seq1 = pF1KE5451.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KE5451/gi568815594f_87322906.tfa (gi568815594f:87322906_87558018), 235113 bp

>pF1KE5451 1050
>gi568815594f:87322906_87558018 (Chr4)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-347  (112076-112315)   100% ->
348-443  (115372-115467)   100% ->
444-530  (118924-119010)   100% ->
531-642  (126237-126348)   100% ->
643-789  (128684-128830)   100% ->
790-874  (131466-131550)   100% ->
875-1050  (134938-135113)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGACGCCTCCTGGGAAAGGCTTTAGCCGCGGTGTCTCTCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGACGCCTCCTGGGAAAGGCTTTAGCCGCGGTGTCTCTCTCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCTTGGCCTCTGTGACTATCAGGTCCTCGCGCTGCCGCGGCATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCTTGGCCTCTGTGACTATCAGGTCCTCGCGCTGCCGCGGCATCCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTTCAG         AAACTCGTTTTCATCTTCTTGGTTTCATCTTAAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTTCAGGTA...CAGAAACTCGTTTTCATCTTCTTGGTTTCATCTTAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCAACGTCATGTCTGGTTCTAATGGTTCCAAAGAAAATTCTCACAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112110 ACCAACGTCATGTCTGGTTCTAATGGTTCCAAAGAAAATTCTCACAATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCTCGGACGTCTCCTTACCCAGGTTCAAAAGTTGAACGAAGCCAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112160 GGCTCGGACGTCTCCTTACCCAGGTTCAAAAGTTGAACGAAGCCAGGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTAATGAGAAAGTGGGCTGGCTTGTTGAGTGGCAAGACTATAAGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112210 CTAATGAGAAAGTGGGCTGGCTTGTTGAGTGGCAAGACTATAAGCCTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAATACACTGCAGTCTCTGTCTTGGCTGGACCCAGGTGGGCAGATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112260 GAATACACTGCAGTCTCTGTCTTGGCTGGACCCAGGTGGGCAGATCCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATCAG         TGAAAGTAATTTTTCTCCCAAGTTTAACGAAAAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112310 GATCAGGTG...CAGTGAAAGTAATTTTTCTCCCAAGTTTAACGAAAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGGGCATGTTGAGAGAAAGAGCAAGAATGGCCTGTATGAGATTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115407 ATGGGCATGTTGAGAGAAAGAGCAAGAATGGCCTGTATGAGATTGAAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGAAGACCGAG         AAATCCTGCAGGACGGACTGGACTGGTGGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115457 GGAAGACCGAGGTA...CAGAAATCCTGCAGGACGGACTGGACTGGTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCGGGGGCTTTTGGGGCGATGGGGCCCAAATCACGCTGCAGATCCCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118954 CCGGGGGCTTTTGGGGCGATGGGGCCCAAATCACGCTGCAGATCCCATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAACCAG         ATGGAAAAGGGATAGCAGTGGAAATAAAATCATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119004 TAACCAGGTA...CAGATGGAAAAGGGATAGCAGTGGAAATAAAATCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CATCCTGTTTCTGGGAAGCATATCTTACAATTTGTTGCAATAAAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126271 CATCCTGTTTCTGGGAAGCATATCTTACAATTTGTTGCAATAAAAAGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGACTGTGGAGAATGGGCAATCCCAGGG         GGGATGGTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 126321 AGACTGTGGAGAATGGGCAATCCCAGGGGTA...TAGGGGATGGTGGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGGAGAGAAGATTAGTGCCACACTGAAAAGAGAATTTGGTGAGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128697 CAGGAGAGAAGATTAGTGCCACACTGAAAAGAGAATTTGGTGAGGAAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTCAACTCCTTACAGAAAACCAGTGCTGAGAAGAGAGAAATAGAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128747 CTCAACTCCTTACAGAAAACCAGTGCTGAGAAGAGAGAAATAGAGGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTGCACAAACTCTTCAGCCAAGACCACCTAGTG         ATATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 128797 GTTGCACAAACTCTTCAGCCAAGACCACCTAGTGGTA...TAGATATATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGGATATGTTGATGATCCTCGAAACACTGATAATGCATGGATGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131473 AGGGATATGTTGATGATCCTCGAAACACTGATAATGCATGGATGGAGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAGCTGTGAACTACCATGACGAAACAG         GTGAGATAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 131523 GAAGCTGTGAACTACCATGACGAAACAGGTA...CAGGTGAGATAATGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAATCTTATGCTAGAAGCTGGAGATGATGCTGGAAAAGTGAAATGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134951 TAATCTTATGCTAGAAGCTGGAGATGATGCTGGAAAAGTGAAATGGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACATCAATGATAAACTGAAGCTTTATGCCAGTCACTCTCAATTCATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135001 ACATCAATGATAAACTGAAGCTTTATGCCAGTCACTCTCAATTCATCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTTGTGGCTGAGAAACGAGATGCACACTGGAGCGAGGACTCTGAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135051 CTTGTGGCTGAGAAACGAGATGCACACTGGAGCGAGGACTCTGAAGCTGA

   1100     .    :
   1038 CTGCCATGCGTTG
        |||||||||||||
 135101 CTGCCATGCGTTG