seq1 = pF1KE5501.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KE5501/gi568815591f_130280521.tfa (gi568815591f:130280521_130488008), 207488 bp

>pF1KE5501 1257
>gi568815591f:130280521_130488008 (Chr7)

1-65  (100001-100065)   100% ->
66-147  (100578-100659)   100% ->
148-381  (101110-101343)   99% ->
382-483  (101588-101689)   100% ->
484-585  (102871-102972)   100% ->
586-696  (103164-103274)   100% ->
697-787  (104016-104106)   100% ->
788-987  (104626-104825)   99% ->
988-1072  (105319-105403)   100% ->
1073-1257  (107304-107488)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGGGTTGCTGGTGTTGAGTGTCCTGTTGGGGGCTGTCTTTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGGGGTTGCTGGTGTTGAGTGTCCTGTTGGGGGCTGTCTTTGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGACTTTGTGGG         GCATCAGGTGCTCCGAATCTCTGTAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGACTTTGTGGGGTA...CAGGCATCAGGTGCTCCGAATCTCTGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGATGAGGCCCAGGTACAGAAGGTGAAGGAGCTGGAGGACCTGGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100604 CCGATGAGGCCCAGGTACAGAAGGTGAAGGAGCTGGAGGACCTGGAGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCAG         CTGGACTTCTGGCGGGGCCCTGCCCACCCTGGCTC
        ||||||>>>...>>>||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100654 CTGCAGGTC...CAGCTGGACTTCTGGCGGGGGCCTGCCCACCCTGGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCCATCGACGTCCGAGTGCCCTTCCCCAGCATCCAGGCGGTCAAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101145 CCCCATCGACGTCCGAGTGCCCTTCCCCAGCATCCAGGCGGTCAAGATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCTGGAGTCCCACGGCATCAGCTATGAGACCATGATCGAGGACGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101195 TTCTGGAGTCCCACGGCATCAGCTATGAGACCATGATCGAGGACGTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCGCTGCTGGACGAGGAGCAGGAGCAGATGTTCGCCTTCCGGTCCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101245 TCGCTGCTGGACGAGGAGCAGGAGCAGATGTTCGCCTTCCGGTCCCGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCGCTCCACCGACACTTTTAACTACGCCACCTACCACACCCTGGAGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101295 GCGCTCCACCGACACTTTTAACTACGCCACCTACCACACCCTGGAGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382         ATCTATGACTTCCTGGACCTGCTGGTGGCGGAGAACCCGCAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101345 TG...CAGATCTATGACTTCCTGGACCTGCTGGTGGCGGAGAACCCGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTGTCAGCAAGATCCAGATTGGCAACACCTATGAAGGGCGTCCCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101630 CTTGTCAGCAAGATCCAGATTGGCAACACCTATGAAGGGCGTCCCATTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGTGCTGAAG         TTCAGCACGGGGGGCAGTAAGCGTCCAGCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101680 CGTGCTGAAGGTA...CAGTTCAGCACGGGGGGCAGTAAGCGTCCAGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTGGATCGACACGGGCATCCATTCCCGGGAGTGGGTCACCCAGGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102902 TCTGGATCGACACGGGCATCCATTCCCGGGAGTGGGTCACCCAGGCCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGGTCTGGTTTGCAAAGAAG         ATCACTCAAGACTACGGGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102952 GGGGTCTGGTTTGCAAAGAAGGTA...CAGATCACTCAAGACTACGGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGATGCAGCTTTCACCGCCATTCTCGACACCTTGGACATCTTCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103184 GGATGCAGCTTTCACCGCCATTCTCGACACCTTGGACATCTTCCTGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCGTCACCAACCCTGATGGCTTTGCCTTCACGCACAGCACG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103234 TCGTCACCAACCCTGATGGCTTTGCCTTCACGCACAGCACGGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AATCGCATGTGGCGCAAGACTCGGTCCCACACAGCAGGCTCCCTCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104016 AATCGCATGTGGCGCAAGACTCGGTCCCACACAGCAGGCTCCCTCTGTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGGCGTGGACCCCAACAGGAACTGGGACGCTGGCTTTGGGT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104066 TGGCGTGGACCCCAACAGGAACTGGGACGCTGGCTTTGGGTGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGTCCGGAGCCAGCAGTAACCCCTGCTCGGAGACTTACCGCGGCAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 104626 TGTCCGGAGCCAGCAGTAACCCCTGCTCGGAGACTTACCACGGCAAGTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCCAATTCCGAAGTGGAGGTCAAGTCCATTGTAGACTTTGTGAAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104676 GCCAATTCCGAAGTGGAGGTCAAGTCCATTGTAGACTTTGTGAAGGACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGGGAACATCAAGGCCTTCATCTCCATCCACAGCTACTCCCAGCTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104726 TGGGAACATCAAGGCCTTCATCTCCATCCACAGCTACTCCCAGCTCCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTATCCCTATGGCTACAAAACAGAACCAGTCCCTGACCAGGATGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104776 TGTATCCCTATGGCTACAAAACAGAACCAGTCCCTGACCAGGATGAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988          GATCAGCTTTCCAAGGCTGCTGTGACAGCCCTGGCCTCTCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104826 GTA...CAGGATCAGCTTTCCAAGGCTGCTGTGACAGCCCTGGCCTCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTACGGGACCAAGTTCAACTATGGCAGCATCATCAAGGCAATTT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105360 CTACGGGACCAAGTTCAACTATGGCAGCATCATCAAGGCAATTTGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1073    ATCAAGCCAGTGGAAGCACTATTGACTGGACCTACAGCCAGGGCATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107301 CAGATCAAGCCAGTGGAAGCACTATTGACTGGACCTACAGCCAGGGCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGTACTCCTTCACCTTCGAGCTCCGGGACACTGGGCGCTATGGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107351 AAGTACTCCTTCACCTTCGAGCTCCGGGACACTGGGCGCTATGGCTTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCTGCCAGCCTCCCAGATCATCCCCACAGCCAAGGAGACGTGGCTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107401 GCTGCCAGCCTCCCAGATCATCCCCACAGCCAAGGAGACGTGGCTGGCGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1220 TTCTGACCATCATGGAGCACACCCTGAATCACCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107451 TTCTGACCATCATGGAGCACACCCTGAATCACCCCTAC