seq1 = pF1KE5445.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KE5445/gi568815589r_111227486.tfa (gi568815589r:111227486_111428433), 200948 bp

>pF1KE5445 948
>gi568815589r:111227486_111428433 (Chr9)

(complement)

1-948  (100001-100948)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAAGGAGAAAACTTCACCATTTGGAGCATTTTTTTCTTGGAGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAAGGAGAAAACTTCACCATTTGGAGCATTTTTTTCTTGGAGGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCCAGTACCCAGGGTTAGAAGTGGTTCTCTTCGTCTTCAGCCTTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCCAGTACCCAGGGTTAGAAGTGGTTCTCTTCGTCTTCAGCCTTGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTATCTGACAACGCTCTTGGGCAACAGCACTCTTATTTTGATCACTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTATCTGACAACGCTCTTGGGCAACAGCACTCTTATTTTGATCACTATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAGATTCACGCCTTAAAACCCCCATGTACTTATTCCTTGGAAATCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAGATTCACGCCTTAAAACCCCCATGTACTTATTCCTTGGAAATCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTCATGGATATTTGTTACACATCTGCCTCTGTTCCTACTTTGCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTCATGGATATTTGTTACACATCTGCCTCTGTTCCTACTTTGCTGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTGCTGTCATCCCAGAAAACCATTATCTTTTCTGGGTGTGCTGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTGCTGTCATCCCAGAAAACCATTATCTTTTCTGGGTGTGCTGTACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTATCTGTCCCTTGCCATGGGCTCCACAGAGTGTGTGCTCCTGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTATCTGTCCCTTGCCATGGGCTCCACAGAGTGTGTGCTCCTGGCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCATATGACCGTTATGTGGCCATTTGTAACCCGCTGAGATACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCATATGACCGTTATGTGGCCATTTGTAACCCGCTGAGATACTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATCATGAACAGGTGCGTCTGTGCACGGATGGCTACGGTCTCCTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATCATGAACAGGTGCGTCTGTGCACGGATGGCTACGGTCTCCTGGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACGGGTTGCCTGACCGCTCTGCTGGAAACCAGTTTTGCCCTGCAGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACGGGTTGCCTGACCGCTCTGCTGGAAACCAGTTTTGCCCTGCAGATACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTCTGTGGGAATCTCATCGATCACTTCACGTGTGAAATTCTGGCGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTCTGTGGGAATCTCATCGATCACTTCACGTGTGAAATTCTGGCGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TAAAGTTAGCTTGCACAAGTTCACTGCTCATGAACACCATCATGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TAAAGTTAGCTTGCACAAGTTCACTGCTCATGAACACCATCATGCTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCAGCATTCTCCTCTTGCCAATTCCAATGCTCTTAGTTTGCATCTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCAGCATTCTCCTCTTGCCAATTCCAATGCTCTTAGTTTGCATCTCTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATCTTCATCCTTTCCACTATTCTGAGAATCACCTCAGCAGAGGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATCTTCATCCTTTCCACTATTCTGAGAATCACCTCAGCAGAGGGAAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAAGGCTTTTTCTACCTGTGGTGCCCATTTGACTGTGGTGATTTTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAAGGCTTTTTCTACCTGTGGTGCCCATTTGACTGTGGTGATTTTGTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TATGGGGCTGCCCTCTCTATGTACCTAAAGCCTTCTTCATCAAATGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TATGGGGCTGCCCTCTCTATGTACCTAAAGCCTTCTTCATCAAATGCACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAAAATAGACAAAATCATCTCGTTGCTTTACGGAGTGCTTACCCCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAAAATAGACAAAATCATCTCGTTGCTTTACGGAGTGCTTACCCCTATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGAACCCCATAATTTACAGTTTAAGAAACAAGGAAGTCAAAGATGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGAACCCCATAATTTACAGTTTAAGAAACAAGGAAGTCAAAGATGCTATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 AAGAAATTGCTGGGCAAAATAACATTGCATCAAACACACGAACATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAGAAATTGCTGGGCAAAATAACATTGCATCAAACACACGAACATCTC