seq1 = pF1KE5511.tfa, 1224 bp
seq2 = pF1KE5511/gi568815584f_89962206.tfa (gi568815584f:89962206_90285000), 322795 bp

>pF1KE5511 1224
>gi568815584f:89962206_90285000 (Chr14)

1-334  (100001-100334)   100% ->
335-1224  (221906-222795)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGCCGGGGTTTCAGCTGGGGCCCGGGCCACCTGAACGAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGCCGGGGTTTCAGCTGGGGCCCGGGCCACCTGAACGAGGACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGCGCTTTCTGCTGCTGGCCGCGCTCATCGTGCTCTACCTGCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGCGCTTTCTGCTGCTGGCCGCGCTCATCGTGCTCTACCTGCTGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCCGCCGTCTTCTCCGCGCTGGAGCTGGCGCACGAGCGCCAGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGCCGCCGTCTTCTCCGCGCTGGAGCTGGCGCACGAGCGCCAGGCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCGCTGGGAGGAGCGCCTGGCCAACTTCAGCCGCGGCCACAACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCGCTGGGAGGAGCGCCTGGCCAACTTCAGCCGCGGCCACAACCTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCGACGAGCTGCGCGGCTTCCTCCGCCACTACGAGGAGGCCACTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGCGACGAGCTGCGCGGCTTCCTCCGCCACTACGAGGAGGCCACTCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGGCATCCGCGTGGACAACGTCCGCCCGCGCTGGGACTTCACCGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGGCATCCGCGTGGACAACGTCCGCCCGCGCTGGGACTTCACCGGCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTACTTCGTGGGCACCGTCGTTTCCACCATAG         GGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100301 TTCTACTTCGTGGGCACCGTCGTTTCCACCATAGGTA...CAGGGTTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATGACAACTCCGGCGACAGTAGGAGGAAAAATCTTTCTGATCTTTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221913 GATGACAACTCCGGCGACAGTAGGAGGAAAAATCTTTCTGATCTTTTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCTTGTTGGGTGTTCCAGCACCATCTTGTTCTTCAACCTCTTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221963 GCCTTGTTGGGTGTTCCAGCACCATCTTGTTCTTCAACCTCTTCCTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGCCTGATCACCATCATCGCCTACATCATGAAGTCGTGCCACCAGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222013 CGCCTGATCACCATCATCGCCTACATCATGAAGTCGTGCCACCAGCGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTCCGGAGACGAGGGGCCCTGCCCCAGGAGAGCCTGAAGGATGCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222063 GCTCCGGAGACGAGGGGCCCTGCCCCAGGAGAGCCTGAAGGATGCGGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGTGTGAGGTGGACAGCCTGGCCGGCTGGAAGCCCTCCGTGTACTACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222113 AGTGTGAGGTGGACAGCCTGGCCGGCTGGAAGCCCTCCGTGTACTACGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATGCTGATCCTATGCACAGCCTCCATCCTCATCTCTTGCTGCGCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222163 ATGCTGATCCTATGCACAGCCTCCATCCTCATCTCTTGCTGCGCCTCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CATGTACACCCCCATTGAAGGCTGGAGCTACTTTGACTCACTCTACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222213 CATGTACACCCCCATTGAAGGCTGGAGCTACTTTGACTCACTCTACTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTTTTGTGGCTTTCAGCACCATTGGCTTTGGGGACCTGGTCAGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222263 GTTTTGTGGCTTTCAGCACCATTGGCTTTGGGGACCTGGTCAGCAGCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AACGCCCACTATGAGAGCCAAGGCCTCTATCGCTTTGCCAACTTCGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222313 AACGCCCACTATGAGAGCCAAGGCCTCTATCGCTTTGCCAACTTCGTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATCCTCATGGGTGTCTGCTGCATCTACTCCTTGTTCAATGTCATCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222363 CATCCTCATGGGTGTCTGCTGCATCTACTCCTTGTTCAATGTCATCTCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCCTCATCAAACAGTCCTTGAACTGGATCCTGAGGAAAATGGACAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222413 TCCTCATCAAACAGTCCTTGAACTGGATCCTGAGGAAAATGGACAGCGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TGCTGCCCGCAATGCCAGAGAGGACTCTTGCGATCACGCAGGAACGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222463 TGCTGCCCGCAATGCCAGAGAGGACTCTTGCGATCACGCAGGAACGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GATGCCAGGCAGCGTCCGGAACCGCTGCAACATCTCCATAGAGACAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222513 GATGCCAGGCAGCGTCCGGAACCGCTGCAACATCTCCATAGAGACAGACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGGTGGCAGAGAGTGACACGGACGGGCGCCGGCTCTCAGGGGAGATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222563 GGGTGGCAGAGAGTGACACGGACGGGCGCCGGCTCTCAGGGGAGATGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TCCATGAAGGACTTGCTGGCAGCCAACAAGGCCTCGTTGGCCATCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222613 TCCATGAAGGACTTGCTGGCAGCCAACAAGGCCTCGTTGGCCATCCTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GAAGCAACTGTCTGAGATGGCCAACGGCTGCCCCCACCAGACCAGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222663 GAAGCAACTGTCTGAGATGGCCAACGGCTGCCCCCACCAGACCAGCACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TGGCCCGGGACAATGAATTCTCAGGGGGGGTGGGAGCCTTTGCAATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222713 TGGCCCGGGACAATGAATTCTCAGGGGGGGTGGGAGCCTTTGCAATCATG

   1200     .    :    .    :    .    :
   1192 AACAACAGGTTGGCAGAGACCAGTGGGGACAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 222763 AACAACAGGTTGGCAGAGACCAGTGGGGACAGG