seq1 = pF1KE5450.tfa, 1011 bp
seq2 = pF1KE5450/gi568815585r_49210817.tfa (gi568815585r:49210817_49482900), 272084 bp

>pF1KE5450 1011
>gi568815585r:49210817_49482900 (Chr13)

(complement)

1-111  (99991-100101)   100% ->
112-276  (105770-105934)   98% ->
277-395  (123069-123187)   99% ->
396-564  (131989-132157)   100% ->
565-624  (138663-138722)   100% ->
625-690  (143159-143224)   100% ->
691-834  (150811-150954)   100% ->
835-1011  (171908-172084)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAAAAATGCCTTTGTTTAGTAAATCACACAAAAATCCAGCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99991 ATGAAAAAAATGCCTTTGTTTAGTAAATCACACAAAAATCCAGCAGAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGAAAATCCTGAAAGACAATTTGGCCATTTTGGAAAAGCAAGACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100041 TGTGAAAATCCTGAAAGACAATTTGGCCATTTTGGAAAAGCAAGACAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGACAGACAAG         GCTTCAGAAGAAGTGTCTAAATCACTGCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100091 AGACAGACAAGGTA...TAGGCTTCAGAAGAAGTGTCTAAATCACTGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAATGAAAGAAATTCTGTGTGGTACAAACGAGAAAGAACCCCCGACAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 105800 GCAATGAAAGAAATTCTGTGTGGTACAAACGAGAAAGAACCCCCAACAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCAGTGGCTCAGCTAGCACAAGAACTCTACAGCAGTGGCCTGCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 105850 AGCAGTGGCTCAGCTAGCACAAGAACTCTACAGCAGTGGCCTGCTAGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACTGATAGCTGACCTGCAGCTGATAGACTTTGAG         GAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>| ||||
 105900 CACTGATAGCTGACCTGCAGCTGATAGACTTTGAGGTA...CAGGGAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGATGTGACCCAGATATTTAACAACATCTTGAGAAGACAGATAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123075 AAAGATGTGACCCAGATATTTAACAACATCTTGAGAAGACAGATAGGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCGGAGTCCTACTGTGGAGTATATTAGTGCTCATCCTCATATCCTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123125 TCGGAGTCCTACTGTGGAGTATATTAGTGCTCATCCTCATATCCTGTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCTCCTCAAAGG         ATATGAAGCCCCACAGATTGCCTTACGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 123175 TGCTCCTCAAAGGGTA...TAGATATGAAGCCCCACAGATTGCCTTACGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGGGATTATGCTGAGAGAATGTATTCGACATGAACCACTTGCCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132017 TGTGGGATTATGCTGAGAGAATGTATTCGACATGAACCACTTGCCAAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCCTCTTTTCTAATCAATTCAGAGATTTCTTTAAGTACGTGGAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132067 CATCCTCTTTTCTAATCAATTCAGAGATTTCTTTAAGTACGTGGAGTTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAACATTTGATATTGCTTCAGATGCCTTTGCTACTTTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 132117 CAACATTTGATATTGCTTCAGATGCCTTTGCTACTTTCAAGGTA...TAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATTTACTAACCAGACATAAAGTGTTGGTAGCAGACTTCTTAGAACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138663 GATTTACTAACCAGACATAAAGTGTTGGTAGCAGACTTCTTAGAACAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTACGACACT         ATTTTTGAAGACTATGAGAAATTGCTTCAGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 138713 TTACGACACTGTA...TAGATTTTTGAAGACTATGAGAAATTGCTTCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGAGAATTATGTTACTAAGAGACAGTCTTTAAAG         CTGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 143190 CTGAGAATTATGTTACTAAGAGACAGTCTTTAAAGGTA...TAGCTGCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGGGAGCTGATCCTGGACCGTCACAACTTTGCCATCATGACAAAGTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150817 GGGGAGCTGATCCTGGACCGTCACAACTTTGCCATCATGACAAAGTATAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAGCAAGCCGGAGAACCTGAAACTCATGATGAACCTCCTTCGGGATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150867 CAGCAAGCCGGAGAACCTGAAACTCATGATGAACCTCCTTCGGGATAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTCCCAACATCCAGTTTGAAGCCTTTCATGTTTTTAAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 150917 GTCCCAACATCCAGTTTGAAGCCTTTCATGTTTTTAAGGTA...CAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTGTGGCCAGTCCTCACAAAACACAGCCTATTGTGGAGATCCTGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171911 TTTGTGGCCAGTCCTCACAAAACACAGCCTATTGTGGAGATCCTGTTAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAATCAGCCCAAACTCATTGAGTTTCTGAGCAGCTTCCAAAAAGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171961 AAATCAGCCCAAACTCATTGAGTTTCTGAGCAGCTTCCAAAAAGAAAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CGGATGATGAGCAGTTCGCTGACGAGAAGAACTACTTGATTAAACAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172011 CGGATGATGAGCAGTTCGCTGACGAGAAGAACTACTTGATTAAACAGATC

   1050     .    :    .    :
    988 CGAGACTTGAAGAAAACGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||
 172061 CGAGACTTGAAGAAAACGGCCCCT