seq1 = pF1KE5514.tfa, 1365 bp
seq2 = pF1KE5514/gi568815597f_145508134.tfa (gi568815597f:145508134_145770037), 261904 bp

>pF1KE5514 1365
>gi568815597f:145508134_145770037 (Chr1)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-102  (108101-108160)   100% ->
103-206  (110187-110290)   100% ->
207-313  (114921-115027)   100% ->
314-415  (115480-115581)   100% ->
416-536  (122554-122674)   100% ->
537-617  (123531-123611)   100% ->
618-727  (135736-135845)   100% ->
728-816  (138051-138139)   100% ->
817-909  (139042-139134)   100% ->
910-1005  (155196-155291)   100% ->
1006-1095  (157429-157518)   100% ->
1096-1161  (161492-161557)   100% ->
1162-1365  (161701-161904)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTTCCTCATCGACTCCAGCATCATGATTACCTCCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGAGTTTCCTCATCGACTCCAGCATCATGATTACCTCCCAGGTG...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  ATACTATTTTTTGGATTTGGGTGGCTTTTCTTCATGCGCCAATTGTTTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108100 GATACTATTTTTTGGATTTGGGTGGCTTTTCTTCATGCGCCAATTGTTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGACTATGAG         ATACGTCAGTATGTTGTACAGGTGATCTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108150 AAGACTATGAGGTG...CAGATACGTCAGTATGTTGTACAGGTGATCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCCGTGACGTTTGCATTTTCTTGCACCATGTTTGAGCTCATCATCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110217 TCCGTGACGTTTGCATTTTCTTGCACCATGTTTGAGCTCATCATCTTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AATCTTAGGAGTATTGAATAGCAG         CTCCCGTTATTTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110267 AATCTTAGGAGTATTGAATAGCAGGTG...CAGCTCCCGTTATTTTCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGAAAATGAACCTGTGTGTAATTCTGCTGATCCTGGTTTTCATGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114938 GGAAAATGAACCTGTGTGTAATTCTGCTGATCCTGGTTTTCATGGTGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTTACATTGGCTATTTTATTGTGAGCAATATCCGACTAC         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114988 TTTTACATTGGCTATTTTATTGTGAGCAATATCCGACTACGTA...CAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCATAAACAACGACTGCTTTTTTCCTGTCTCTTATGGCTGACCTTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115481 GCATAAACAACGACTGCTTTTTTCCTGTCTCTTATGGCTGACCTTTATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATTTCTTCTGGAAACTAGGAGATCCCTTTCCCATTCTCAGCCCAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115531 ATTTCTTCTGGAAACTAGGAGATCCCTTTCCCATTCTCAGCCCAAAACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 G         GGATCTTATCCATAGAACAGCTCATCAGCCGGGTTGGTGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115581 GGTG...TAGGGATCTTATCCATAGAACAGCTCATCAGCCGGGTTGGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GATTGGAGTGACTCTCATGGCTCTTCTTTCTGGATTTGGTGCTGTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122594 GATTGGAGTGACTCTCATGGCTCTTCTTTCTGGATTTGGTGCTGTCAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCCCATACACTTACATGTCTTACTTCCTCAG         GAATGTGACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 122644 GCCCATACACTTACATGTCTTACTTCCTCAGGTA...TAGGAATGTGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACACGGATATTCTAGCCCTGGAACGGCGACTGCTGCAAACCATGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123541 GACACGGATATTCTAGCCCTGGAACGGCGACTGCTGCAAACCATGGATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GATCATAAGCAAAAAGAAAAG         GATGGCAATGGCACGGAGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 123591 GATCATAAGCAAAAAGAAAAGGTA...CAGGATGGCAATGGCACGGAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CAATGTTCCAGAAGGGGGAAGTGCATAACAAACCATCAGGTTTCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135756 CAATGTTCCAGAAGGGGGAAGTGCATAACAAACCATCAGGTTTCTGGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATGATAAAAAGTGTTACCACTTCAGCATCAGGAAGTGAAA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 135806 ATGATAAAAAGTGTTACCACTTCAGCATCAGGAAGTGAAAGTA...CAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TCTTACTCTTATTCAACAGGAAGTGGATGCTTTGGAAGAATTAAGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138052 TCTTACTCTTATTCAACAGGAAGTGGATGCTTTGGAAGAATTAAGCAGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGCTTTTTCTGGAAACAGCTGATCTATATGCTACCAAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 138102 AGCTTTTTCTGGAAACAGCTGATCTATATGCTACCAAGGTA...CAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AGAATAGAATACTCCAAAACCTTCAAGGGGAAATATTTTAATTTTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139045 AGAATAGAATACTCCAAAACCTTCAAGGGGAAATATTTTAATTTTCTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TTACTTTTTCTCTATTTACTGTGTTTGGAAAATTTTCATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 139095 TTACTTTTTCTCTATTTACTGTGTTTGGAAAATTTTCATGGTA...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CTACCATCAATATTGTTTTTGATCGAGTTGGGAAAACGGATCCTGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155197 CTACCATCAATATTGTTTTTGATCGAGTTGGGAAAACGGATCCTGTCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AGAGGCATTGAGATCACTGTGAATTATCTGGGAATCCAATTTGAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 155247 AGAGGCATTGAGATCACTGTGAATTATCTGGGAATCCAATTTGATGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006     GTGAAGTTTTGGTCCCAACACATTTCCTTCATTCTTGTTGGAATAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155297 .CAGGTGAAGTTTTGGTCCCAACACATTTCCTTCATTCTTGTTGGAATAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TCATCGTCACATCCATCAGAGGATTGCTGATCACTCTTACCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 157475 TCATCGTCACATCCATCAGAGGATTGCTGATCACTCTTACCAAGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096    TTCTTTTATGCCATCTCTAGCAGTAAGTCCTCCAATGTCATTGTCCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161489 CAGTTCTTTTATGCCATCTCTAGCAGTAAGTCCTCCAATGTCATTGTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GCTATTAGCACAGATAATG         GGCATGTACTTTGTCTCCTCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 161539 GCTATTAGCACAGATAATGGTA...CAGGGCATGTACTTTGTCTCCTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TGCTGCTGATCCGAATGAGTATGCCTTTAGAATACCGCACCATAATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161723 TGCTGCTGATCCGAATGAGTATGCCTTTAGAATACCGCACCATAATCACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GAAGTCCTTGGAGAACTGCAGTTCAACTTCTATCACCGTTGGTTTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161773 GAAGTCCTTGGAGAACTGCAGTTCAACTTCTATCACCGTTGGTTTGATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GATCTTCCTGGTCAGCGCTCTCTCTAGCATACTCTTCCTCTATTTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161823 GATCTTCCTGGTCAGCGCTCTCTCTAGCATACTCTTCCTCTATTTGGCTC

   1450     .    :    .    :    .    :
   1334 ACAAACAGGCACCAGAGAAGCAAATGGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 161873 ACAAACAGGCACCAGAGAAGCAAATGGCACCT