seq1 = pF1KE5438.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE5438/gi568815592r_29326697.tfa (gi568815592r:29326697_29527641), 200945 bp

>pF1KE5438 945
>gi568815592r:29326697_29527641 (Chr6)

(complement)

1-945  (100001-100945)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAATTGTCTCCACAGGAAACGAAACTATTACTGAATTTGTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAATTGTCTCCACAGGAAACGAAACTATTACTGAATTTGTCCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCTTCTATGACATCCCTGAACTGCATTTCTTGTTTTTTATTGTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCTTCTATGACATCCCTGAACTGCATTTCTTGTTTTTTATTGTATTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCTGTCTATGTCTTCATCATCATAGGGAATATGCTGATTATTGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCTGTCTATGTCTTCATCATCATAGGGAATATGCTGATTATTGTAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGTTAGCTCCCAGAGGCTCCACAAACCCATGTATATTTTCTTGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGTTAGCTCCCAGAGGCTCCACAAACCCATGTATATTTTCTTGGCGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTGTCCTTCCTGGATATTTTCTACACCTCCGCAGTGATGCCAAAAATGC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTGTCCTTCCTGGATATTCTCTACACCTCCGCAGTGATGCCAAAAATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAGGGCTTCCTGCAAGAAGCAACTATCTCTGTGGCTGGTTGCTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGAGGGCTTCCTGCAAGAAGCAACTATCTCTGTGGCTGGTTGCTTGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGTTCTTTATCTTCGGCTCTCTAGCCACAGCTGAATGCTTACTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGTTCTTTATCTTCGGCTCTCTAGCCACAGCTGAATGCTTACTGCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTCATGGCATATGACCGCTACCTGGCAATTTGCTACCCACTCCACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTCATGGCATATGACCGCTACCTGGCAATTTGCTACCCACTCCACTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACTCCTGATGGGGCCCAGACGGTACATGGGGCTGGTGGTCACAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CACTCCTGATGGGGCCCAGACGGTACATGGGGCTGGTGGTCACAACCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCTCTGGATTTGTGGTAGATGGACTGGTTGTGGCCCTGGTGACCCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100451 CTCTCTGGATTTGTGGTAGATGGACTGGTTGTGGCCCTGGTGGCCCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAGGTTCTGTGGCCCCAACCACATTGACCAGTTTTACTGTGACTTTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAGGTTCTGTGGCCCCAACCACATTGACCAGTTTTACTGTGACTTTATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTTTCGTGGGCCTGGCTTGCTCGGATCCCAGAGTGGCTCAGGTGACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTTTCGTGGGCCTGGCTTGCTCGGATCCCAGAGTGGCTCAGGTGACAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCATTCTGTCTGTGTTCTGCCTCACTATTCCTTTTGGACTGATTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTCATTCTGTCTGTGTTCTGCCTCACTATTCCTTTTGGACTGATTCTGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATCTTATGCCAGAATTGTGGTGGCAGTGCTGAGAGTTCCTGCTGGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATCTTATGCCAGAATTGTGGTGGCAGTGCTGAGAGTTCCTGCTGGGGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAGGAGAAGGGCTTTCTCCACATGCTCCTCCCACCTAGCTGTAGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCAGGAGAAGGGCTTTCTCCACATGCTCCTCCCACCTAGCTGTAGTGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACATTCTATGGAACGCTCATGATCTTTTATGTTGCACCCTCTGCTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACATTCTATGGAACGCTCATGATCTTTTATGTTGCACCCTCTGCTGTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCCCAGCTCCTCTCCAAGGTCTTCTCCCTGCTCTACACTGTGGTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTCCCAGCTCCTCTCCAAGGTCTTCTCCCTGCTCTACACTGTGGTCACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTCTCTTCAATCCTGTGATCTATACCATGAGGAACAAGGAGGTGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTCTCTTCAATCCTGTGATCTATACCATGAGGAACAAGGAGGTGCATCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 GCACTTCGGAAGATTCTCTGTATCAAACAAACTGAAACACTTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCACTTCGGAAGATTCTCTGTATCAAACAAACTGAAACACTTGAT