seq1 = pF1KE5462.tfa, 927 bp
seq2 = pF1KE5462/gi568815587f_54559667.tfa (gi568815587f:54559667_54760593), 200927 bp

>pF1KE5462 927
>gi568815587f:54559667_54760593 (Chr11)

1-927  (100001-100927)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCAAGGAAAAATGTGACTGACTTTGTCCTCTTGGGCTTCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCAAGGAAAAATGTGACTGACTTTGTCCTCTTGGGCTTCACACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATCCAAAGGAGCAGAAAGTACTTTTTGTTATGTTCTTGCTCTTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATCCAAAGGAGCAGAAAGTACTTTTTGTTATGTTCTTGCTCTTCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTTGACCATGGTGGGCAACCTGCTCATTGTAGTGACCGTAACTGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTTGACCATGGTGGGCAACCTGCTCATTGTAGTGACCGTAACTGTCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGACCCTGGGCTCACCAATGTACTTCTTTCTTGCTGGCTTATCATTTAT
        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
 100151 GAGACCCTGGGCTCACCAATGTCCTTCTTTCTTGCTGGCTTAACATTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGATATCATTTATTCTTCATCCATTTCCCCCAGATTGATTTCAGGCTTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100201 AGATATCATTTATTCTTCATCCATTTCCCCCAGATTGATTTCAGACTTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTTGGGAATAATTCCATATCCTTCCAATCTTGCATGGCCCAGCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100251 TCTTTGGGAATAATTCCATATCCTTCCAATCTTTCATGGCCCAGCTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCGAGCACCTTTTCGGTGGGTCAGAGGTCTTTCTCCTGTTGGTGATGGC
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCGAGCACCTTTTTGGTGGGTCAGAGGTCTTTCTCCTGTTGGTGATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATGACTGCTATGTGGCCATCTGTAAGCCCTTGCATTATTTGGTTATCA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTATGACCGCTATGTGGCCATCTGTAAGCCCTTGCATTATTTGGTTATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAGACAATGGGTGTGTGTTTTGCTGCTGGTAGTGTCCTGGGTTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAGACAATGGGTGTGTGTTTTGCTGCTGGTAGTGTCCTGGGTTGGAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTCTGCACTCAGTATTTCAACTTAGCATTATTTATGGGCTCCCATTCTG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTTCTGCAATCAGTATTTCAACTTAGCATTATTTATGGGCTCCCATTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGCCCCAATGTCATTGATCATTTTTTCTGTGACATGTATCCCTTATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGCCCCAATGTCATTGATCATTTTTTCTGTGACATGTATCCCTTATTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AACTGGTCTGCACTGACACCCATGCTATTGGCCTCTTAGTGGTGGCCAAT
        |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100551 AACTGGCCTGCACTGACACCCATGTTATTGGCCTCTTAGTGGTGGCCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGAGGACTGGCTTGCACTATTGTGTTTCTGCTCTTACTCATCTCTTATGG
        ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGAGGACTGTCTTGCACTATTGCGTTTCTGCTCTTACTCATCTCTTATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTCATCTTGCACTCTTTAAAGAACCTTAGTCAGAAAGGGAGGCAAAAAG
        ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTCATCCTGCACTCTCTAAAGAAACTTAGTCAGAAAGGGAGGCAAAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCTCTCAACCTGCAGTTCCCACATGACTGTGGTTGTCTTCTTCTTTGTT
        ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCACTCAACCTGCAGTTCCCACATCACTGTGGTTGTCTTCTTCTTTGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCTTGTATTTTTATGTATGCTAGACCTGCTAGGACCTTCCCCATTGACAA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100751 CCTTGTATTTTTATGTGTGCTAGACCTGCTAGGACCTTCTCCATTGACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATCAGTGAGTGTGTTTTATACAGTCATAACCCCAATGCTGAACCCCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ATCAGTGAGTGTGTTTTATACAGTCATAACCCCAATGCTGAACCCCTTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTACACTCTGAGAAATTCTGAGATGACAAGTGCTATGAAGAAGCTCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
 100851 TCTACACTCTGAGAAATTCTGAGATGACAAGTGCTATGAAGAAGCTTTAG

    900     .    :    .    :    .
    901 AGAAGAGACCTCATATCAAGTAGTACA
        || ||||||||||||||||||||||||
 100901 AGCAGAGACCTCATATCAAGTAGTACA