seq1 = pF1KE5513.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KE5513/gi568815595f_148727824.tfa (gi568815595f:148727824_148959999), 232176 bp

>pF1KE5513 1251
>gi568815595f:148727824_148959999 (Chr3)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-147  (100179-100254)   100% ->
148-272  (106675-106799)   100% ->
273-372  (112863-112962)   100% ->
373-474  (113051-113152)   100% ->
475-576  (114000-114101)   100% ->
577-687  (116655-116765)   100% ->
688-778  (116854-116944)   100% ->
779-981  (117601-117803)   100% ->
982-1066  (129634-129718)   100% ->
1067-1251  (131992-132176)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGGCACTCTTGGTTCTGGTGACTGTGGCCCTGGCATCTGCTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGGCACTCTTGGTTCTGGTGACTGTGGCCCTGGCATCTGCTCATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGTGGTGAGCACTTTGAAGG         CGAGAAGGTGTTCCGTGTTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 TGGTGGTGAGCACTTTGAAGGGTA...CAGCGAGAAGGTGTTCCGTGTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGTTGAAGATGAAAATCACATTAACATAATCCGCGAGTTGGCCAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 ACGTTGAAGATGAAAATCACATTAACATAATCCGCGAGTTGGCCAGCACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCCAG         ATTGACTTCTGGAAGCCAGATTCTGTCACACAAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 ACCCAGGTA...CAGATTGACTTCTGGAAGCCAGATTCTGTCACACAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAACCTCACAGTACAGTTGACTTCCGTGTTAAAGCAGAAGATACTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106710 CAAACCTCACAGTACAGTTGACTTCCGTGTTAAAGCAGAAGATACTGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGTGGAGAATGTTCTAAAGCAGAATGAACTACAATACAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106760 CTGTGGAGAATGTTCTAAAGCAGAATGAACTACAATACAAGTA...CAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTACTGATAAGCAACCTGAGAAATGTGGTGGAGGCTCAGTTTGATAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112864 GTACTGATAAGCAACCTGAGAAATGTGGTGGAGGCTCAGTTTGATAGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTTCGTGCAACAGGACACAGTTATGAGAAGTACAACAAGTGGGAAACG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112914 GGTTCGTGCAACAGGACACAGTTATGAGAAGTACAACAAGTGGGAAACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         ATAGAGGCTTGGACTCAACAAGTCGCCACTGAGAATCCAGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112964 TA...TAGATAGAGGCTTGGACTCAACAAGTCGCCACTGAGAATCCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTCATCTCTCGCAGTGTTATCGGAACCACATTTGAGGGACGCGCTATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113093 CTCATCTCTCGCAGTGTTATCGGAACCACATTTGAGGGACGCGCTATTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTCCTGAAG         GTTGGCAAAGCTGGACAAAATAAGCCTGCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 113143 CCTCCTGAAGGTA...TAGGTTGGCAAAGCTGGACAAAATAAGCCTGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTTTCATGGACTGTGGTTTCCATGCCAGAGAGTGGATTTCTCCTGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114031 TTTTCATGGACTGTGGTTTCCATGCCAGAGAGTGGATTTCTCCTGCATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGCCAGTGGTTTGTAAGAGAG         GCTGTTCGTACCTATGGACG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 114081 TGCCAGTGGTTTGTAAGAGAGGTC...CAGGCTGTTCGTACCTATGGACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGAGATCCAAGTGACAGAGCTTCTCGACAAGTTAGACTTTTATGTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116675 TGAGATCCAAGTGACAGAGCTTCTCGACAAGTTAGACTTTTATGTCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGTGCTCAATATTGATGGCTACATCTACACCTGGACCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116725 CTGTGCTCAATATTGATGGCTACATCTACACCTGGACCAAGGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AGCCGATTTTGGAGAAAGACTCGCTCCACCCATACTGGATCTAGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116854 AGCCGATTTTGGAGAAAGACTCGCTCCACCCATACTGGATCTAGCTGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGGCACAGACCCCAACAGAAATTTTGATGCTGGTTGGTGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116904 TGGCACAGACCCCAACAGAAATTTTGATGCTGGTTGGTGTGGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAATTGGAGCCTCTCGAAACCCCTGTGATGAAACTTACTGTGGACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117601 AAATTGGAGCCTCTCGAAACCCCTGTGATGAAACTTACTGTGGACCTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCAGAGTCTGAAAAGGAGACCAAGGCCCTGGCTGATTTCATCCGCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117651 GCAGAGTCTGAAAAGGAGACCAAGGCCCTGGCTGATTTCATCCGCAACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACTCTCTTCCATCAAGGCATATCTGACAATCCACTCGTACTCCCAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117701 ACTCTCTTCCATCAAGGCATATCTGACAATCCACTCGTACTCCCAAATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGATCTACCCTTACTCATATGCTTACAAACTCGGTGAGAACAATGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117751 TGATCTACCCTTACTCATATGCTTACAAACTCGGTGAGAACAATGCTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTG         AATGCCCTGGCTAAAGCTACTGTGAAAGAACTTGCCTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117801 TTGGTA...CAGAATGCCCTGGCTAAAGCTACTGTGAAAGAACTTGCCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACTGCACGGCACCAAGTACACATATGGCCCGGGAGCTACAACAATCT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 129672 ACTGCACGGCACCAAGTACACATATGGCCCGGGAGCTACAACAATCTGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1067       ATCCTGCTGCTGGGGGCTCTGACGACTGGGCTTATGACCAAGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129722 ...CAGATCCTGCTGCTGGGGGCTCTGACGACTGGGCTTATGACCAAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATCAGATATTCCTTCACCTTTGAACTTCGAGATACAGGCAGATATGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132036 ATCAGATATTCCTTCACCTTTGAACTTCGAGATACAGGCAGATATGGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TCTCCTTCCAGAATCCCAGATCCGGGCTACCTGCGAGGAGACCTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132086 TCTCCTTCCAGAATCCCAGATCCGGGCTACCTGCGAGGAGACCTTCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAATCAAGTATGTTGCCAGCTACGTCCTGGAACACCTGTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132136 CAATCAAGTATGTTGCCAGCTACGTCCTGGAACACCTGTAC