seq1 = pF1KE5491.tfa, 1032 bp
seq2 = pF1KE5491/gi568815587f_55267884.tfa (gi568815587f:55267884_55468915), 201032 bp

>pF1KE5491 1032
>gi568815587f:55267884_55468915 (Chr11)

1-1032  (100001-101032)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTTCTGACAAATAATCTCAAATTTATCACTGACCCTTTTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTTCTGACAAATAATCTCAAATTTATCACTGACCCTTTTGTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGGCTCCGACACCTGAGTCCAACACCTTCAGAAGAACACATGAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGGCTCCGACACCTGAGTCCAACACCTTCAGAAGAACACATGAAAAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAACAATGTGACTGAATTTATCCTCTTAGGGCTCACACAGAACCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAACAATGTGACTGAATTTATCCTCTTAGGGCTCACACAGAACCCTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCAAAAGGTTTTATTTGTCACATTCTTACTAATCTACATGGTGACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCAAAAGGTTTTATTTGTCACATTCTTACTAATCTACATGGTGACGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATGGGCAACCTGCTTATCATAGTGACCATCATGGCCAGCCAGTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AATGGGCAACCTGCTTATCATAGTGACCATCATGGCCAGCCAGTCCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTTCCCCCATGTACTTTTTTCTGGCTTCTTTATCATTCATAGATACCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTTCCCCCATGTACTTTTTTCTGGCTTCTTTATCATTCATAGATACCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TATTCTACTGCATTTGCTCCCAAAATGATTGTTGACTTGCTCTCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TATTCTACTGCATTTGCTCCCAAAATGATTGTTGACTTGCTCTCTGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAAGACCATTTCCTTTCAGGGTTGTATGGCTCAACTTTTTATGGATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAAGACCATTTCCTTTCAGGGTTGTATGGCTCAACTTTTTATGGATCATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TATTTGCTGGTGCTGAAGTCATTCTTCTGGTGGTAATGGCCTATGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TATTTGCTGGTGCTGAAGTCATTCTTCTGGTGGTAATGGCCTATGATCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TACATGGCCATCTGTAAGCCTCTTCATGAATTGATCACCATGAATCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TACATGGCCATCTGTAAGCCTCTTCATGAATTGATCACCATGAATCGTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGTCTGTGTTCTTATGTTGTTGGCGGCCTGGATTGGAGGCTTTCTTCACT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGTCTGTGTTCTTATGCTGTTGGCGGCCTGGATTGGAGGCTTTCTTCACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CATTGGTTCAATTTCTCTTTATTTATCAGCTCCCTTTCTGTGGACCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CATTGGTTCAATTTCTCTTTATTTATCAGCTCCCTTTCTGTGGACCCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCATTGACAACTTCCTGTGTGATTTGTATCCCTTATTGAAACTTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCATTGACAACTTCCTGTGTGATTTGTATCCCTTATTGAAACTTGCTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACCAATACCTATGTCACTGGGCTTTCTATGATAGCTAATGGAGGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACCAATACCTATGTCACTGGGCTTTCTATGATAGCTAATGGAGGAGCGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTTGTGCTGTCACCTTCTTCACTATCCTGCTTTCCTATGGGGTCATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTTGTGCTGTCACCTTCTTCACTATCCTGCTTTCCTATGGGGTCATATTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CACTCTCTTAAGACTCAGAGTTTGGAAGGGAAACGAAAAGCTTTCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CACTCTCTTAAGACTCAGAGTTTGGAAGGGAAACGAAAAGCTTTCTACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTGTGCATCCCACGTCACTGTGGTCATTTTATTCTTTGTCCCCTGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTGTGCATCCCACGTCACTGTGGTCATTTTATTCTTTGTCCCCTGTATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTTGTATGCAAGGCCCAATTCTACTTTTCCCATTGATAAATCCATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCTTGTATGCAAGGCCCAATTCTACTTTTCCCATTGATAAATCCATGACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTAGTTCTAACTTTTATAACTCCCATGCTGAACCCACTAATCTATACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTAGTTCTAACTTTTATAACTCCCATGCTGAACCCACTAATCTATACCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAAGAATGCAGAAATGAAAAGTGCCATGAGGAAACTTTGGAGTAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GAAGAATGCAGAAATGAAAAGTGCCATGAGGAAACTTTGGAGTAAAAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :
   1001 TAAGCTTAGCTGGGAAATGGCTGTATCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TAAGCTTAGCTGGGAAATGGCTGTATCACTCA