seq1 = pF1KE5440.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE5440/gi568815595r_53768722.tfa (gi568815595r:53768722_53976083), 207362 bp

>pF1KE5440 987
>gi568815595r:53768722_53976083 (Chr3)

(complement)

1-28  (99437-99464)   100% ->
29-161  (100004-100136)   100% ->
162-276  (102938-103052)   100% ->
277-417  (103560-103700)   99% ->
418-682  (104588-104852)   99% ->
683-846  (105939-106102)   100% ->
847-987  (107222-107362)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATACTAATGAAGATGGGTTTTTCAG         GGATTGTGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  99437 ATGATACTAATGAAGATGGGTTTTTCAGGTA...CAGGGATTGTGGTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCAGGAGTCTGTGTGTGCCACCTATGGAAGTGGCTTAAGCAGCACGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 TCAGGAGTCTGTGTGTGCCACCTATGGAAGTGGCTTAAGCAGCACGTGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGTAGACGTTGGGGACCAGAAGACAAGTGTATGCTGTGTGGAGGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 TTGTAGACGTTGGGGACCAGAAGACAAGTGTATGCTGTGTGGAGGATGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGTCTCATCGGAATACTCG         CATCTTTTCCTGGAATCAGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100117 GTGTCTCATCGGAATACTCGGTA...CAGCATCTTTTCCTGGAATCAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATCTCTGGGCTTCAGGACCATGAGTTTCAGATTCGACATCCTGATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102959 CATCTCTGGGCTTCAGGACCATGAGTTTCAGATTCGACATCCTGATTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGCCCTGCTTTACCAGTTTCGATTAGGAGATGAAAAACTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103009 CTGCCCTGCTTTACCAGTTTCGATTAGGAGATGAAAAACTGCAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    277    GCTCCAATGGCTTTGTTTTACCCCGCAACTTTTGGAATTGTTGGACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 103557 CAGGCTCCAATGGCTTTGTTTTACCCCGCAACTTTTGGAATCGTTGGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAAATGACGACTTTGCAGCACAGATCTCAGGGCGATCCTGAGGATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103607 GAAAATGACGACTTTGCAGCACAGATCTCAGGGCGATCCTGAGGATCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGATGAACATTACCTGCTGGCCACACAGAGCAAACAAGAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103657 ACGATGAACATTACCTGCTGGCCACACAGAGCAAACAAGAACAGGTC...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    418    TCTGCAAAAGCTACTGCTGACCGAAAGTCTGCATCCAAACCTATTGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104585 AAGTCTGCAAAAGCTACTGCTGACCGAAAGTCTGCATCCAAACCTATTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATTTGAAGGGGATCTTCGTGGCCAGTCCTCTGATCTTCCAGAAAGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104635 ATTTGAAGGGGATCTTCGTGGCCAGTCCTCTGATCTTCCAGAAAGACTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTCCCAGGAGGTAGATTTGGGGTCTGCACAGGGAGATGGCCTGATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104685 ATTCCCAGGAGGTAGATTTGGGGTCTGCACAGGGAGATGGCCTGATGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCAACGATTCCGAGGAGGCCCTCACTGCACTGATGTCCAGGAAGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104735 GGCAACGATTCCGAGGAGGCCCTCACTGCACTGATGTCCAGGAAGACTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATCTCGCTGTTTGAAGGGAAAGCCCTGGGCCTGGATAAAGCCATCCTCC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 104785 CATCTCGCTGTTTGAAGGAAAAGCCCTGGGCCTGGATAAAGCCATCCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATAGCATAGACTGCTGTT         CATCTGACGACACCAAAAAGAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104835 ATAGCATAGACTGCTGTTGTA...CAGCATCTGACGACACCAAAAAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGTACAGCTCCATCCTAGTGGTGGGAGGTGGTTTGATGTTTCATAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105962 ATGTACAGCTCCATCCTAGTGGTGGGAGGTGGTTTGATGTTTCATAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCAAGAATTTCTGCAGCACAGAATTCTCAACAAAATGCCACCATCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106012 TCAAGAATTTCTGCAGCACAGAATTCTCAACAAAATGCCACCATCCTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGCGAATTATTGAAAATGTGGATGTGATCACAAGGCCTAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106062 GGCGAATTATTGAAAATGTGGATGTGATCACAAGGCCTAAGGTA...TAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACATGGACCCCCGGCTGATTGCATGGAAAGGAGGGGCAGTGTTGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107222 GACATGGACCCCCGGCTGATTGCATGGAAAGGAGGGGCAGTGTTGGCTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTTGGATACAACACAGGAACTGTGGATTTATCAGCGAGAGTGGCAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107272 TTTGGATACAACACAGGAACTGTGGATTTATCAGCGAGAGTGGCAGCGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTGGTGTCCGCATGTTACGAGAGCGGGCTGCGTTTGTGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107322 TTGGTGTCCGCATGTTACGAGAGCGGGCTGCGTTTGTGTGG