seq1 = pF1KE5466.tfa, 930 bp
seq2 = pF1KE5466/gi568815587f_56563686.tfa (gi568815587f:56563686_56764602), 200917 bp

>pF1KE5466 930
>gi568815587f:56563686_56764602 (Chr11)

1-930  (100001-100930)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAAAGAAAACAGCTCAATGGTGACTGAGTTTATCTTCATGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATAAAGAAAACAGCTCAATGGTGACTGAGTTTATCTTCATGGGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCCAGGACCCTCAGATGGAGATCATCTTCTTCGTGGTCTTCCTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCCAGGACCCTCAGATGGAGATCATCTTCTTCGTGGTCTTCCTCATAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTACCTGGTTAATGTAGTGGGGAATATTGGTATGATTATCCTGATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTACCTGGTTAATGTAGTGGGGAATATTGGTATGATTATCCTGATTACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACAGACACTCAGCTTCACACACCCATGTATTTTTTCCTCTGCAACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACAGACACTCAGCTTCACACACCCATGTATTTTTTCCTCTGCAACCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTTGTTGACCTGGGCTACTCCTCAGCCATTGCCCCCAGGATGCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTTGTTGACCTGGGCTACTCCTCAGCCATTGCCCCCAGGATGCTGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTCCTAACAAATCACAAAGTTATCTCCTTCTCCAGCTGTGCCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTCCTAACAAATCACAAAGTTATCTCCTTCTCCAGCTGTGCCACCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGCTTTTTTTGTAGGTTTTGTGGATGCTGAGTGCTATGTCCTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGCTTTTTTTGTAGGTTTTGTGGATGCTGAGTGCTATGTCCTGGCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGCCTATGGTCGTTTTGTGGCCATTTGTCGACCCCTCCACTATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGGCCTATGGTCGTTTTGTGGCCATTTGTCGACCCCTCCACTATAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTTCATGTCCAAGCAGGTCTGCTTGGCTCTCATGCTGGGCTCTTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTTCATGTCCAAGCAGGTCTGCTTGGCTCTCATGCTGGGCTCTTACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTGGTCTAGTGAGTTTAGTAGCCCACACTACCCTCACCTTCAGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTGGTCTAGTGAGTTTAGTAGCCCACACTACCCTCACCTTCAGCCTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTACTGTGGTTCCAATATCATCAATCATTTCTTCTGCGAAATCCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTACTGTGGTTCCAATATCATCAATCATTTCTTCTGCGAAATCCCACCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTTGGCCCTCTCTTGCTCAGACACCTACATCAGTGAGATCTTGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTTGGCCCTCTCTTGCTCAGACACCTACATCAGTGAGATCTTGCTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGTCTGTGTGGCTTCATTGAATTCAGCACCATCCTCATCATCTTCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGTCTGTGTGGCTTCATTGAATTCAGCACCATCCTCATCATCTTCATCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTATACCTTTATCCTTGTTGCAATCATCAGAATGCGTTCAGCTGAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTATACCTTTATCCTTGTTGCAATCATCAGAATGCGTTCAGCTGAAGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCTTAAGGCTTTCTCCACCTGCGGGTCTCACCTTACTGGCATCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCTTAAGGCTTTCTCCACCTGCGGGTCTCACCTTACTGGCATCACCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTATGGCACAGTCATGTTTATGTACCTGAGGCCAACATCCAGCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTATGGCACAGTCATGTTTATGTACCTGAGGCCAACATCCAGCTACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTGGACCAAGACAAGTGGGCCTCTGTGTTCTACACGGTTATCATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCTGGACCAAGACAAGTGGGCCTCTGTGTTCTACACGGTTATCATCCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTTAAATCCCTTGATCTACAGTTTGCGGAACAAGGATGTGAAAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGTTAAATCCCTTGATCTACAGTTTGCGGAACAAGGATGTGAAAGCTGCT

    900     .    :    .    :    .    :
    901 TTCAAAAAGCTAATTGGAAAAAAATCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTCAAAAAGCTAATTGGAAAAAAATCTCAA