seq1 = pF1KE5459.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE5459/gi568815581r_3191638.tfa (gi568815581r:3191638_3392582), 200945 bp

>pF1KE5459 945
>gi568815581r:3191638_3392582 (Chr17)

(complement)

1-945  (100001-100945)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCCAGAATCTGGGGCCAATGGAACAGTCATTGCTGAGTTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCCAGAATCTGGGGCCAATGGAACAGTCATTGCTGAGTTCATCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGGCTTGCTGGAGGCGCCAGGGCTGCAGCCAGTTGTCTTTGTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGGCTTGCTGGAGGCGCCAGGGCTGCAGCCAGTTGTCTTTGTGCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTCTTTGCCTACCTGGTCACGGTCAGGGGCAACCTCAGCATCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTCTTTGCCTACCTGGTCACGGTCAGGGGCAACCTCAGCATCCTGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGTCTTGGTGGAGCCCAAACTCCACACCCCCATGTACTTCTTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTGTCTTGGTGGAGCCCAAACTCCACACCCCCATGTACTTCTTCCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAACCTATCAGTGCTGGATGTTGGGTGCATCAGCGTCACTGTTCCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAACCTATCAGTGCTGGATGTTGGGTGCATCAGCGTCACTGTTCCATCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTTGAGTCGTCTCCTGTCCCGCAAGCGTGCAGTTCCCTGTGGGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTTGAGTCGTCTCCTGTCCCGCAAGCGTGCAGTTCCCTGTGGGGCCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTACCCAGCTCTTCTTCTTCCATCTGTTCGTTGGAGTGGACTGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTTACCCAGCTCTTCTTCTTCCATCTGTTCGTTGGAGTGGACTGCTTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGACCGCCATGGCCTATGACCGATTCCTGGCCATCTGCCGGCCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGACCGCCATGGCCTATGACCGATTCCTGGCCATCTGCCGGCCCCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTACAGCACCCGCATGAGTCAGACAGTCCAGAGGATGTTGGTGGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTACAGCACCCGCATGAGTCAGACAGTCCAGAGGATGTTGGTGGCTGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCTGGGCTTGTGCTTTCACCAACGCACTGACCCACACTGTGGCCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCCTGGGCTTGTGCTTTCACCAACGCACTGACCCACACTGTGGCCATGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACGCTCAACTTCTGTGGCCCCAATGTGATCAATCACTTCTACTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CACGCTCAACTTCTGTGGCCCCAATGTGATCAATCACTTCTACTGTGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCCACAGCTCTTCCAGCTCTCCTGCTCCAGCACCCAACTCAATGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCCACAGCTCTTCCAGCTCTCCTGCTCCAGCACCCAACTCAATGAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGCTTTTTGCTGTGGGTTTTATAATGGCAGGTACCCCCATGGCTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGCTTTTTGCTGTGGGTTTTATAATGGCAGGTACCCCCATGGCTCTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTCATCTCCTATATCCACGTGGCAGCTGCAGTCCTGCGAATTCGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTCATCTCCTATATCCACGTGGCAGCTGCAGTCCTGCGAATTCGCTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TAGAGGGCAGGAAGAAAGCCTTCTCCACATGTGGCTCCCACCTCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TAGAGGGCAGGAAGAAAGCCTTCTCCACATGTGGCTCCCACCTCACTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTTGCCATATTCTATGGTTCAGGTATCTTTAACTATATGCGACTGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTTGCCATATTCTATGGTTCAGGTATCTTTAACTATATGCGACTGGGTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AACCAAGCTTTCAGACAAGGATAAAGCTGTTGGAATTTTCAACACTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AACCAAGCTTTCAGACAAGGATAAAGCTGTTGGAATTTTCAACACTGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCAATCCCATGCTGAACCCAATCATCTACAGCTTCAGAAACCCTGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCAATCCCATGCTGAACCCAATCATCTACAGCTTCAGAAACCCTGATGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 CAGAGTGCCATCTGGAGGATGCTCACAGGGAGGCGGTCACTGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAGAGTGCCATCTGGAGGATGCTCACAGGGAGGCGGTCACTGGCT