seq1 = pF1KE5506.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KE5506/gi568815595f_148765308.tfa (gi568815595f:148765308_148996704), 231397 bp

>pF1KE5506 1251
>gi568815595f:148765308_148996704 (Chr3)

1-68  (100001-100068)   100% ->
69-144  (100166-100241)   100% ->
145-269  (103608-103732)   99% ->
270-372  (113134-113236)   100% ->
373-474  (113340-113441)   100% ->
475-576  (114481-114582)   99% ->
577-687  (116215-116325)   100% ->
688-778  (117198-117288)   100% ->
779-981  (118306-118508)   100% ->
982-1066  (120786-120870)   100% ->
1067-1251  (131213-131397)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCTCATCCTGCCTGTGGGTTTGATTGCTACCACTCTTGCAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCTCATCCTGCCTGTGGGTTTGATTGCTACCACTCTTGCAATTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCTGTCCGCTTTGACAG         GGAGAAGGTGTTCCGCGTGAAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100051 TCCTGTCCGCTTTGACAGGTA...AAGGGAGAAGGTGTTCCGCGTGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCAGGATGAAAAACAAGCAGACATCATAAAGGACTTGGCCAAAACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100189 CCCAGGATGAAAAACAAGCAGACATCATAAAGGACTTGGCCAAAACCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAG         CTTGACTTCTGGTATCCAGGTGCCACCCACCACGTAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100239 GAGGTA...CAGCTTGACTTCTGGTATCCAGGTGCCACCCACCACGTAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCTAAAATGATGGTGGATTTCCGAGTTAGTGAGAAGGAATCCCAAGCCA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103646 TGCTAATATGATGGTGGATTTCCGAGTTAGTGAGAAGGAATCCCAAGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCAGTCTGCCTTGGATCAAAATAAAATGCACTATGA         AATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103696 TCCAGTCTGCCTTGGATCAAAATAAAATGCACTATGAGTA...CAGAATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGATTCATGATCTACAAGAAGAGATTGAGAAACAGTTTGATGTTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113138 TTGATTCATGATCTACAAGAAGAGATTGAGAAACAGTTTGATGTTAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGATATCCCAGGCAGGCACAGCTACGCAAAATACAATAATTGGGAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113188 AGATATCCCAGGCAGGCACAGCTACGCAAAATACAATAATTGGGAAAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         ATTGTGGCTTGGACTGAAAAGATGATGGATAAGTATCCTGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113238 TA...AAGATTGTGGCTTGGACTGAAAAGATGATGGATAAGTATCCTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGGTCTCTCGTATTAAAATTGGATCTACTGTTGAAGATAATCCACTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113382 ATGGTCTCTCGTATTAAAATTGGATCTACTGTTGAAGATAATCCACTATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTTCTGAAG         ATTGGGGAAAAGAATGAAAGAAGAAAGGCTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 113432 TGTTCTGAAGGTA...TAGATTGGGGAAAAGAATGAAAGAAGAAAGGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTTTTATGGATTGTGGCATTCACGCACGAGAATGGGTCTCCCCAGCATTC
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114512 TTTTTACGGATTGTGGCATTCACGCACGAGAATGGGTCTCCCCAGCATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGCCAGTGGTTTGTCTATCAG         GCAACCAAAACTTATGGGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 114562 TGCCAGTGGTTTGTCTATCAGGTA...CAGGCAACCAAAACTTATGGGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAACAAAATTATGACCAAACTCTTGGACCGAATGAATTTTTACATTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116235 AAACAAAATTATGACCAAACTCTTGGACCGAATGAATTTTTACATTCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGTGTTCAATGTTGATGGATATATTTGGTCATGGACAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116285 CTGTGTTCAATGTTGATGGATATATTTGGTCATGGACAAAGGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AACCGCATGTGGAGAAAAAATCGTTCCAAGAACCAAAACTCCAAATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117198 AACCGCATGTGGAGAAAAAATCGTTCCAAGAACCAAAACTCCAAATGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGGCACTGACCTCAACAGGAATTTTAATGCTTCATGGAACT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117248 CGGCACTGACCTCAACAGGAATTTTAATGCTTCATGGAACTGTG...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCATTCCTAACACCAATGACCCATGTGCAGATAACTATCGGGGCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118306 CCATTCCTAACACCAATGACCCATGTGCAGATAACTATCGGGGCTCTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCAGAGTCCGAGAAAGAGACGAAAGCTGTCACTAATTTCATTAGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118356 CCAGAGTCCGAGAAAGAGACGAAAGCTGTCACTAATTTCATTAGAAGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGAATGAAATCAAGGTTTACATCACCTTCCATTCCTACTCCCAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118406 CCTGAATGAAATCAAGGTTTACATCACCTTCCATTCCTACTCCCAGATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TATTGTTTCCCTATGGATATACATCAAAACTGCCACCTAACCATGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118456 TATTGTTTCCCTATGGATATACATCAAAACTGCCACCTAACCATGAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTG         GCCAAAGTTGCAAAGATTGGCACTGATGTTCTATCAAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118506 TTGGTA...CAGGCCAAAGTTGCAAAGATTGGCACTGATGTTCTATCAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCGATATGAAACCCGCTACATCTATGGCCCAATAGAATCAACAATTT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 120824 TCGATATGAAACCCGCTACATCTATGGCCCAATAGAATCAACAATTTGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1067       ACCCGATATCAGGTTCTTCTTTAGACTGGGCTTATGACCTGGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120874 ...CAGACCCGATATCAGGTTCTTCTTTAGACTGGGCTTATGACCTGGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATCAAACACACATTTGCCTTTGAGCTCCGAGATAAAGGCAAATTTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131257 ATCAAACACACATTTGCCTTTGAGCTCCGAGATAAAGGCAAATTTGGTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TCTCCTTCCAGAATCCCGGATAAAGCCAACGTGCAGAGAGACCATGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131307 TCTCCTTCCAGAATCCCGGATAAAGCCAACGTGCAGAGAGACCATGCTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTGTCAAATTTATTGCCAAGTATATCCTCAAGCATACTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131357 CTGTCAAATTTATTGCCAAGTATATCCTCAAGCATACTTCC