seq1 = pF1KE5517.tfa, 1323 bp
seq2 = pF1KE5517/gi568815589r_97804736.tfa (gi568815589r:97804736_98022493), 217758 bp

>pF1KE5517 1323
>gi568815589r:97804736_98022493 (Chr9)

(complement)

1-76  (100001-100076)   97% ->
77-251  (106156-106330)   100% ->
252-409  (108936-109093)   99% ->
410-1066  (111878-112534)   100% ->
1067-1323  (117502-117758)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCGGCTTGGAGGAGCCGGGGCCTCGGCCTACAGCGACCCCGTGCGG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCGGCTTGGAGGAGTCGGGGCCTCGGCCTACAGCGACCCCGTGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCGTGAAGCCGGCTCTGGAGACAG         GGAATCTTTTAACTG
        |||||| |||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 CTGCGTTAAGCCGGCTCTGGAGACAGGTA...TAGGGAATCTTTTAACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCCAGTCGGCTACTTGGAATCTTGTTTCTCGGCCAAGAATGGTACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106171 AGCCAGTCGGCTACTTGGAATCTTGTTTCTCGGCCAAGAATGGTACTCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGACAGCCATCCATTTGTAGCTATTCTCGAGCCTGTTTGAGGATTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106221 AGACAGCCATCCATTTGTAGCTATTCTCGAGCCTGTTTGAGGATTAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGATCTTTAATAATCCTGAACATTCCTTGATGGGCCTAGAACAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106271 GAGGATCTTTAATAATCCTGAACATTCCTTGATGGGCCTAGAACAGTTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCATGTTTG         GATTTTGTTTGTTTTTCACAAAAACGGTCAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||| ||||||
 106321 CTCATGTTTGGTA...TAGGATTTTGTTTGTTTTTCACAAAAATGGTCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGAGCTGTAAGGCAAAAGTGCAGCCTCCTAGGCTGAATGGTGCAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108967 TTGAGCTGTAAGGCAAAAGTGCAGCCTCCTAGGCTGAATGGTGCAAAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGAGTTTTTTCCACAAGGAGCCCTCATCGTCCCAATGCAATAGGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109017 TGGAGTTTTTTCCACAAGGAGCCCTCATCGTCCCAATGCAATAGGACTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCTGGCCAAGCTGGAAAAGGTAGAAG         GTGGAGCTATATAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109067 CCCTGGCCAAGCTGGAAAAGGTAGAAGGTA...TAGGTGGAGCTATATAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTTCTGGAATTGACATGATACATGGCACACCCGTACTAGACATCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111892 CTTTCTGGAATTGACATGATACATGGCACACCCGTACTAGACATCAAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTACATAGCTGAGTATGACTCACCGCAAAATGTGATGGAGCCTTTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111942 CTACATAGCTGAGTATGACTCACCGCAAAATGTGATGGAGCCTTTAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTTTAATTTACAGAATAACCAACATACACCAAACACTGTGTCCCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111992 ACTTTAATTTACAGAATAACCAACATACACCAAACACTGTGTCCCAGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACAGCAAGACTGACAGCTGTGACCAGCGACAGCTCTCAGGGTGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112042 GACAGCAAGACTGACAGCTGTGACCAGCGACAGCTCTCAGGGTGTGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCACAACCCCACCATAGCACTAAGAGGAAACCTAAATGTCCTGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112092 GCCACAACCCCACCATAGCACTAAGAGGAAACCTAAATGTCCTGAAGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GAACTTCAGAAGAAAACTACCTGACACACAGTGACACAGCCAGAATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112142 GAACTTCAGAAGAAAACTACCTGACACACAGTGACACAGCCAGAATTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAAGCATTTCCTATGCACAGGGAGATAGCAGTGGATTTTGGTTTGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112192 CAAGCATTTCCTATGCACAGGGAGATAGCAGTGGATTTTGGTTTGGAATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AAGACGTGATCAGAGTTCCAGCGTGGCAGAAGAACAAATTGGCCCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112242 AAGACGTGATCAGAGTTCCAGCGTGGCAGAAGAACAAATTGGCCCATATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCCCAGAGAAGAGCTTTTCAGAGAAAGGTACAGACAAGAAGCTAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112292 GCCCAGAGAAGAGCTTTTCAGAGAAAGGTACAGACAAGAAGCTAGAAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTGGAAGGAGCAGCAGTCTTGCAAGGAAGCAGGGCAGAGACACAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112342 GTGGAAGGAGCAGCAGTCTTGCAAGGAAGCAGGGCAGAGACACAGCCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GGCCCCTCACTGCCCTGCTGGAAGGGCTGATGGAGCTCCCCGCAGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112392 GGCCCCTCACTGCCCTGCTGGAAGGGCTGATGGAGCTCCCCGCAGCGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TTCCTGCCTGGGTGACAGAGGCTCCTGTGGCCACTTTAGAAGTGCGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112442 TTCCTGCCTGGGTGACAGAGGCTCCTGTGGCCACTTTAGAAGTGCGGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ACTCCTCATGCCGAGATGGACCTTGGGCAGCTCAGTTCACAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112492 ACTCCTCATGCCGAGATGGACCTTGGGCAGCTCAGTTCACAAGGTA...C

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1067   ATGTTGGTCAGGCGTCATTTAAATATTTTCAGTCAGCAGAGGAAGCAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117500 AGATGTTGGTCAGGCGTCATTTAAATATTTTCAGTCAGCAGAGGAAGCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGCGTGCCATTGAGGCTGTGCTGTCAGCGGATCCTCGGTCTGTGTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117550 AGCGTGCCATTGAGGCTGTGCTGTCAGCGGATCCTCGGTCTGTGTACCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CGGAAGCTTTGCCAGGACCGCCTTTTCTACTTTACTGTAGACATAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117600 CGGAAGCTTTGCCAGGACCGCCTTTTCTACTTTACTGTAGACATAGCGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGTCACTTGCTGGTTTGGTGATGGCTTTGCAGAGGTGCTGAGGATCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117650 TGTCACTTGCTGGTTTGGTGATGGCTTTGCAGAGGTGCTGAGGATCAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CGGCTTCTGAGCCTGTTCATATGACTGGCCCTGTGGGGTCCTTGGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117700 CGGCTTCTGAGCCTGTTCATATGACTGGCCCTGTGGGGTCCTTGGTGTCT

   1350     .
   1315 CTAGGGTCT
        |||||||||
 117750 CTAGGGTCT