seq1 = pF1KE5508.tfa, 1311 bp
seq2 = pF1KE5508/gi568815581f_28755035.tfa (gi568815581f:28755035_28960550), 205516 bp

>pF1KE5508 1311
>gi568815581f:28755035_28960550 (Chr17)

1-283  (100001-100283)   100% ->
284-411  (101230-101357)   100% ->
412-489  (101471-101548)   100% ->
490-536  (102905-102951)   100% ->
537-598  (103112-103173)   100% ->
599-711  (103340-103452)   100% ->
712-960  (103542-103790)   100% ->
961-1110  (103930-104079)   100% ->
1111-1191  (104169-104249)   100% ->
1192-1311  (105397-105516)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCCCCAGCTGGCGCGGGGCTAGGCTTGTTCAATCGGTGTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCCCCCAGCTGGCGCGGGGCTAGGCTTGTTCAATCGGTGTTAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTCTGGCAGGTGGGCCCTCATGTCGCGAGGGAGCGGGTGATCCCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTCTGGCAGGTGGGCCCTCATGTCGCGAGGGAGCGGGTGATCCCTTTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCACTCTTAGGCTTCCAACGGAGGTGCGTGTCCTGCGTCGCGGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTCACTCTTAGGCTTCCAACGGAGGTGCGTGTCCTGCGTCGCGGGGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTTTCTCTGGTCCCCGCTTGGCCTCGGCTTCTCGCAGTAATGGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTTTCTCTGGTCCCCGCTTGGCCTCGGCTTCTCGCAGTAATGGCCAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCTGCCCTGGACCACTTCCTCGGATTCTCTCAGCCCGACAGTTCGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCTGCCCTGGACCACTTCCTCGGATTCTCTCAGCCCGACAGTTCGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCCTTGCGTCCCCGCGGTGTCCATGAACAGAG         ATGAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100251 CTCCTTGCGTCCCCGCGGTGTCCATGAACAGAGGTA...TAGATGAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGTCCTCTTGGTCCATCACCCTGATATGCCTGAGAATTCCCGGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101238 GATGTCCTCTTGGTCCATCACCCTGATATGCCTGAGAATTCCCGGGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACGAGTGGTCCTCCTGGGAGCCCCGAATGCAGGGAAGTCAACACTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101288 ACGAGTGGTCCTCCTGGGAGCCCCGAATGCAGGGAAGTCAACACTCTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCAGCTACTGGGCCGAAAG         GTGTTCCCTGTTTCCAGGAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101338 ACCAGCTACTGGGCCGAAAGGTA...CAGGTGTTCCCTGTTTCCAGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGCATACTACTCGCTGCCAAGCTCTGGGGGTCATCACAGAGAAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101492 GTGCATACTACTCGCTGCCAAGCTCTGGGGGTCATCACAGAGAAGGAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCAGGTG         ATTCTACTTGACACACCTGGCATTATCAGTCCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101542 CCAGGTGGTG...TAGATTCTACTTGACACACCTGGCATTATCAGTCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTAAACAGAAGAG         GCATCACCTGGAGCTCTCTTTGTTGGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102939 GTAAACAGAAGAGGTA...CAGGCATCACCTGGAGCTCTCTTTGTTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATCCATGGAAGAGCATGGAATCTGCTGATCTTG         TTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103140 GATCCATGGAAGAGCATGGAATCTGCTGATCTTGGTT...TAGTTGTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCTTGTGGATGTCTCAGACAAGTGGACACGGAACCAGCTCAGCCCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103347 TCTTGTGGATGTCTCAGACAAGTGGACACGGAACCAGCTCAGCCCCCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCTCAGGTGCTTGACCAAGTACTCCCAGATCCCTAGTGTCCTGGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103397 TGCTCAGGTGCTTGACCAAGTACTCCCAGATCCCTAGTGTCCTGGTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACAAG         GTAGATTGTTTGAAGCAGAAGTCAGTTCTCCTGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103447 AACAAGGTG...CAGGTAGATTGTTTGAAGCAGAAGTCAGTTCTCCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTCACGGCAGCCCTCACTGAAGGTGTGGTCAATGGCAAAAAGCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103577 GCTCACGGCAGCCCTCACTGAAGGTGTGGTCAATGGCAAAAAGCTCAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGAGGCAGGCCTTCCACTCACACCCTGGCACCCATTGCCCCAGCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103627 TGAGGCAGGCCTTCCACTCACACCCTGGCACCCATTGCCCCAGCCCAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTTAAGGACCCAAACACACAATCTGTGGGAAATCCTCAGAGGATTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103677 GTTAAGGACCCAAACACACAATCTGTGGGAAATCCTCAGAGGATTGGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCCCCACTTCAAGGAGATCTTCATGTTGTCAGCCCTAAGCCAGGAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103727 GCCCCACTTCAAGGAGATCTTCATGTTGTCAGCCCTAAGCCAGGAGGACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGAAAACACTAAAG         CAATACCTTCTGACACAGGCCCAGCCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103777 TGAAAACACTAAAGGTC...CAGCAATACCTTCTGACACAGGCCCAGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGGCCCTGGGAGTACCACAGTGCAGTCCTCACTAGCCAGACACCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103957 GGGCCCTGGGAGTACCACAGTGCAGTCCTCACTAGCCAGACACCAGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GATCTGTGCCAACATTATCCGAGAGAAGCTCCTAGAACACCTGCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104007 GATCTGTGCCAACATTATCCGAGAGAAGCTCCTAGAACACCTGCCCCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGGTGCCTTACAATGTACAGCAG         AAGACAGCAGTGTGGGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104057 AGGTGCCTTACAATGTACAGCAGGTA...CAGAAGACAGCAGTGTGGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAGGACCAGGTGGGGAGCTGGTTATCCAACAGAAGCTTCTGGTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104187 GAAGGACCAGGTGGGGAGCTGGTTATCCAACAGAAGCTTCTGGTGCCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAATCTTATGTG         AAACTCCTGATTGGTCCGAAGGGCCACG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104237 AGAATCTTATGTGGTA...CAGAAACTCCTGATTGGTCCGAAGGGCCACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGATCTCCCAGATAGCACAGGAGGCAGGCCATGACCTCATGGACATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105425 TGATCTCCCAGATAGCACAGGAGGCAGGCCATGACCTCATGGACATCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTCTGCGATGTTGACATCCGCCTCTCTGTGAAGCTCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105475 CTCTGCGATGTTGACATCCGCCTCTCTGTGAAGCTCCTCAAG