seq1 = pF1KE5514.tfa, 1365 bp
seq2 = pF1KE5514/gi568815597f_147828537.tfa (gi568815597f:147828537_148092914), 264378 bp

>pF1KE5514 1365
>gi568815597f:147828537_148092914 (Chr1)

1-42  (100001-100042)   97% ->
43-102  (108091-108150)   100% ->
103-206  (110178-110281)   100% ->
207-313  (114902-115008)   100% ->
314-415  (115461-115562)   100% ->
416-536  (124809-124929)   100% ->
537-617  (125786-125866)   100% ->
618-727  (138018-138127)   100% ->
728-816  (140339-140427)   100% ->
817-909  (141331-141423)   100% ->
910-1005  (157663-157758)   100% ->
1006-1095  (159896-159985)   100% ->
1096-1161  (163966-164031)   100% ->
1162-1365  (164175-164378)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTTCCTCATCGACTCCAGCATCATGATTACCTCCCAG        
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGAGTTTCCTGATCGACTCCAGCATCATGATTACCTCCCAGGTG...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  ATACTATTTTTTGGATTTGGGTGGCTTTTCTTCATGCGCCAATTGTTTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108090 GATACTATTTTTTGGATTTGGGTGGCTTTTCTTCATGCGCCAATTGTTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGACTATGAG         ATACGTCAGTATGTTGTACAGGTGATCTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108140 AAGACTATGAGGTG...CAGATACGTCAGTATGTTGTACAGGTGATCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCCGTGACGTTTGCATTTTCTTGCACCATGTTTGAGCTCATCATCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110208 TCCGTGACGTTTGCATTTTCTTGCACCATGTTTGAGCTCATCATCTTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AATCTTAGGAGTATTGAATAGCAG         CTCCCGTTATTTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110258 AATCTTAGGAGTATTGAATAGCAGGTG...CAGCTCCCGTTATTTTCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGAAAATGAACCTGTGTGTAATTCTGCTGATCCTGGTTTTCATGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114919 GGAAAATGAACCTGTGTGTAATTCTGCTGATCCTGGTTTTCATGGTGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTTACATTGGCTATTTTATTGTGAGCAATATCCGACTAC         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114969 TTTTACATTGGCTATTTTATTGTGAGCAATATCCGACTACGTA...CAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCATAAACAACGACTGCTTTTTTCCTGTCTCTTATGGCTGACCTTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115462 GCATAAACAACGACTGCTTTTTTCCTGTCTCTTATGGCTGACCTTTATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATTTCTTCTGGAAACTAGGAGATCCCTTTCCCATTCTCAGCCCAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115512 ATTTCTTCTGGAAACTAGGAGATCCCTTTCCCATTCTCAGCCCAAAACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 G         GGATCTTATCCATAGAACAGCTCATCAGCCGGGTTGGTGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115562 GGTG...TAGGGATCTTATCCATAGAACAGCTCATCAGCCGGGTTGGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GATTGGAGTGACTCTCATGGCTCTTCTTTCTGGATTTGGTGCTGTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124849 GATTGGAGTGACTCTCATGGCTCTTCTTTCTGGATTTGGTGCTGTCAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCCCATACACTTACATGTCTTACTTCCTCAG         GAATGTGACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124899 GCCCATACACTTACATGTCTTACTTCCTCAGGTA...TAGGAATGTGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACACGGATATTCTAGCCCTGGAACGGCGACTGCTGCAAACCATGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125796 GACACGGATATTCTAGCCCTGGAACGGCGACTGCTGCAAACCATGGATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GATCATAAGCAAAAAGAAAAG         GATGGCAATGGCACGGAGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 125846 GATCATAAGCAAAAAGAAAAGGTA...CAGGATGGCAATGGCACGGAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CAATGTTCCAGAAGGGGGAAGTGCATAACAAACCATCAGGTTTCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138038 CAATGTTCCAGAAGGGGGAAGTGCATAACAAACCATCAGGTTTCTGGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATGATAAAAAGTGTTACCACTTCAGCATCAGGAAGTGAAA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 138088 ATGATAAAAAGTGTTACCACTTCAGCATCAGGAAGTGAAAGTA...CAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TCTTACTCTTATTCAACAGGAAGTGGATGCTTTGGAAGAATTAAGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140340 TCTTACTCTTATTCAACAGGAAGTGGATGCTTTGGAAGAATTAAGCAGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGCTTTTTCTGGAAACAGCTGATCTATATGCTACCAAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 140390 AGCTTTTTCTGGAAACAGCTGATCTATATGCTACCAAGGTA...CAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AGAATAGAATACTCCAAAACCTTCAAGGGGAAATATTTTAATTTTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141334 AGAATAGAATACTCCAAAACCTTCAAGGGGAAATATTTTAATTTTCTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TTACTTTTTCTCTATTTACTGTGTTTGGAAAATTTTCATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 141384 TTACTTTTTCTCTATTTACTGTGTTTGGAAAATTTTCATGGTA...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CTACCATCAATATTGTTTTTGATCGAGTTGGGAAAACGGATCCTGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157664 CTACCATCAATATTGTTTTTGATCGAGTTGGGAAAACGGATCCTGTCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AGAGGCATTGAGATCACTGTGAATTATCTGGGAATCCAATTTGAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 157714 AGAGGCATTGAGATCACTGTGAATTATCTGGGAATCCAATTTGATGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006     GTGAAGTTTTGGTCCCAACACATTTCCTTCATTCTTGTTGGAATAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157764 .CAGGTGAAGTTTTGGTCCCAACACATTTCCTTCATTCTTGTTGGAATAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TCATCGTCACATCCATCAGAGGATTGCTGATCACTCTTACCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 159942 TCATCGTCACATCCATCAGAGGATTGCTGATCACTCTTACCAAGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096    TTCTTTTATGCCATCTCTAGCAGTAAGTCCTCCAATGTCATTGTCCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163963 CAGTTCTTTTATGCCATCTCTAGCAGTAAGTCCTCCAATGTCATTGTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GCTATTAGCACAGATAATG         GGCATGTACTTTGTCTCCTCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 164013 GCTATTAGCACAGATAATGGTA...CAGGGCATGTACTTTGTCTCCTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TGCTGCTGATCCGAATGAGTATGCCTTTAGAATACCGCACCATAATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164197 TGCTGCTGATCCGAATGAGTATGCCTTTAGAATACCGCACCATAATCACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GAAGTCCTTGGAGAACTGCAGTTCAACTTCTATCACCGTTGGTTTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164247 GAAGTCCTTGGAGAACTGCAGTTCAACTTCTATCACCGTTGGTTTGATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GATCTTCCTGGTCAGCGCTCTCTCTAGCATACTCTTCCTCTATTTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164297 GATCTTCCTGGTCAGCGCTCTCTCTAGCATACTCTTCCTCTATTTGGCTC

   1450     .    :    .    :    .    :
   1334 ACAAACAGGCACCAGAGAAGCAAATGGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 164347 ACAAACAGGCACCAGAGAAGCAAATGGCACCT