seq1 = pF1KE5488.tfa, 1026 bp
seq2 = pF1KE5488/gi568815587f_4721386.tfa (gi568815587f:4721386_4922411), 201026 bp

>pF1KE5488 1026
>gi568815587f:4721386_4922411 (Chr11)

1-1026  (100001-101026)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGAAACATCCCTGTCTTCTCAGTGCTTCCCTATGTCGGTCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGAAACATCCCTGTCTTCTCAGTGCTTCCCTATGTCGGTCCTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAATACCATTGCTGAGCCTCTGATCTTCCTCCTGATGGGCATTCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAATACCATTGCTGAGCCTCTGATCTTCCTCCTGATGGGCATTCCAGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAAGCCACCCAGTACTGGATCTCCATCCCTTTTTGTCTCCTATATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAAGCCACCCAGTACTGGATCTCCATCCCTTTTTGTCTCCTATATGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTGCCGTCTCTGGAAATAGCATGATCCTGTTTGTGGTCCTCTGTGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTTGCCGTCTCTGGAAATAGCATGATCCTGTTTGTGGTCCTCTGTGAACG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGCCTCCATAAGCCTATGTACTATTTCCTCTCTATGCTTTCAGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGCCTCCATAAGCCTATGTACTATTTCCTCTCTATGCTTTCAGCCACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTGAGCTTGTCCCTGTGTACACTTTCTACTACCCTTGGTGTCTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTGAGCTTGTCCCTGTGTACACTTTCTACTACCCTTGGTGTCTTCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGAAGCCCGAGAAATCAACCTAAATGCCTGCATTGCCCAGATGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGAAGCCCGAGAAATCAACCTAAATGCCTGCATTGCCCAGATGTTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCTACACGGATTTACTTTCATGGAGTCTGGGGTTCTACTGGCCATGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCTACACGGATTTACTTTCATGGAGTCTGGGGTTCTACTGGCCATGGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGATCGTTTTGTGGCCATCTGTTACCCACTGAGATACACTACCATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGATCGTTTTGTGGCCATCTGTTACCCACTGAGATACACTACCATCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACCAATGCCCGAATTGCCAAGATTGGGATGAGCATGTTGATAAGAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACCAATGCCCGAATTGCCAAGATTGGGATGAGCATGTTGATAAGAAATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCCGTCATGTTGCCAGTCATGCTCTTTGTCAAGAGGTTGTCCTTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCCGTCATGTTGCCAGTCATGCTCTTTGTCAAGAGGTTGTCCTTCTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTTCTATGGTCCTTTCACATTCTTACTGCTACCATGTTGATCTCATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTTCTATGGTCCTTTCACATTCTTACTGCTACCATGTTGATCTCATCCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCTCCTGCACAGACAATAGGATCAACAGCATCCTTGGTCTGTTTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTCTCCTGCACAGACAATAGGATCAACAGCATCCTTGGTCTGTTTGCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTTGTCCACTACAGGGTTTGACTGCCCTTGCATCCTGCTCTCCTATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTTGTCCACTACAGGGTTTGACTGCCCTTGCATCCTGCTCTCCTATATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGATCATTCGATCTGTCCTCAGCATTGCTTCCTCAGAAGAGAGGCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGATCATTCGATCTGTCCTCAGCATTGCTTCCTCAGAAGAGAGGCGGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCTTCAACACCTGCACATCCCACATCAGTGCTGTTTCCATCTTCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCTTCAACACCTGCACATCCCACATCAGTGCTGTTTCCATCTTCTACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCCTCTCATCAGTTTGTCTCTTGTCCATCGCTATGGCCATTCAGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCCTCTCATCAGTTTGTCTCTTGTCCATCGCTATGGCCATTCAGCACCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CATTTGTCCACATCATCATGGCCAATGTCTTTCTGCTAATCCCTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CATTTGTCCACATCATCATGGCCAATGTCTTTCTGCTAATCCCTCCTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTCAACCCTATTATTTACAGTGTAAAGATTAAGCAGATTCAAAAGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCAACCCTATTATTTACAGTGTAAAGATTAAGCAGATTCAAAAGGCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TATCAAGGTCTTAATTCAGAAGCACTCCAAATCTAATCATCAGCTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TATCAAGGTCTTAATTCAGAAGCACTCCAAATCTAATCATCAGCTATTTC

   1000     .    :    .    :    .
   1001 TGATTAGAGATAAAGCCATTTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGATTAGAGATAAAGCCATTTATGAA