seq1 = pF1KE5464.tfa, 927 bp
seq2 = pF1KE5464/gi568815587f_49852423.tfa (gi568815587f:49852423_50053349), 200927 bp

>pF1KE5464 927
>gi568815587f:49852423_50053349 (Chr11)

1-927  (100001-100927)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAATAGAAACAATGTGACAGAGTTTATTCTATTGGGGCTTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAATAGAAACAATGTGACAGAGTTTATTCTATTGGGGCTTACAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATCCAAAAATGCAGAAAATCATATTTGTTGTGTTTTCTGTCATCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATCCAAAAATGCAGAAAATCATATTTGTTGTGTTTTCTGTCATCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAACGCCATGATAGGAAATGTGCTCATTGTGGTCACCATCACTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAACGCCATGATAGGAAATGTGCTCATTGTGGTCACCATCACTGCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCATCACTGAGATCCCCCATGTACTTTTTCCTGGCCTATCTCTCCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCATCACTGAGATCCCCCATGTACTTTTTCCTGGCCTATCTCTCCTTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGATGCCTGCTATTCCTCTGTCAATACCCCTAAGCTGATCACAGATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGATGCCTGCTATTCCTCTGTCAATACCCCTAAGCTGATCACAGATTCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTATGAAAACAAGACTATCTTATTCAATGGATGTATGACTCAAGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTATGAAAACAAGACTATCTTATTCAATGGATGTATGACTCAAGTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGAGAACATTTTTTCAGAGGTGTTGAGGTCATCCTACTTACTGTAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGAGAACATTTTTTCAGAGGTGTTGAGGTCATCCTACTTACTGTAATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATGACCACTATGTGGCCATCTGCAAGCCCTTGCACTATACCACCATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100351 CTATGACCACTATGTGGCCATCTGCAAGCCCTTGCACTATACCACCGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAAGCAGCATGTTTGTAGCCTGCTAGTGGGAGTGTCATGGGTAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAAGCAGCATGTTTGTAGCCTGCTAGTGGGAGTGTCATGGGTAGGAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTCTTCATGCAACCATACAGATCCTCTTCATCTGTCAATTACCTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTTCTTCATGCAACCATACAGATCCTCTTCATCTGTCAATTACCTTTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGTCCTAATGTCATAGATCACTTTATGTGTGATCTCTACACTTTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGTCCTAATGTCATAGATCACTTTATGTGTGATCTCTACACTTTGATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATCTTGCCTGCACTAATACCCACACTCTAGGACTCTTCATTGCTGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATCTTGCCTGCACTAATACCCACACTCTAGGACTCTTCATTGCTGCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGTGGGTTCATATGCCTGTTAAACTGTCTCTTGCTCCTGGTCTCCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGTGGGTTCATATGCCTGTTAAACTGTCTCTTGCTCCTGGTCTCCTGCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGTCATACTGTACTCCTTAAAGACCCACAGCTTAGAGGCAAGGCACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGTCATACTGTACTCCTTAAAGACCCACAGCTTAGAGGCAAGGCACGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCTCTCTACCTGTGTCTCCCACATCACAGTTGTCATCTTATCCTTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCTCTCTACCTGTGTCTCCCACATCACAGTTGTCATCTTATCCTTTATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCTGCATATTTGTGTACATGAGACCTCCAGCTACTTTACCCATTGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCCTGCATATTTGTGTACATGAGACCTCCAGCTACTTTACCCATTGATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGCAGTTGCTGTATTCTACACTATGATAACTTCTATGTTAAACCCCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGCAGTTGCTGTATTCTACACTATGATAACTTCTATGTTAAACCCCTTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTACACCTTGAGGAATGCTCAAATGAAAAATGCCATTAGGAAATTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCTACACCTTGAGGAATGCTCAAATGAAAAATGCCATTAGGAAATTGTGT

    900     .    :    .    :    .
    901 AGTAGGAAAGCTATTTCAAGTGTCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGTAGGAAAGCTATTTCAAGTGTCAAA