seq1 = pF1KE5443.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5443/gi568815592f_27857241.tfa (gi568815592f:27857241_28058179), 200939 bp

>pF1KE5443 939
>gi568815592f:27857241_28058179 (Chr6)

1-939  (100001-100939)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTGGGTAAATGACAGCATCATACAGGAGTTTATTCTGCTGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATTGGGTAAATGACAGCATCATACAGGAGTTTATTCTGCTGGGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAGATCGACCTTGGCTGGAGTTTCCACTCCTTGTGGTCTTCTTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAGATCGACCTTGGCTGGAGTTTCCACTCCTTGTGGTCTTCTTGATTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTACACTGTGACCATCTTTGGCAATCTGACCATTATTCTAGTGTCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTACACTGTGACCATCTTTGGCAATCTGACCATTATTCTAGTGTCACGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGACACCAAACTTCATACCCCCATGTATTTTTTTCTTACCAATCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGACACCAAACTTCATACCCCCATGTATTTTTTTCTTACCAATCTATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACTCCTGGATCTTTGTTACACCACATGTACAGTCCCACAAATGCTAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACTCCTGGATCTTTGTTACACCACATGTACAGTCCCACAAATGCTAGTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATTTATGCAGCATCAGGAAAGTAATCAGTTATCGTGGCTGTGTAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATTTATGCAGCATCAGGAAAGTAATCAGTTATCGTGGCTGTGTAGCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTTTCATATTTCTGGCCTTGGGGGCTACTGAATATCTTCTCCTGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTTTTCATATTTCTGGCCTTGGGGGCTACTGAATATCTTCTCCTGGCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGTCCTTTGATAGGTTTGTAGCTATTTGTCGGCCTCTCCATTACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGTCCTTTGATAGGTTTGTAGCTATTTGTCGGCCTCTCCATTACTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTATCATGCACCAGAGACTCTGCCTCCAGTTGGCAGCTGCATCCTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTATCATGCACCAGAGACTCTGCCTCCAGTTGGCAGCTGCATCCTGGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACTGGTTTTAGTAACTCAGTGTGGTTGTCTACCCTGACTCTCCAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACTGGTTTTAGTAACTCAGTGTGGTTGTCTACCCTGACTCTCCAGCTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACTCTGTGACCCCTATGTGATAGATCACTTTCTCTGTGAAGTCCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACTCTGTGACCCCTATGTGATAGATCACTTTCTCTGTGAAGTCCCTGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCTCAAGTTATCTTGTGTTGAGACAACAGCAAATGAGGCTGAACTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCTCAAGTTATCTTGTGTTGAGACAACAGCAAATGAGGCTGAACTATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTTGTCAGTGAGCTCTTCCATCTAATACCCCTGACACTCATCCTTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTTGTCAGTGAGCTCTTCCATCTAATACCCCTGACACTCATCCTTATATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATATGCTTTTATTGTCCGAGCAGTATTGAGGATACAGTCTGCTGAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATATGCTTTTATTGTCCGAGCAGTATTGAGGATACAGTCTGCTGAAGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GACAAAAAGCATTTGGGACATGTGGTTCCCATCTAATTGTGGTGTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GACAAAAAGCATTTGGGACATGTGGTTCCCATCTAATTGTGGTGTCTCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTTATAGTACAGCCGTCTCTGTGTACCTGCAACCACCTTCGCCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTTATAGTACAGCCGTCTCTGTGTACCTGCAACCACCTTCGCCCAGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAGGACCAAGGAAAGATGGTTTCTCTCTTCTATGGAATCATTGCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAGGACCAAGGAAAGATGGTTTCTCTCTTCTATGGAATCATTGCACCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCTGAATCCCCTTATATATACACTTAGGAACAAGGAGGTAAAGGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCTGAATCCCCTTATATATACACTTAGGAACAAGGAGGTAAAGGAAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 TTTAAAAGGTTGGTTGCAAGAGTCTTCTTAATCAAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTTAAAAGGTTGGTTGCAAGAGTCTTCTTAATCAAGAAA