seq1 = pF1KE5446.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KE5446/gi568815592r_39215127.tfa (gi568815592r:39215127_39422460), 207334 bp

>pF1KE5446 966
>gi568815592r:39215127_39422460 (Chr6)

(complement)

1-213  (99921-100133)   100% ->
214-328  (103328-103442)   100% ->
329-495  (104509-104675)   100% ->
496-661  (105514-105679)   100% ->
662-966  (107030-107334)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAGTGCTGGGCTCTGCAGCTGCTGGGGTGGCCGGGTGCTGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99921 ATGCCCAGTGCTGGGCTCTGCAGCTGCTGGGGTGGCCGGGTGCTGCCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGGCCTATGTCTGCTACCTGCTGCTCGGTGCCACTATCTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99971 GCTGCTGGCCTATGTCTGCTACCTGCTGCTCGGTGCCACTATCTTCCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTAGAGAGGCAGGCGGAGGCTCAGTCCAGGGACCAGTTTCAGTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 TGCTAGAGAGGCAGGCGGAGGCTCAGTCCAGGGACCAGTTTCAGTTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCTGCGCTTCCTGGAGAACTACACCTGCCTGGACCAGTGGGCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 AAGCTGCGCTTCCTGGAGAACTACACCTGCCTGGACCAGTGGGCCATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGTTTGTGCAG         GTCATCATGGAAGCCTGGGTGAAAGGTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100121 GCAGTTTGTGCAGGTG...CAGGTCATCATGGAAGCCTGGGTGAAAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAACCCCAAAGGCAACTCTACCAACCCCAGCAACTGGGACTTTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103356 TGAACCCCAAAGGCAACTCTACCAACCCCAGCAACTGGGACTTTGGCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGTTTCTTCTTTGCAGGCACAGTCGTCACTACCATAG         GATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103406 AGTTTCTTCTTTGCAGGCACAGTCGTCACTACCATAGGTA...CAGGATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGGAACCTGGCACCCAGCACAGAGGCAGGTCAGGTCTTCTGTGTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104513 TGGGAACCTGGCACCCAGCACAGAGGCAGGTCAGGTCTTCTGTGTCTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGCCCTGTTGGGCATCCCGCTTAACGTGATCTTCCTCAACCACCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104563 ATGCCCTGTTGGGCATCCCGCTTAACGTGATCTTCCTCAACCACCTGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAGGGCTGCGTGCCCATCTGGCCGCCATTGAAAGATGGGAGGACCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104613 ACAGGGCTGCGTGCCCATCTGGCCGCCATTGAAAGATGGGAGGACCGTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGGCGCTCCCAG         GTACTGCAAGTCCTGGGCCTGGCTCTGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104663 CAGGCGCTCCCAGGTA...TAGGTACTGCAAGTCCTGGGCCTGGCTCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCTGACCCTGGGGACGCTGGTCATTCTCATCTTCCCACCCATGGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105542 TCCTGACCCTGGGGACGCTGGTCATTCTCATCTTCCCACCCATGGTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGCCATGTGGAGGGCTGGAGCTTCAGCGAGGGCTTCTACTTTGCTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105592 AGCCATGTGGAGGGCTGGAGCTTCAGCGAGGGCTTCTACTTTGCTTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACTCTCAGCACCATTGGCTTTGGGGACTATGTTGTTG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105642 CACTCTCAGCACCATTGGCTTTGGGGACTATGTTGTTGGTG...CAGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCCCCTTAACTTCATCACTCCCTCTGGGCTCCTGCCTTCTCAAGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107033 ACCCCCTTAACTTCATCACTCCCTCTGGGCTCCTGCCTTCTCAAGAGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCCAAACACCCCATGGGAAGCCAGAGAGCCAGCAGATCCCAGGATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107083 TTCCAAACACCCCATGGGAAGCCAGAGAGCCAGCAGATCCCAGGATCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCAGAAAGTGAGCTCCATGAACGTCTGGCCTCTCTCAGGAATGCATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107133 CCAGAAAGTGAGCTCCATGAACGTCTGGCCTCTCTCAGGAATGCATTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGGTCTGGCCTTTCCCCTGCCAGACTGCAACATCCCTGACCAGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107183 CAGGTCTGGCCTTTCCCCTGCCAGACTGCAACATCCCTGACCAGGAGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTAGACCACTCCATCCCGGGGCCTGGAAATTTTGGCCTTTGCCTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107233 TTTAGACCACTCCATCCCGGGGCCTGGAAATTTTGGCCTTTGCCTCTCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ATCATCCAACAGCAAGTGGGCTCCTATGTGGCTGGGTTCCTCTGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107283 ATCATCCAACAGCAAGTGGGCTCCTATGTGGCTGGGTTCCTCTGCACAGG

   1000 
    965 TC
        ||
 107333 TC