seq1 = pF1KE5522.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KE5522/gi568815587r_65783977.tfa (gi568815587r:65783977_65988418), 204442 bp

>pF1KE5522 1071
>gi568815587r:65783977_65988418 (Chr11)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-284  (100287-100485)   100% ->
285-411  (100693-100819)   100% ->
412-512  (101997-102097)   100% ->
513-646  (102756-102889)   100% ->
647-755  (103233-103341)   100% ->
756-819  (103421-103484)   100% ->
820-906  (103763-103849)   100% ->
907-1004  (103930-104027)   100% ->
1005-1071  (104376-104442)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCAGTGAGCTGGACATCTTCGTGGGGAACACGACCCTTATCGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCAGTGAGCTGGACATCTTCGTGGGGAACACGACCCTTATCGACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACGTGTATCGCCTCTGGCTCGATGGTTACTCGG         TGACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 GGACGTGTATCGCCTCTGGCTCGATGGTTACTCGGGTC...CAGTGACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGCGGTGGCCCTGCGGGTGCGCTCGGGAATCCTGGAGCAGACTGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100293 ACGCGGTGGCCCTGCGGGTGCGCTCGGGAATCCTGGAGCAGACTGGCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGGCAGCGGTGCTGCAGAGCGACACCATGGACCATTACCGCACCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100343 ACGGCAGCGGTGCTGCAGAGCGACACCATGGACCATTACCGCACCTTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATGCTCGAGCGGCTGCTGCATGCGCCGCCCAAGCTACTGCACCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100393 CATGCTCGAGCGGCTGCTGCATGCGCCGCCCAAGCTACTGCACCAGCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTTCCAGATTCCGCCCTCCCGGCAGGCACTACTCATCGAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100443 TCTTCCAGATTCCGCCCTCCCGGCAGGCACTACTCATCGAGAGGTG...A

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    285   GTACTATGCCTTTGATGAGGCCTTTGTTCGGGAGGTGCTGGGCAAGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100691 AGGTACTATGCCTTTGATGAGGCCTTTGTTCGGGAGGTGCTGGGCAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGTCCAAAGGCACCAAGAAAGACCTGGATGACATCAGCACCAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100741 GCTGTCCAAAGGCACCAAGAAAGACCTGGATGACATCAGCACCAAAACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCATCACCCTCAAGAGCTGCCGGAGACAG         TTTGACAACTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100791 GCATCACCCTCAAGAGCTGCCGGAGACAGGTA...CAGTTTGACAACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAACGGGTCTTCAAGGTGGTAGAGGAAATGCGGGGCTCCCTGGTGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102009 AAACGGGTCTTCAAGGTGGTAGAGGAAATGCGGGGCTCCCTGGTGGACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TATTCAGCAACACTTCCTCCTCTCTGACCGGTTGGCCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102059 TATTCAGCAACACTTCCTCCTCTCTGACCGGTTGGCCAGGTG...CAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTATGCAGCCATCGTCTTCTTTGCTAACAACCGCTTTGAGACAGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102758 ACTATGCAGCCATCGTCTTCTTTGCTAACAACCGCTTTGAGACAGGGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAAAACTGCAGTATCTGAGCTTCGGTGACTTTGCCTTCTGCGCTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102808 AAAAAACTGCAGTATCTGAGCTTCGGTGACTTTGCCTTCTGCGCTGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATGATCCAAAACTGGACCCTTGGAGCCGTCG         ACTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102858 CATGATCCAAAACTGGACCCTTGGAGCCGTCGGTG...CAGACTCACAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGATGACATGGACATGGACTTAGACAAGGAATTTCTCCAGGACTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103242 TGGATGACATGGACATGGACTTAGACAAGGAATTTCTCCAGGACTTGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGCTCAAGGTGCTAGTGGCTGACAAGGACCTTCTGGACCTGCACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103292 GAGCTCAAGGTGCTAGTGGCTGACAAGGACCTTCTGGACCTGCACAAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756          CCTGGTGTGCACTGCTCTCCGGGGAAAGCTGGGCGTCTTCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103342 GTG...CAGCCTGGTGTGCACTGCTCTCCGGGGAAAGCTGGGCGTCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGAGATGGAAGCCAACTTCAAG         AACCTGTCCCGGGGGCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103462 CTGAGATGGAAGCCAACTTCAAGGTC...CAGAACCTGTCCCGGGGGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGAACGTGGCCGCCAAGCTGACCCACAATAAAGATGTCAGAGACCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103781 GTGAACGTGGCCGCCAAGCTGACCCACAATAAAGATGTCAGAGACCTGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGTGGACCTCGTGGAGAAG         TTTGTGGAACCCTGCCGCTCCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103831 TGTGGACCTCGTGGAGAAGGTG...CAGTTTGTGGAACCCTGCCGCTCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACCACTGGCCACTCAGCGACGTGCGGTTCTTCCTGAATCAGTATTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103952 ACCACTGGCCACTCAGCGACGTGCGGTTCTTCCTGAATCAGTATTCAGCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCTGTCCACTCCCTCGATGGCTTCCG         ACACCAGGCCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104002 TCTGTCCACTCCCTCGATGGCTTCCGGTG...CAGACACCAGGCCCTCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGACCGCTACATGGGCACCCTCCGCGGCTGCCTCCTGCGCCTGTATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104391 GGACCGCTACATGGGCACCCTCCGCGGCTGCCTCCTGCGCCTGTATCATG

   1150 
   1070 AC
        ||
 104441 AC