seq1 = pF1KE5521.tfa, 1311 bp
seq2 = pF1KE5521/gi568815590r_67322507.tfa (gi568815590r:67322507_67846129), 523623 bp

>pF1KE5521 1311
>gi568815590r:67322507_67846129 (Chr8)

(complement)

1-116  (100001-100116)   100% ==
191-317  (328081-328207)   100% ->
318-432  (334475-334589)   100% ->
433-534  (336512-336613)   99% ->
535-636  (339242-339343)   100% ->
637-747  (361341-361451)   100% ->
748-838  (362272-362362)   100% ->
839-1041  (411890-412092)   100% ->
1042-1126  (417999-418083)   100% ->
1127-1311  (423439-423623)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTGTCTCGGGAAGCGCAGGGGCCAGGCAGCTGCTTTCCTGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTGTCTCGGGAAGCGCAGGGGCCAGGCAGCTGCTTTCCTGCCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGCTGGCTCTTTTTGAAGATTCTGCAACCGGGGCACAGCCACCTTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTGCTGGCTCTTTTTGAAGATTCTGCAACCGGGGCACAGCCACCTTTATA

    100     .    :    .
    101 ACAACCGCTATGCTGG
        ||||||||||||||||
 100101 ACAACCGCTATGCTGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 AGGTGGACCTGTGGCAGCCCAGCAGTATCTCCTATGTATCAGAGGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328081 AGGTGGACCTGTGGCAGCCCAGCAGTATCTCCTATGTATCAGAGGGAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 GTTACTGATGTCCATATCCCCCAAAATGGTTCCCGAGCCCTGTTAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328131 GTTACTGATGTCCATATCCCCCAAAATGGTTCCCGAGCCCTGTTAGCCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 CTTACAGGAAGCCAACATCCAGTACAA         GGTCCTCATAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 328181 CTTACAGGAAGCCAACATCCAGTACAAGTA...CAGGGTCCTCATAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 ATCTTCAGAAAACACTGGAGAAGGGAAGCAGCTTGCACACCCAGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334489 ATCTTCAGAAAACACTGGAGAAGGGAAGCAGCTTGCACACCCAGAGAAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 CGAAGATCCCTCTCTGGATATAATTATGAAGTTTATCACTCCTTAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334539 CGAAGATCCCTCTCTGGATATAATTATGAAGTTTATCACTCCTTAGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 A         ATTCAAAATTGGATGCATCATCTGAATAAAACTCACTCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334589 AGTA...TAGATTCAAAATTGGATGCATCATCTGAATAAAACTCACTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 GCCTCATTCACATGTTCTCTATTGGAAGATCATATGAGGGAAGATGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 336552 GCCTCATTCACATGTTCTCTATTGGAAGATCATATGAGGGAAGATCTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 TTTATTTTAAAG         CTGGGCAGACGATCACGACTCAAAAGAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 336602 TTTATTTTAAAGGTA...CAGCTGGGCAGACGATCACGACTCAAAAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 TGTTTGGATAGACTGTGGTATTCATGCAAGAGAATGGATTGGTCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339271 TGTTTGGATAGACTGTGGTATTCATGCAAGAGAATGGATTGGTCCTGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 TTTGTCAGTGGTTTGTAAAAGAA         GCTCTTCTAACATATAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 339321 TTTGTCAGTGGTTTGTAAAAGAAGTA...TAGGCTCTTCTAACATATAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 AGTGACCCAGCCATGAGAAAAATGTTGAATCATCTATATTTCTATATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 361359 AGTGACCCAGCCATGAGAAAAATGTTGAATCATCTATATTTCTATATCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 GCCTGTGTTTAACGTCGATGGATACCATTTTAGTTGGACCAAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 361409 GCCTGTGTTTAACGTCGATGGATACCATTTTAGTTGGACCAATGTA...T

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    748   GATCGATTTTGGAGAAAAACAAGGTCAAGGAACTCAAGGTTTCGCTGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362270 AGGATCGATTTTGGAGAAAAACAAGGTCAAGGAACTCAAGGTTTCGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796 CGTGGAGTGGATGCCAATAGAAACTGGAAAGTGAAGTGGTGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 362320 CGTGGAGTGGATGCCAATAGAAACTGGAAAGTGAAGTGGTGTGGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    839   ATGAAGGAGCTTCTATGCACCCTTGTGATGACACATACTGTGGCCCTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 411888 AGATGAAGGAGCTTCTATGCACCCTTGTGATGACACATACTGTGGCCCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887 TTCCAGAATCTGAGCCGGAAGTGAAGGCTGTAGCTAACTTCCTTCGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 411938 TTCCAGAATCTGAGCCGGAAGTGAAGGCTGTAGCTAACTTCCTTCGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937 CACAGAAAGCACATTAGGGCTTATCTCTCCTTTCATGCATATGCTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 411988 CACAGAAAGCACATTAGGGCTTATCTCTCCTTTCATGCATATGCTCAGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987 GTTACTGTATCCCTATTCTTACAAATATGCAACAATTCCCAATTTTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 412038 GTTACTGTATCCCTATTCTTACAAATATGCAACAATTCCCAATTTTAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 GTGTG         GAATCTGCAGCTTATAAAGCTGTGAATGCACTTCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 412088 GTGTGGTA...TAGGAATCTGCAGCTTATAAAGCTGTGAATGCACTTCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078 TCAGTATACGGGGTACGATACAGATATGGACCAGCCTCCACAACGTTGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 418035 TCAGTATACGGGGTACGATACAGATATGGACCAGCCTCCACAACGTTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1127         ATGTGAGCTCTGGTAGCTCAATGGATTGGGCCTACAAAAATG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 418085 TA...TAGATGTGAGCTCTGGTAGCTCAATGGATTGGGCCTACAAAAATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1169 GAATACCTTATGCATTTGCTTTCGAACTACGTGACACTGGATATTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423481 GAATACCTTATGCATTTGCTTTCGAACTACGTGACACTGGATATTTTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219 TTTTTACTCCCAGAGATGCTCATCAAACCCACCTGTACAGAAACTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423531 TTTTTACTCCCAGAGATGCTCATCAAACCCACCTGTACAGAAACTATGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1269 GGCTGTGAAAAATATCACAATGCACCTGCTAAAGAAATGTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423581 GGCTGTGAAAAATATCACAATGCACCTGCTAAAGAAATGTCCC