACCAGTGGGCAGATATTTTTCAGGCCTCTGGTGCCAAATACATTGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TAACTTCCAAACATCATGAAG         GCTTTACCTTGTGGGGGTCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104294 TAACTTCCAAACATCATGAAGGTA...TAGGCTTTACCTTGTGGGGGTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAATATTCGTGGAACTGGAATGCCATAGATGAGGGGCCCAAGAGGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107319 GAATATTCGTGGAACTGGAATGCCATAGATGAGGGGCCCAAGAGGGACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTCAAGGAACTTGAGGTAGCCATTAGGAACAGAACTGACCTGCGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107369 TGTCAAGGAACTTGAGGTAGCCATTAGGAACAGAACTGACCTGCGTTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GACTGTACTATTCCCTTTTTGAATGGTTTCATCCGCTCTTCCTTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107419 GACTGTACTATTCCCTTTTTGAATGGTTTCATCCGCTCTTCCTTGAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAATCCAGTTCATTCCATAAGCGGCAATTTCCAGTTTCTAAGACATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107469 GAATCCAGTTCATTCCATAAGCGGCAATTTCCAGTTTCTAAGACATTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGAGCTCTATGAGTTAGTGAACAACTATCAGCCTGAGGTTCTGTGGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107519 AGAGCTCTATGAGTTAGTGAACAACTATCAGCCTGAGGTTCTGTGGTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ATGGTGACGGAGGAGCACCGGATCAATACTGGAACAGCACAGGCTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107569 ATGGTGACGGAGGAGCACCGGATCAATACTGGAACAGCACAGGCTTCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCCTGGTTATATAATGAAAG         CCCAGTTCGGGGCACAGTAGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107619 GCCTGGTTATATAATGAAAGGTG...CAGCCCAGTTCGGGGCACAGTAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CACCAATGATCGTTGGGGAGCTGGTAGCATCTGTAAGCATGGTGGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109007 CACCAATGATCGTTGGGGAGCTGGTAGCATCTGTAAGCATGGTGGCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATACCTGCAGTGATCGTTATAACCCAGGACATCTTTTGCCACATAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109057 ATACCTGCAGTGATCGTTATAACCCAGGACATCTTTTGCCACATAAATGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAAAACTGCATGACAATAGACAAACTGTCCTGGGGCTATAGGAGGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109107 GAAAACTGCATGACAATAGACAAACTGTCCTGGGGCTATAGGAGGGAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGGAATCTCTGACTATCTTACAATTGAAGAATTGGTGAAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109157 TGGAATCTCTGACTATCTTACAATTGAAGAATTGGTGAAGGTA...TAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AACTTGTAGAGACAGTTTCATGTGGAGGAAATCTTTTGATGAATATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109430 AACTTGTAGAGACAGTTTCATGTGGAGGAAATCTTTTGATGAATATTGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CCCACACTAGATGGCACCATTTCTGTAGTTTTTGAGGAGCGACTGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109480 CCCACACTAGATGGCACCATTTCTGTAGTTTTTGAGGAGCGACTGAGGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGTGGGGTCCTGGCTAAAAGTCAATGGAGAAGCTATTTATGAAACCTATA
        | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 109530 AATGGGGTCCTGGCTAAAAGTCAATGGAGAAGCTATTTATGAAACCCATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CCTGGCGATCCCAGAATGACACTGTCACCCCAGATGTGTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109580 CCTGGCGATCCCAGAATGACACTGTCACCCCAGATGTGTGGTA...CAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TACACATCCAAGCCTAAAGAAAAATTAGTCTATGCCATTTTTCTTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114055 TACACATCCAAGCCTAAAGAAAAATTAGTCTATGCCATTTTTCTTAAATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GCCCACATCAGGACAGCTGTTCCTTGGCCATCCCAAAGCTATTCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114105 GCCCACATCAGGACAGCTGTTCCTTGGCCATCCCAAAGCTATTCTGGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CAACAGAG         GTGAAACTACTGGGCCATGGACAGCCACTTAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114155 CAACAGAGGTA...CAGGTGAAACTACTGGGCCATGGACAGCCACTTAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TGGATTTCTTTGGAGCAAAATGGCATTATGGTAGAACTGCCACAGCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115737 TGGATTTCTTTGGAGCAAAATGGCATTATGGTAGAACTGCCACAGCTAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CATTCATCAGATGCCGTGTAAATGGGGCTGGGCTCTAGCCCTAACTAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 115787 CATTCATCAGATGCCGTGTAAATGGGGCTGGGCTCTAGCCCTGACTAATG

   1450     .
   1397 TGATC
        |||||
 115837 TGATC