seq1 = pF1KE5477.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE5477/gi568815587r_5885944.tfa (gi568815587r:5885944_6086930), 200987 bp

>pF1KE5477 987
>gi568815587r:5885944_6086930 (Chr11)

(complement)

1-987  (100001-100987)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTTGGTTTCTTTTTTCTCTTTCCTCTCCAAGCCATTGATAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTTTGGTTTCTTTTTTCTCTTTCCTCTCCAAGCCATTGATAATGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTAGCAATTCAAGCTGGAGGCTATCCCAGCCTTCTTTTCTCCTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTTAGCAATTCAAGCTGGAGGCTATCCCAGCCTTCTTTTCTCCTGGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGATTCCAGGTTTAGAGGAAAGCCAGCACTGGATTGCACTGCCCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGATTCCAGGTTTAGAGGAAAGCCAGCACTGGATTGCACTGCCCCTGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCTTTACCTCCTTGCTTTAGTGGGCAATGTTACCATTCTCTTCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCTTTACCTCCTTGCTTTAGTGGGCAATGTTACCATTCTCTTCATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGATGGACCCATCCTTGCACCAATCTATGTACCTCTTCCTGTCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGGATGGACCCATCCTTGCACCAATCTATGTACCTCTTCCTGTCCATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGCTGCCATCAACCTGGTTCTGGCCTCCTCCACTGCACCCAAAGCCCTT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAGCTGCCATCGACCTGGTTCTGGCCTCCTCCACTGCACCCAAAGCCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCAGTGCTCCTGGTTCATGCCCACGAGATTGGGTACATCGTCTGCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCAGTGCTCCTGGTTCATGCCCACGAGATTGGGTACATCGTCTGCCTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCAGATGTTCTTCATCCATGCATTCTCCTCCATGGAGTCAGGGGTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCAGATGTTCTTCATCCATGCATTCTCCTCCATGGAGTCAGGGGTACTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCCATGGCTCTGGATCGCTATGTAGCCATTTGTCACCCCTTGCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCCATGGCTCTGGATCGCTATGTAGCCATTTGTCACCCCTTGCACCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCACAATCCTGCATCCAGGGGTCATAGGGCGCATCGGAATGGTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCCACAATCCTGCATCCAGGGGTCATAGGGCGCATCGGAATGGTGGTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGTGAGGGGATTACTACTCCTTATCCCCTTCCCCATTTTGTTGGGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGTGAGGGGATTACTACTCCTTATCCCCTTCCCCATTTTGTTGGGAACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTATCTTCTGCCAAGCCACCATCATAGGCCATGCCTATTGTGAACATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTATCTTCTGCCAAGCCACCATCATAGGCCATGCCTATTGTGAACATATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTGTTGTGAAACTTGCCTGCTCAGAAACCACAGTCAATCGAGCTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTGTTGTGAAACTTGCCTGCTCAGAAACCACAGTCAATCGAGCTTATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTGACTATGGCCTTGCTTGTGATTGGGCTGGATGTTCTGGCCATTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTGACTATGGCCTTGCTTGTGATTGGGCTGGATGTTCTGGCCATTGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTTCCTATGCCCACATCCTCCAGGCAGTGCTGAAGGTACCAGGGAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTTCCTATGCCCACATCCTCCAGGCAGTGCTGAAGGTACCAGGGAGTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCCGACTTAAGGCGTTTAGCACATGTGGCTCTCATATTTGTGTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCCGACTTAAGGCGTTTAGCACATGTGGCTCTCATATTTGTGTCATCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGTCTTCTATGTCCCTGGAATTTTCTCCTTCCTCACTCACCGCTTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGTCTTCTATGTCCCTGGAATTTTCTCCTTCCTCACTCACCGCTTTGGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCATGTACCCCATCATGTCCATGTTCTTCTGGCCACACGGTATCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCATGTACCCCATCATGTCCATGTTCTTCTGGCCACACGGTATCTCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATGCCACCTGCGCTCAATCCTCTTGTCTATGGAGTGAAGACTCAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATGCCACCTGCGCTCAATCCTCTTGTCTATGGAGTGAAGACTCAGCAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .
    951 CCGCCAGCGAGTGCTCAGAGTGTTTACACAAAAGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCGCCAGCGAGTGCTCAGAGTGTTTACACAAAAGGAT