seq1 = pF1KE5530.tfa, 1290 bp
seq2 = pF1KE5530/gi568815585f_43780986.tfa (gi568815585f:43780986_43990270), 209285 bp

>pF1KE5530 1290
>gi568815585f:43780986_43990270 (Chr13)

1-562  (100001-100562)   99% ->
563-741  (101200-101378)   100% ->
742-907  (102786-102951)   100% ->
908-1133  (107772-107997)   100% ->
1134-1290  (109129-109285)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAAGCTGTTTTGATTGATCTTTTTGGTTTGAAATTGAACTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAAGCTGTTTTGATTGATCTTTTTGGTTTGAAATTGAACTCTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAAAACTGCCATCAGACATTACTGAAGACTTTGAATGCTGTCCAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAAAACTGCCATCAGACATTACTGAAGACTTTGAATGCTGTCCAATACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCATGCTGCCAAGGCCAAGTTTCTCTGTATAATGTGTTGCAGTAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCATGCTGCCAAGGCCAAGTTTCTCTGTATAATGTGTTGCAGTAACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCTATGAAAGGGATGGAGAACAAGATAATTGTGAAATAGAAACAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCTATGAAAGGGATGGAGAACAAGATAATTGTGAAATAGAAACAAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGATTATCAGCTCTCTTGGAAGAATTTGAGATTGTTAGCTGTCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGATTATCAGCTCTCTTGGAAGAATTTGAGATTGTTAGCTGTCCCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGCTGCCACTTTGTATACCATTAAACAGAAAATTGATGAAAAAAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGCTGCCACTTTGTATACCATTAAACAGAAAATTGATGAAAAAAATCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCAGCATTAAGGTAATTGTACCCAGGCACAGGAAGACATTAATGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCAGCATTAAGGTAATTGTACCCAGGCACAGGAAGACATTAATGAAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTTTATTGATCAACTCTTCACAGATGTTTACAATTTTGAATTTGAAGATT
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTTTATTGATCAACTCTTCACTGATGTTTACAATTTTGAATTTGAAGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCAAGTGACTTTTAGGGGAGGGCTTTTTAAACAGTCCATTGAAATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCAAGTGACTTTTAGGGGAGGGCTTTTTAAACAGTCCATTGAAATAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTAATCACAGCTCAAGAACTAAGAGGAATTCAGAATGAAATAGAAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTAATCACAGCTCAAGAACTAAGAGGAATTCAGAATGAAATAGAAACATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTGAGAAGTCTGCCAGCACTGAGAGGAAAATTAACTATTATCACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTGAGAAGTCTGCCAGCACTGAGAGGAAAATTAACTATTATCACTTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTTTGATCCCAG         ATATTTTCATACATGGATTTACTACAAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTTTGATCCCAGGTA...CAGATATTTTCATACATGGATTTACTACAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACAGGTGGGATATCTTATATACCAACTCTTAGCTCATTCAATCTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101229 ACAGGTGGGATATCTTATATACCAACTCTTAGCTCATTCAATCTCTTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TAGTTCCAAACGGAGAGATCCCAAGGTAGTGGTTCAAGAAAATCTGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101279 TAGTTCCAAACGGAGAGATCCCAAGGTAGTGGTTCAAGAAAATCTGCGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GGTTGGCGAATGCTGCAGGATTTAATGTGGAGAAATTTTACCGAATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101329 GGTTGGCGAATGCTGCAGGATTTAATGTGGAGAAATTTTACCGAATAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742          ACTCATCATTCCAATGACATCTGGATTATGGGAAGAAAGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101379 GTA...TAGACTCATCATTCCAATGACATCTGGATTATGGGAAGAAAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCCTGACTCTTATGATGGAATAACCACAAATCAGAGAGGAGTCACAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102827 GCCTGACTCTTATGATGGAATAACCACAAATCAGAGAGGAGTCACAATAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CAGCTCTTGGTGCAGACTGTATACCGATAGTTTTTGCAGATCCAGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102877 CAGCTCTTGGTGCAGACTGTATACCGATAGTTTTTGCAGATCCAGTCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AAAGCATGTGGGGTTGCTCACGCTG         GTTGGAAAGGTACTTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102927 AAAGCATGTGGGGTTGCTCACGCTGGTA...CAGGTTGGAAAGGTACTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GTTGGGTGTTGCTATGGCTACAGTGAATGCTATGATAGCAGAATATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107788 GTTGGGTGTTGCTATGGCTACAGTGAATGCTATGATAGCAGAATATGGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCAGTTTGGAAGACATTGTTGTTGTACTTGGACCTTCAGTAGGACCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107838 GCAGTTTGGAAGACATTGTTGTTGTACTTGGACCTTCAGTAGGACCTTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TGTTTTACTCTTCCAAGGGAATCAGCAGAGGCATTTCATAATCTTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107888 TGTTTTACTCTTCCAAGGGAATCAGCAGAGGCATTTCATAATCTTCATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGCATGTGTACAACTATTTGATTCACCAAATCCCTGTATCGACATCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107938 TGCATGTGTACAACTATTTGATTCACCAAATCCCTGTATCGACATCCGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AAGCCACAAG         GATTCTTCTAGAACAGGGAGGAATTCTTCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 107988 AAGCCACAAGGTA...AAGGATTCTTCTAGAACAGGGAGGAATTCTTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CAGAATATTCAGGACCAGAACCAAGATCTCAACCTCTGTACATCTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109160 CAGAATATTCAGGACCAGAACCAAGATCTCAACCTCTGTACATCTTGCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TCCTGACAAGTTTTTCTCCCATGTCCGAGATGGCCTTAATTTTGGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109210 TCCTGACAAGTTTTTCTCCCATGTCCGAGATGGCCTTAATTTTGGTACAC

   1300     .    :    .    :    .
   1265 AGATTGGCTTCATATCAATTAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||
 109260 AGATTGGCTTCATATCAATTAAAGAA