seq1 = pF1KE5487.tfa, 1020 bp
seq2 = pF1KE5487/gi568815587f_56152200.tfa (gi568815587f:56152200_56353219), 201020 bp

>pF1KE5487 1020
>gi568815587f:56152200_56353219 (Chr11)

1-1020  (100001-101020)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCCACTTTCACAGGCTATAACCTTTATAACCTGCAAGTAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTCCACTTTCACAGGCTATAACCTTTATAACCTGCAAGTAAAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAATGGACAAGTTGTCATCAGGTTTGGATATATACAGGAATCCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAATGGACAAGTTGTCATCAGGTTTGGATATATACAGGAATCCACTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAACAAGACTGAAGTCACCATGTTTATATTGACAGGCTTCACAGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAACAAGACTGAAGTCACCATGTTTATATTGACAGGCTTCACAGATGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTGAGCTGCAAGTCTTCCTATTTTTACTATTTTTTGCAATCTATCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTGAGCTGCAAGTCTTCCTATTTTTACTATTTTTTGCAATCTATCTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TACCTTGATAGGCAATTTAGGGCTGGTTGTGTTGGTCATTGAGGATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TACCTTGATAGGCAATTTAGGGCTGGTTGTGTTGGTCATTGAGGATTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCTCCACAACCCCATGTATTATTTTCTTAGTGTTTTATCATTCTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCTCCACAACCCCATGTATTATTTTCTTAGTGTTTTATCATTCTTGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTTGCTATTCTACAGTTGTCACTCCAAAAATGTTGGTCAATTTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCTTGCTATTCTACAGTTGTCACTCCAAAAATGTTGGTCAATTTCCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAAAAATAAATCCATTTCATTTATCGGATGTGCAACACAGATGCTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAAAAATAAATCCATTTCATTTATCGGATGTGCAACACAGATGCTTCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGTTACTTTTGGAACTACAGAATGTTTTCTCTTGGCTGCAATGGCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGTTACTTTTGGAACTACAGAATGTTTTCTCTTGGCTGCAATGGCTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATCACTATGTAGCCATCTACAACCCTCTCCTGTATTCAGTGAGCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GATCACTATGTAGCCATCTACAACCCTCTCCTGTATTCAGTGAGCATGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACCCAGAGTCTATGTGCCACTCATCACTGCTTCCTACGTTGCTGGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACCCAGAGTCTATGTGCCACTCATCACTGCTTCCTACGTTGCTGGCATTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TACATGCTACTATACATATAGTGGCTACATTTAGCCTGTCCTTCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TACATGCTACTATACATATAGTGGCTACATTTAGCCTGTCCTTCTGTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCAATGAAATTAGGCATGTCTTTTGTGATATGCCTCCTCTCCTTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCAATGAAATTAGGCATGTCTTTTGTGATATGCCTCCTCTCCTTGCTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTCTTGTTCTGACACTCACACAAACCAGCTTCTACTCTTCTACTTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTCTTGTTCTGACACTCACACAAACCAGCTTCTACTCTTCTACTTTGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTTCTATTGAGATAGTCACTATCCTGATTGTCCTCATTTCCTGTGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTTCTATTGAGATAGTCACTATCCTGATTGTCCTCATTTCCTGTGATTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATTCTGTTGTCCATTCTGAAGATGCATTCTGCTAAGGGAAGGCAAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATTCTGTTGTCCATTCTGAAGATGCATTCTGCTAAGGGAAGGCAAAAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTCTCTACATGTGGCTCTCACCTAACTGGAGTGACAATTTATCATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTCTCTACATGTGGCTCTCACCTAACTGGAGTGACAATTTATCATGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAATTCTCGTCAGTTATATGAGACCAAGTTCCAGCTATGCTTCAGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CAATTCTCGTCAGTTATATGAGACCAAGTTCCAGCTATGCTTCAGACCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GACATCATAGTGTCAATATTTTACACAATTGTGATTCCCAAGTTGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GACATCATAGTGTCAATATTTTACACAATTGTGATTCCCAAGTTGAATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CATCATCTATAGTTTGAGGAACAAAGAAGTAAAAAAGGCAGTGAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CATCATCTATAGTTTGAGGAACAAAGAAGTAAAAAAGGCAGTGAAGAAAA

   1000     .    :    .    :
   1001 TGTTGAAATTGGTTTACAAA
        ||||||||||||||||||||
 101001 TGTTGAAATTGGTTTACAAA