seq1 = pF1KE5504.tfa, 1260 bp
seq2 = pF1KE5504/gi568815579r_50258556.tfa (gi568815579r:50258556_50462314), 203759 bp

>pF1KE5504 1260
>gi568815579r:50258556_50462314 (Chr19)

(complement)

1-83  (96694-96776)   100% ->
84-225  (100002-100143)   99% ->
226-349  (100223-100346)   100% ->
350-468  (100534-100652)   100% ->
469-668  (101175-101374)   100% ->
669-791  (102453-102575)   99% ->
792-936  (102668-102812)   100% ->
937-1035  (103206-103304)   100% ->
1036-1260  (103535-103759)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCCACCACCGCTGCTGCAACCCCTGCTGCTGCTGCTGCCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  96694 ATGTCTCCACCACCGCTGCTGCAACCCCTGCTGCTGCTGCTGCCTCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATGTGGAGCCTTCCGGGGCCACACTGATCCG         CATCCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  96744 GAATGTGGAGCCTTCCGGGGCCACACTGATCCGGTA...CAGCATCCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCATCGAGTCCAACCTGGACGCAGGACCCTGAACCTACTGAGGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100010 TTCATCGAGTCCAACCTGGACGCAGGATCCTGAACCTACTGAGGGGATGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGAACCAGCAGAGCTCCCCAAGTTGGGGGCCCCATCCCCTGGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 AGAGAACCAGCAGAGCTCCCCAAGTTGGGGGCCCCATCCCCTGGGGACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCCATCTTCGTACCTCTCTCGAACTACAGGGAT         GTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100110 GCCCATCTTCGTACCTCTCTCGAACTACAGGGATGTG...CAGGTGCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATTTTGGGGAAATTGGGCTGGGAACGCCTCCACAAAACTTCACTGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100230 ATTTTGGGGAAATTGGGCTGGGAACGCCTCCACAAAACTTCACTGTTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGACACTGGCTCCTCCAATCTCTGGGTCCCGTCCAGGAGATGCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100280 TTTGACACTGGCTCCTCCAATCTCTGGGTCCCGTCCAGGAGATGCCACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCAGTGTGCCCTGCT         GGTTACACCACCGATTTGATCCCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100330 CTTCAGTGTGCCCTGCTGTG...TAGGGTTACACCACCGATTTGATCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGCCTCTAGCTCCTTCCAGGCCAATGGGACCAAGTTTGCCATTCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100558 AAGCCTCTAGCTCCTTCCAGGCCAATGGGACCAAGTTTGCCATTCAATAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAACTGGGCGGGTAGATGGAATCCTGAGCGAGGACAAGCTGACT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100608 GGAACTGGGCGGGTAGATGGAATCCTGAGCGAGGACAAGCTGACTGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     ATTGGTGGAATCAAGGGTGCATCAGTGATTTTCGGGGAGGCTCTCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100658 .TAGATTGGTGGAATCAAGGGTGCATCAGTGATTTTCGGGGAGGCTCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGAGCCCAGCCTGGTCTTCGCTTTTGCCCATTTTGATGGGATATTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101221 GGGAGCCCAGCCTGGTCTTCGCTTTTGCCCATTTTGATGGGATATTGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCGGTTTTCCCATTCTGTCTGTGGAAGGAGTTCGGCCCCCGATGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101271 CTCGGTTTTCCCATTCTGTCTGTGGAAGGAGTTCGGCCCCCGATGGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACTGGTGGAGCAGGGGCTATTGGATAAGCCTGTCTTCTCCTTTTACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101321 ACTGGTGGAGCAGGGGCTATTGGATAAGCCTGTCTTCTCCTTTTACCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACAG         GGACCCTGAAGAGCCTGATGGAGGAGAGCTGGTCCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101371 ACAGGTA...CAGGGACCCTGAAGAGCCTGATGGAGGAGAGCTGGTCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGGGGCTCGGACCCGGCACACTACATCCCACCCCTCACCTTCGTGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102490 GGGGGCTCGGACCCGGCACACTACATCCCACCCCTCACCTTCGTGCCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACGGTCCCCGCCTACTGGCAGATCCACATGGAGCG         TGTGA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102540 CACGGTCCCTGCCTACTGGCAGATCCACATGGAGCGGTG...CAGTGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGTGGGCCCAGGGCTGACTCTCTGTGCCAAGGGCTGTGCTGCCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102673 AGGTGGGCCCAGGGCTGACTCTCTGTGCCAAGGGCTGTGCTGCCATCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATACGGGCACGTCCCTCATCACAGGACCCACTGAGGAGATCCGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102723 GATACGGGCACGTCCCTCATCACAGGACCCACTGAGGAGATCCGGGCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCATGCAGCCATTGGGGGAATCCCCTTGCTGGCTGGGGAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102773 GCATGCAGCCATTGGGGGAATCCCCTTGCTGGCTGGGGAGGTG...CAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACATCATCCTGTGCTCGGAAATCCCAAAGCTCCCCGCAGTCTCCTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103207 ACATCATCCTGTGCTCGGAAATCCCAAAGCTCCCCGCAGTCTCCTTCCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTTGGGGGGGTCTGGTTTAACCTCACGGCCCATGATTACGTCATCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103257 CTTGGGGGGGTCTGGTTTAACCTCACGGCCCATGATTACGTCATCCAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1036        ACTACTCGAAATGGCGTCCGCCTCTGCTTGTCCGGTTTCCAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103307 A...CAGACTACTCGAAATGGCGTCCGCCTCTGCTTGTCCGGTTTCCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCCTGGATGTCCCTCCGCCTGCAGGGCCCTTCTGGATCCTCGGTGACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103578 CCCTGGATGTCCCTCCGCCTGCAGGGCCCTTCTGGATCCTCGGTGACGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTCTTGGGGACGTATGTGGCCGTCTTCGACCGCGGGGACATGAAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103628 TTCTTGGGGACGTATGTGGCCGTCTTCGACCGCGGGGACATGAAGAGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CGCCCGGGTGGGCCTGGCGCGCGCTCGCACTCGCGGAGCGGACCTCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103678 CGCCCGGGTGGGCCTGGCGCGCGCTCGCACTCGCGGAGCGGACCTCGGAT

   1300     .    :    .    :    .    :
   1229 GGGGAGAGACTGCGCAGGCGCAGTTCCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 103728 GGGGAGAGACTGCGCAGGCGCAGTTCCCCGGG