seq1 = pF1KE5510.tfa, 1302 bp
seq2 = pF1KE5510/gi568815581f_4851830.tfa (gi568815581f:4851830_5057044), 205215 bp

>pF1KE5510 1302
>gi568815581f:4851830_5057044 (Chr17)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-181  (100966-101061)   100% ->
182-240  (101222-101280)   98% ->
241-310  (101443-101512)   98% ->
311-444  (101883-102016)   100% ->
445-667  (103246-103468)   100% ->
668-865  (103578-103775)   100% ->
866-1067  (104113-104314)   100% ->
1068-1176  (104744-104852)   100% ->
1177-1235  (105002-105060)   100% ->
1236-1302  (105149-105215)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCATGCAGAAAATCTTTGCCCGGGAAATCTTGGACTCCAGGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCATGCAGAAAATCTTTGCCCGGGAAATCTTGGACTCCAGGGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCACGGTGGAGGTGGACCTGCACACGGCCAAGG         GCCGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CCCCACGGTGGAGGTGGACCTGCACACGGCCAAGGGTA...CAGGCCGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCGAGCAGCTGTGCCCAGTGGGGCTTCCACGGGTATCTATGAGGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100972 TCCGAGCAGCTGTGCCCAGTGGGGCTTCCACGGGTATCTATGAGGCTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAACTAAGAGACGGAGACAAAGGCCGCTACCTGGGGAAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101022 GAACTAAGAGACGGAGACAAAGGCCGCTACCTGGGGAAAGGTG...TAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGTCCTGAAGGCTGTGGAGAACATCAACAGTACTCTGGGCCCTGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 101223 AGTCCTGAAGGCTGTGGAGAACATCAACAATACTCTGGGCCCTGCTCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCAAAAG         AAACTAAGCGTTGCGGATCAAGAAAAAGTTGAC
        ||||||||>>>...>>>||||||||||||| |||||||||||||||||||
 101273 TGCAAAAGGCA...CAGAAACTAAGCGTTGTGGATCAAGAAAAAGTTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAATTTATGATTGAGCTAGATGGGACCGAGAATAAGT         CCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101476 AAATTTATGATTGAGCTAGATGGGACCGAGAATAAGTGTG...CAGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GTTTGGGGCCAATGCCATCCTGGGCGTGTCCTTGGCCGTGTGTAAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101887 GTTTGGGGCCAATGCCATCCTGGGCGTGTCCTTGGCCGTGTGTAAGGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GAGCAGCTGAGAAGGGGGTCCCCCTGTACCGCCACATCGCAGATCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101937 GAGCAGCTGAGAAGGGGGTCCCCCTGTACCGCCACATCGCAGATCTCGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGGAACCCTGACCTCATACTCCCAGTGCCA         GCCTTCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101987 GGGAACCCTGACCTCATACTCCCAGTGCCAGTG...CAGGCCTTCAATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GATCAACGGGGGCTCCCATGCTGGAAACAAGCTGGCCATGCAGGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103257 GATCAACGGGGGCTCCCATGCTGGAAACAAGCTGGCCATGCAGGAGTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGATTCTGCCTGTGGGAGCCAGCTCCTTCAAGGAAGCCATGCGCATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103307 TGATTCTGCCTGTGGGAGCCAGCTCCTTCAAGGAAGCCATGCGCATTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCGAGGTCTACCACCACCTCAAGGGGGTCATCAAGGCCAAGTATGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103357 GCCGAGGTCTACCACCACCTCAAGGGGGTCATCAAGGCCAAGTATGGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGATGCCACCAATGTGGGTGATGAAGGTGGCTTCGCACCCAACATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103407 GGATGCCACCAATGTGGGTGATGAAGGTGGCTTCGCACCCAACATCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAACAATGAGG         CCCTGGAGCTGCTGAAGACGGCCATCCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103457 AGAACAATGAGGGTC...CAGCCCTGGAGCTGCTGAAGACGGCCATCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCGGCTGGTTACCCAGACAAGGTGGTGATCGGCATGGATGTGGCAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103607 GCGGCTGGTTACCCAGACAAGGTGGTGATCGGCATGGATGTGGCAGCATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGAGTTCTATCGCAATGGGAAGTACGATCTTGACTTCAAGTCGCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103657 TGAGTTCTATCGCAATGGGAAGTACGATCTTGACTTCAAGTCGCCTGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATCCCGCACGGCACATCACTGGGGAGAAGCTCGGAGAGCTGTATAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103707 ATCCCGCACGGCACATCACTGGGGAGAAGCTCGGAGAGCTGTATAAGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTATCAAGAACTATCCTG         TGGTCTCCATCGAAGACCCCTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103757 TTTATCAAGAACTATCCTGGTG...CAGTGGTCTCCATCGAAGACCCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGACCAGGATGACTGGGCCACTTGGACCTCCTTCCTCTCGGGGGTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104135 TGACCAGGATGACTGGGCCACTTGGACCTCCTTCCTCTCGGGGGTGAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCCAGATTGTGGGGGATGACTTGACAGTCACCAACCCCAAGAGGATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104185 TCCAGATTGTGGGGGATGACTTGACAGTCACCAACCCCAAGAGGATTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAGGCCGTTGAGAAGAAGGCCTGCAACTGTCTGCTGCTGAAGGTCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104235 CAGGCCGTTGAGAAGAAGGCCTGCAACTGTCTGCTGCTGAAGGTCAACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GATCGGCTCGGTGACCGAATCGATCCAGGC         GTGCAAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104285 GATCGGCTCGGTGACCGAATCGATCCAGGCGTG...CAGGTGCAAACTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTCAGTCTAATGGCTGGGGGGTGATGGTGAGCCACCGCTCTGGGGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104755 CTCAGTCTAATGGCTGGGGGGTGATGGTGAGCCACCGCTCTGGGGAGACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGGACACATTCATTGCTGACCTTGTGGTGGGGCTCTGCACAGGACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104805 GAGGACACATTCATTGCTGACCTTGTGGTGGGGCTCTGCACAGGACAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1177        ATCAAGACTGGCGCCCCCTGCCGCTCGGAGCGTCTGGCCAAAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104855 A...CAGATCAAGACTGGCGCCCCCTGCCGCTCGGAGCGTCTGGCCAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACAACCAACTCATGAG         GATCGAGGAGGCTCTTGGGGACAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105045 ACAACCAACTCATGAGGTA...TAGGATCGAGGAGGCTCTTGGGGACAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCAATCTTTGCTGGACGCAAGTTCCGTAACCCGAAGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105174 GCAATCTTTGCTGGACGCAAGTTCCGTAACCCGAAGGCCAAG