seq1 = pF1KE5460.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KE5460/gi568815596f_63494487.tfa (gi568815596f:63494487_63706984), 212498 bp

>pF1KE5460 1002
>gi568815596f:63494487_63706984 (Chr2)

1-102  (100000-100100)   99% ->
103-199  (100937-101033)   100% ->
200-375  (102913-103088)   100% ->
376-498  (104684-104806)   100% ->
499-675  (110210-110386)   100% ->
676-789  (110794-110907)   100% ->
790-879  (111453-111542)   100% ->
880-1002  (112376-112498)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGAACCAATCAGAGTCCTTGTGACTGGAGCAGCTGGTCAAATTGC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GTCTGAACCAATCAGAGTCCTTGTGACTGGAGCAGCTGGTCAAATTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATATTCACTGCTGTACAGTATTGGAAATGGATCTGTCTTTGGTAAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 ATATTCACTGCTGTACAGTATTGGAAATGGATCTGTCTTTGGTAAAGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         CCTATAATTCTTGTGCTGTTGGATATCACCCCCATGATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 AGGTA...TAGCCTATAATTCTTGTGCTGTTGGATATCACCCCCATGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGTCCTGGACGGTGTCCTAATGGAACTGCAAGACTGTGCCCTTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100976 GGTGTCCTGGACGGTGTCCTAATGGAACTGCAAGACTGTGCCCTTCCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGAAAG         ATGTCATCGCAACAGATAAAGAAGACGTTGCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101026 CCTGAAAGGTG...CAGATGTCATCGCAACAGATAAAGAAGACGTTGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAAAGACCTGGATGTGGCCATTCTTGTGGGCTCCATGCCAAGAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102946 TCAAAGACCTGGATGTGGCCATTCTTGTGGGCTCCATGCCAAGAAGGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCATGGAGAGAAAAGATTTACTGAAAGCAAATGTGAAAATCTTCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102996 GGCATGGAGAGAAAAGATTTACTGAAAGCAAATGTGAAAATCTTCAAATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAGGGTGCAGCCTTAGATAAATACGCCAAGAAGTCAGTTAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103046 CCAGGGTGCAGCCTTAGATAAATACGCCAAGAAGTCAGTTAAGGTG...T

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376   GTTATTGTTGTGGGTAATCCAGCCAATACCAACTGCCTGACTGCTTCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104682 AGGTTATTGTTGTGGGTAATCCAGCCAATACCAACTGCCTGACTGCTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGTCAGCTCCATCCATCCCCAAGGAGAACTTCAGTTGCTTGACTCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104732 AAGTCAGCTCCATCCATCCCCAAGGAGAACTTCAGTTGCTTGACTCGTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGATCACAACCGAGCTAAAGCTCAA         ATTGCTCTTAAACTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104782 GGATCACAACCGAGCTAAAGCTCAAGTA...TAGATTGCTCTTAAACTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGTGACTGCTAATGATGTAAAGAATGTCATTATCTGGGGAAACCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110226 GTGTGACTGCTAATGATGTAAAGAATGTCATTATCTGGGGAAACCATTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCGACTCAGTATCCAGATGTCAACCATGCCAAGGTGAAATTGCAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110276 TCGACTCAGTATCCAGATGTCAACCATGCCAAGGTGAAATTGCAAGGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAAGTTGGTGTTTATGAAGCTCTGAAAGATGACAGCTGGCTCAAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110326 GGAAGTTGGTGTTTATGAAGCTCTGAAAGATGACAGCTGGCTCAAGGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AATTTGTCACG         ACTGTGCAGCAGCGTGGCGCTGCTGTCATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 110376 AATTTGTCACGGTA...CAGACTGTGCAGCAGCGTGGCGCTGCTGTCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGGCTCGAAAACTATCCAGTGCCATGTCTGCTGCAAAAGCCATCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110824 AAGGCTCGAAAACTATCCAGTGCCATGTCTGCTGCAAAAGCCATCTGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCACGTCAGGGACATCTGGTTTGGAACCCCAGAG         GGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110874 CCACGTCAGGGACATCTGGTTTGGAACCCCAGAGGTA...CAGGGAGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGTGTCCATGGGTGTTATCTCTGATGGCAACTCCTATGGTGTTCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111460 TTGTGTCCATGGGTGTTATCTCTGATGGCAACTCCTATGGTGTTCCTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATCTGCTCTACTCATTCCCTGTTGTAATCAAG         AATAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111510 GATCTGCTCTACTCATTCCCTGTTGTAATCAAGGTA...CAGAATAAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTGGAAGTTTGTTGAAGGTCTCCCTATTAATGATTTCTCACGTGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112384 CTGGAAGTTTGTTGAAGGTCTCCCTATTAATGATTTCTCACGTGAGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGATCTTACTGCAAAGGAACTGACAGAAGAAAAAGAAAGTGCTTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112434 TGGATCTTACTGCAAAGGAACTGACAGAAGAAAAAGAAAGTGCTTTTGAA

   1050     .    :    .
    988 TTTCTTTCCTCTGCC
        |||||||||||||||
 112484 TTTCTTTCCTCTGCC