seq1 = pF1KE5432.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KE5432/gi568815587r_7695977.tfa (gi568815587r:7695977_7896942), 200966 bp

>pF1KE5432 966
>gi568815587r:7695977_7896942 (Chr11)

(complement)

1-966  (100001-100966)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTCCCTGAAGGACGGGAATCACACCGCTCTGACGGGGTTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATTCCCTGAAGGACGGGAATCACACCGCTCTGACGGGGTTCATCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTGGGCTTAACAGATGATCCAATCCTTCGAGTCATCCTCTTCATGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTGGGCTTAACAGATGATCCAATCCTTCGAGTCATCCTCTTCATGATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTATCTGGTAATCTCAGCATAATTATTCTTATCAGAATTTCTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTATCTGGTAATCTCAGCATAATTATTCTTATCAGAATTTCTTCTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCATCATCCTATGTATTTCTTTCTGAGCCACTTGGCTTTTGCTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCATCATCCTATGTATTTCTTTCTGAGCCACTTGGCTTTTGCTGACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCTATTCATCTTCTGTCACACCCAACATGCTTGTAAACTTCCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCTATTCATCTTCTGTCACACCCAACATGCTTGTAAACTTCCTGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAGAAATACAGTCTCCTACCTTGGATGTGCCATCCAGCTTGGTTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAGAAATACAGTCTCCTACCTTGGATGTGCCATCCAGCTTGGTTCAGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTTTCTTTGCAACAGTCGAATGCGTCCTTCTGGCTGCCATGGCCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCTTTCTTTGCAACAGTCGAATGCGTCCTTCTGGCTGCCATGGCCTATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCGCTTTGTGGCAATTTGCAGTCCACTGCTTTATTCAACCAAAATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCGCTTTGTGGCAATTTGCAGTCCACTGCTTTATTCAACCAAAATGTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACAAGTCAGTGTCCAGCTACTCTTAGTAGTTTACATAGCTGGTTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CACAAGTCAGTGTCCAGCTACTCTTAGTAGTTTACATAGCTGGTTTTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATTGCTGTCTCCTATACTACTTCCTTCTATTTTTTACTCTTCTGTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATTGCTGTCTCCTATACTACTTCCTTCTATTTTTTACTCTTCTGTGGACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AAATCAAGTCAATCATTTTTTCTGTGATTTCGCTCCCTTACTTGAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAATCAAGTCAATCATTTTTTCTGTGATTTCGCTCCCTTACTTGAACTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTGTTCTGATATCAGTGTCTCCACAGTTGTTCTCTCATTTTCTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTGTTCTGATATCAGTGTCTCCACAGTTGTTCTCTCATTTTCTTCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCATCATTGTGGTCACTGTGTGTGTCATAGCCGTCTGCTACATCTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCATCATTGTGGTCACTGTGTGTGTCATAGCCGTCTGCTACATCTATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTCATCACCATCCTGAAGATGCGCTCCACTGAGGGGCACCACAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCTCATCACCATCCTGAAGATGCGCTCCACTGAGGGGCACCACAAGGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCTCCACCTGCACTTCCCACCTCACTGTGGTTACCCTGTTCTATGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCTCCACCTGCACTTCCCACCTCACTGTGGTTACCCTGTTCTATGGGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATTACCTTCATTTATGTGATGCCCAATTTTAGCTACTCAACTGACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATTACCTTCATTTATGTGATGCCCAATTTTAGCTACTCAACTGACCAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAGGTGGTGTCTGTGTTGTACACAGTGGTGATTCCCATGTTGAACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAGGTGGTGTCTGTGTTGTACACAGTGGTGATTCCCATGTTGAACCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGATCTACAGCCTCAGGAACAAGGAGATTAAGGGGGCTCTGAAGAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGATCTACAGCCTCAGGAACAAGGAGATTAAGGGGGCTCTGAAGAGAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTTGTTAGAAAAATACTTTCTCATGATGCTTGTTATTTTAGTAGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTTGTTAGAAAAATACTTTCTCATGATGCTTGTTATTTTAGTAGAACTTC

    950     .    :    .
    951 AAATAATGATATTACA
        ||||||||||||||||
 100951 AAATAATGATATTACA