seq1 = pF1KE5520.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KE5520/gi568815594r_174543789.tfa (gi568815594r:174543789_174928811), 385023 bp

>pF1KE5520 1392
>gi568815594r:174543789_174928811 (Chr4)

(complement)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-199  (139869-139996)   100% ->
200-267  (161782-161849)   100% ->
268-491  (200114-200337)   100% ->
492-574  (213242-213324)   100% ->
575-712  (245873-246010)   100% ->
713-927  (251520-251734)   99% ->
928-1071  (269615-269758)   100% ->
1072-1116  (272025-272069)   97% ->
1117-1392  (284748-285023)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCACGTGAGACACTTTCGGACATTAGTTTCGGGATTTTACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCACGTGAGACACTTTCGGACATTAGTTTCGGGATTTTACTTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGCAGCACTGTTACTCAG         TTTGGTTGCCACAAAGGAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGCAGCACTGTTACTCAGGTG...TAGTTTGGTTGCCACAAAGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGACAGTGCAAGATCTCGAAGTGCTCCAATGTCACCTTCTGATTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139889 CAGACAGTGCAAGATCTCGAAGTGCTCCAATGTCACCTTCTGATTTTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATAAATTAATGGGCAGGACATCAGGATATGATGCAAGAATCAGACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139939 GATAAATTAATGGGCAGGACATCAGGATATGATGCAAGAATCAGACCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTTAAAG         GCCCTCCAGTTAATGTCACATGCAACATATTCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 139989 TTTTAAAGGTA...CAGGCCCTCCAGTTAATGTCACATGCAACATATTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAACAGCTTTGGCTCTATCGCAGAGACGACCATG         GATTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 161815 TCAACAGCTTTGGCTCTATCGCAGAGACGACCATGGTA...TAGGATTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAGTGAATATCTTTCTTCGTCAGAAATGGAATGATCCCCGCCTCGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200120 AGAGTGAATATCTTTCTTCGTCAGAAATGGAATGATCCCCGCCTCGCGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGTGAATATCCTGACGACTCTTTAGACCTCGACCCCTCCATGTTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200170 CAGTGAATATCCTGACGACTCTTTAGACCTCGACCCCTCCATGTTGGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCATTTGGAAACCTGATTTGTTCTTTGCCAATGAAAAGGGTGCCAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200220 CCATTTGGAAACCTGATTTGTTCTTTGCCAATGAAAAGGGTGCCAACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATGAAGTCACTACAGACAACAAATTGCTAAGAATTTTCAAAAATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200270 CATGAAGTCACTACAGACAACAAATTGCTAAGAATTTTCAAAAATGGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTTCTTTATTCAATAAG         ATTAACATTAACACTTTCCTGTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 200320 TGTTCTTTATTCAATAAGGTG...CAGATTAACATTAACACTTTCCTGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAATGGATCTCAAGAATTTTCCCATGGATGTACAAACATGTATAATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213265 CAATGGATCTCAAGAATTTTCCCATGGATGTACAAACATGTATAATGCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGAAAGCT         TTGGGTACACAATGAATGATCTCATTTTTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 213315 CTGGAAAGCTGTA...TAGTTGGGTACACAATGAATGATCTCATTTTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATGGCAAGATGAGGCACCCGTACAAGTGGCAGAAGGACTCACTTTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245904 ATGGCAAGATGAGGCACCCGTACAAGTGGCAGAAGGACTCACTTTGCCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGTTTCTGTTGAAAGAAGAAAAAGATTTACGATACTGCACTAAACATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245954 AGTTTCTGTTGAAAGAAGAAAAAGATTTACGATACTGCACTAAACATTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATACAG         GAAAGTTTACGTGTATAGAAGTGCGATTCCATCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246004 AATACAGGTA...TAGGAAAGTTTACGTGTATAGAAGTGCGATTCCATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGCGACAAATGGGATACTATCTGATCCAGATGTACATTCCCAGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251554 GGAGCGACAAATGGGATACTATCTGATCCAGATGTACATTCCCAGTCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGATTGTTATTCTATCCTGGGTTTCGTTCTGGATCAACATGGATGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 251604 TGATTGTTATTCTATCCTGGGTTTCATTCTGGATCAACATGGATGCAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCGGCCAGGGTAGCTCTGGGGATAACCACCGTGCTAACGATGACTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 251654 CCGGCCAGGGTAGCTCTGGGGATAACCACTGTGCTAACGATGACTACACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAGTTCAGGATCACGAGCTTCCTTGCCAAAA         GTTTCATATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 251704 GAGTTCAGGATCACGAGCTTCCTTGCCAAAAGTA...TAGGTTTCATATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCAAAGCTATTGATATTTGGATGGCAGTATGCCTCCTTTTTGTGTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269625 TCAAAGCTATTGATATTTGGATGGCAGTATGCCTCCTTTTTGTGTTTTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCACTTCTGGAGTATGCAGCTGTAAATTTTGTATCAAGACAACACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269675 GCACTTCTGGAGTATGCAGCTGTAAATTTTGTATCAAGACAACACAAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACTTCTGAGATTTCGACGAAAGAGAAAGAATAAG         ACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 269725 ACTTCTGAGATTTCGACGAAAGAGAAAGAATAAGGTA...CAGACAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCTTTGCACTGGAGAAGTTTTACCGTTTCTCAGATATG         GAT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 272032 CTTTTGCACTGGAGAAGTTTTACCGTTTCTCAGATATGGTA...CAGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GATGAGGTAAGGGAAAGCCGATTCAGCTTCACAGCCTATGGAATGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284751 GATGAGGTAAGGGAAAGCCGATTCAGCTTCACAGCCTATGGAATGGGACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ATGTCTACAAGCAAAGGATGGCATGACTCCAAAGGGCCCCAACCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284801 ATGTCTACAAGCAAAGGATGGCATGACTCCAAAGGGCCCCAACCACCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCCAGGTAATGCCAAAAAGTCCTGATGAAATGAGGAAGGTCTTTATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284851 TCCAGGTAATGCCAAAAAGTCCTGATGAAATGAGGAAGGTCTTTATCGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CGGGCCAAGAAGATTGATACCATCTCCCGAGCCTGCTTCCCATTAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284901 CGGGCCAAGAAGATTGATACCATCTCCCGAGCCTGCTTCCCATTAGCTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TTTGATTTTTAATATTTTCTACTGGGTTATCTATAAAATTCTTAGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284951 TTTGATTTTTAATATTTTCTACTGGGTTATCTATAAAATTCTTAGGCATG

   1450     .    :    .    :
   1370 AGGATATTCATCAGCAGCAAGAT
        |||||||||||||||||||||||
 285001 AGGATATTCATCAGCAGCAAGAT