seq1 = pF1KE5475.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KE5475/gi568815587f_55243201.tfa (gi568815587f:55243201_55444184), 200984 bp

>pF1KE5475 984
>gi568815587f:55243201_55444184 (Chr11)

1-984  (100001-100984)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGACCAAGCAGCAATGTTACAGAATTTGTCCTCCTGGGCCTCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGACCAAGCAGCAATGTTACAGAATTTGTCCTCCTGGGCCTCACTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGATCCTGATGTGAAAAAAACATTATTTGTCATGTTTTTACTCATATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGATCCTGATGTGAAAAAAACATTATTTGTCATGTTTTTACTCATATACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGTGACAATGGTGGGAAACCTCCTCATTTGGGTGACTACTATTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGTGACAATGGTGGGAAACCTCCTCATTTGGGTGACTACTATTGGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCTCCTTGGGCTCCCTAATGTACTTCTTCCTTGCCTACTTGTCACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCTCCTTGGGCTCCCTAATGTACTTCTTCCTTGCCTACTTGTCACTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATGCCATATATTCCACTGCCATGTCACCCAAATTGATGATAGACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGATGCCATATATTCCACTGCCATGTCACCCAAATTGATGATAGACTTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTGTGATAAAATCGCTATTTCCTTGTCAGCTTGCATGGGTCAGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTGTGATAAAATCGCTATTTCCTTGTCAGCTTGCATGGGTCAGCTCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATAGAACACTTACTTGGTGGTGCAGAGGTCTTCCTTTTGGTGGTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATAGAACACTTACTTGGTGGTGCAGAGGTCTTCCTTTTGGTGGTGATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATGATCGCTATGTGGCTATCTCTAAGCCGCTGCACTATTTGAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTATGATCGCTATGTGGCTATCTCTAAGCCGCTGCACTATTTGAACATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAATCGACTGGTTTGCATCCTTCTGTTGGTGGTGGCCATGATTGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAATCGACTGGTTTGCATCCTTCTGTTGGTGGTGGCCATGATTGGAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTGTGCACTCTGTGGTTCAAATTGTCTTTCTGTACAGTCTACCAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTTGTGCACTCTGTGGTTCAAATTGTCTTTCTGTACAGTCTACCAATCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGCCCCAATGTTATTGACCACTCTGTCTGTGACATGTACCCATTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGCCCCAATGTTATTGACCACTCTGTCTGTGACATGTACCCATTGTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AACTGTTGTGCATTGACACCTACTTTATAGGACTCACTGTGGTTGCCAAT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AACTGTTGTGCCTTGACACCTACTTTATAGGACTCACTGTGGTTGCCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGTGGAATAATTTGTATGGTCATCTTTACCTTTCTGCTAATCTCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTGGAATAATTTGTATGGTCATCTTTACCTTTCTGCTAATCTCCTGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGTCATCCTAAACTTCCTTAAAACTTACAGTCAGGAAGAGAGGCATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGTCATCCTAAACTTCCTTAAAACTTACAGTCAGGAAGAGAGGCATAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCTGCCTACCTGCATCTCCCACATCATTGTGGTTGCCCTCGTTTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCTGCCTACCTGCATCTCCCACATCATTGTGGTTGCCCTCGTTTTTGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCTGTATTTTTATGTATGTTAGACCCGTTTCCAACTTTCCCTTTGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCCTGTATTTTTATGTATGTTAGACCCGTTTCCAACTTTCCCTTTGATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATTAATGACTGTGTTTTATTCAATTATCACACTCATGTTGAATCCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ATTAATGACTGTGTTTTATTCAATTATCACACTCATGTTGAATCCTTTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TATACTCGTTGAGACAATCAGAGATGAAAAATGCTATGAAAAATCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TATACTCGTTGAGACAATCAGAGATGAAAAATGCTATGAAAAATCTCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGTGAAATGTTAAGTATAGTTAGAAAAAGAGTATCTCCCACACTGAACAT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGTGAAAAGTTAAGTATAGTTAGAAAAAGAGTATCTCCCACACTGAACAT

    950     .    :    .    :    .    :
    951 ATTTATTCCTAGTTCTAAGGCAACAAATAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ATTTATTCCTAGTTCTAAGGCAACAAATAGGCGG