seq1 = pF1KE5482.tfa, 1005 bp
seq2 = pF1KE5482/gi568815586f_55029769.tfa (gi568815586f:55029769_55230773), 201005 bp

>pF1KE5482 1005
>gi568815586f:55029769_55230773 (Chr12)

1-1005  (100001-101005)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTAGGATCCAAACCAAGAGTTCATTTGTATATTTTGCCCTGTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTAGGATCCAAACCAAGAGTTCATTTGTATATTTTGCCCTGTGCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAACAGGTTTCTACCATGGGTGACAGGGGAACAAGCAATCACTCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAACAGGTTTCTACCATGGGTGACAGGGGAACAAGCAATCACTCAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGACTGACTTCATTCTTGCAGGCTTCAGGGTACGCCCAGAGCTCCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGACTGACTTCATTCTTGCAGGCTTCAGGGTACGCCCAGAGCTCCACATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCTCTTCCTGCTATTTTTGTTTGTTTATGCCATGATCCTTCTAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCTCTTCCTGCTATTTTTGTTTGTTTATGCCATGATCCTTCTAGGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTTGGGATGATGACCATTATTATGACTGATCCTCGGCTGAACACACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTTGGGATGATGACCATTATTATGACTGATCCTCGGCTGAACACACCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTATTTTTTCCTAGGCAATCTCTCCTTCATTGATCTTTTCTATTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTATTTTTTCCTAGGCAATCTCTCCTTCATTGATCTTTTCTATTCATCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTTATTGAACCCAAGGCTATGATCAACTTCTGGTCTGAAAACAAGTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTTATTGAACCCAAGGCTATGATCAACTTCTGGTCTGAAAACAAGTCTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCCTTTGCAGGCTGTGTGGCCCAGCTCTTTCTCTTTGCCCTCCTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCCTTTGCAGGCTGTGTGGCCCAGCTCTTTCTCTTTGCCCTCCTCATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGACTGAGGGATTTCTCCTGGCGGCCATGGCTTATGACCGCTTTATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGACTGAGGGATTTCTCCTGGCGGCCATGGCTTATGACCGCTTTATTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCTGCAACCCTCTGCTCTACTCTGTTCAAATGTCCACACGTCTGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCTGCAACCCTCTGCTCTACTCTGTTCAAATGTCCACACGTCTGTGTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCAGTTGGTGGCTGGTTCCTATTTTTGTGGCTGCATTAGCTCAGTTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCAGTTGGTGGCTGGTTCCTATTTTTGTGGCTGCATTAGCTCAGTTATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGACTAGCATGACATTTACTTTATCTTTTTGCGCTTCTCGGGCTGTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGACTAGCATGACATTTACTTTATCTTTTTGCGCTTCTCGGGCTGTTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CACTTTTACTGTGATTCTCGCCCACTTCAGAGACTGTCTTGTTCTGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CACTTTTACTGTGATTCTCGCCCACTTCAGAGACTGTCTTGTTCTGATCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTTATCCATAGAATGATATCTTTTTCCTTATCATGTATTATTATCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTTATCCATAGAATGATATCTTTTTCCTTATCATGTATTATTATCTTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTACTATCATAGTCATTATAGTATCTTACATGTATATTGTGTCCACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTACTATCATAGTCATTATAGTATCTTACATGTATATTGTGTCCACAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTAAAGATACATTCTACTGAGGGACATAAGAAGGCCTTCTCCACCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTAAAGATACATTCTACTGAGGGACATAAGAAGGCCTTCTCCACCTGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCTCACCTGGGAGTTGTGAGTGTGCTGTATGGTGCTGTCTTTTTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCTCACCTGGGAGTTGTGAGTGTGCTGTATGGTGCTGTCTTTTTTATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCTCACTCCTGACAGATTTCCTGAGCTGAGTAAAGTGGCATCCTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCTCACTCCTGACAGATTTCCTGAGCTGAGTAAAGTGGCATCCTTATGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TACTCCCTAGTCACTCCCATGTTGAATCCTTTGATTTACTCTCTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TACTCCCTAGTCACTCCCATGTTGAATCCTTTGATTTACTCTCTGAGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAAAGATGTCCAAGAGGCTCTAAAAAAATTTCTAGAGAAGAAAAATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAAAGATGTCCAAGAGGCTCTAAAAAAATTTCTAGAGAAGAAAAATATTA

   1000     .
   1001 TTCTT
        |||||
 101001 TTCTT