seq1 = pF1KE5429.tfa, 1005 bp
seq2 = pF1KE5429/gi568815596f_171899970.tfa (gi568815596f:171899970_172180403), 280434 bp

>pF1KE5429 1005
>gi568815596f:171899970_172180403 (Chr2)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-198  (161529-161686)   100% ->
199-348  (163742-163891)   100% ->
349-497  (165635-165783)   100% ->
498-540  (166295-166337)   100% ->
541-704  (170938-171101)   100% ->
705-802  (177828-177925)   100% ->
803-850  (179246-179293)   100% ->
851-929  (180159-180237)   100% ->
930-1005  (180359-180434)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCCCAGTGGCGTCCACCTGCTCGTCCGCAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGCGGCGCCCAGTGGCGTCCACCTGCTCGTCCGCAGAGGTA...CAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTCTCATAGAATTTTCTCTTCACCACTCAATCATATCTACTTACACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161530 TTCTCATAGAATTTTCTCTTCACCACTCAATCATATCTACTTACACAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTCAAGCAGTCAACAAAGAAGAAATTTCTTTTTTCGGAGACAAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161580 AGTCAAGCAGTCAACAAAGAAGAAATTTCTTTTTTCGGAGACAAAGAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTTCACACAGTATAGTTTTGCCGGCTGCAGTTTCTTCAGCTCATCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161630 ATTTCACACAGTATAGTTTTGCCGGCTGCAGTTTCTTCAGCTCATCCGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCTAAG         CACATAAAGAAGCCAGACTATGTGACGACAGGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161680 TCCTAAGGTA...AAGCACATAAAGAAGCCAGACTATGTGACGACAGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGTACCAGACTGGGGAGACAGCATAGAAGTTAAGAATGAAGATCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163776 TTGTACCAGACTGGGGAGACAGCATAGAAGTTAAGAATGAAGATCAGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAGGGCTTCATCAGGCTTGTCAGCTGGCCCGCCACGTCCTCCTCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163826 CAAGGGCTTCATCAGGCTTGTCAGCTGGCCCGCCACGTCCTCCTCTTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGGAAGAGTTTAAAG         GTTGACATGACAACTGAAGAGATAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 163876 TGGGAAGAGTTTAAAGGTG...TAGGTTGACATGACAACTGAAGAGATAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCTCTTGTTCATCGGGAAATCATCAGTCATAATGCCTATCCCTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165660 ATGCTCTTGTTCATCGGGAAATCATCAGTCATAATGCCTATCCCTCACCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTAGGCTATGGAGGTTTTCCAAAATCTGTTTGTACCTCTGTAAACAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165710 CTAGGCTATGGAGGTTTTCCAAAATCTGTTTGTACCTCTGTAAACAACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTCTGTCATGGTATTCCTGACAG         TCGACCTCTTCAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 165760 GCTCTGTCATGGTATTCCTGACAGGTA...TAGTCGACCTCTTCAGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGATATTATCAACATTGATGTCACA         GTCTATTACAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 166312 GAGATATTATCAACATTGATGTCACAGTG...TAGGTCTATTACAATGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACCATGGAGACACCTCTGAAACATTTTTGGTGGGCAATGTGGACGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170953 TACCATGGAGACACCTCTGAAACATTTTTGGTGGGCAATGTGGACGAATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGTAAAAAGTTAGTGGAGGTTGCCAGGAGGTGTAGAGATGAAGCAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171003 TGGTAAAAAGTTAGTGGAGGTTGCCAGGAGGTGTAGAGATGAAGCAATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGCTTGCAGAGCAGGGGCTCCCTTCTCTGTAATTGGAAACACAATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 171053 CAGCTTGCAGAGCAGGGGCTCCCTTCTCTGTAATTGGAAACACAATCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705         CCACATAACTCATCAGAATGGTTTTCAAGTCTGTCCACATTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171103 TA...AAGCCACATAACTCATCAGAATGGTTTTCAAGTCTGTCCACATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTGGGACATGGAATAGGATCTTACTTTCATGGACATCCAGAAATTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177870 TGTGGGACATGGAATAGGATCTTACTTTCATGGACATCCAGAAATTTGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATCATG         CAAACGACAGTGATCTACCCATGGAGGAGGGCATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177920 ATCATGGTA...CAGCAAACGACAGTGATCTACCCATGGAGGAGGGCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCATTCACTATAG         AGCCAATCATCACGGAGGGATCCCCTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 179281 GCATTCACTATAGGTA...CAGAGCCAATCATCACGGAGGGATCCCCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ATTTAAAGTCCTGGAGGATGCATGGACTGTGGTCTCCCTAGACAATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180187 ATTTAAAGTCCTGGAGGATGCATGGACTGTGGTCTCCCTAGACAATCAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 G         GTCGGCGCAGTTCGAGCACACGGTTCTGATCACGTCGAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180237 GGTG...CAGGTCGGCGCAGTTCGAGCACACGGTTCTGATCACGTCGAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    970 GGCGCGCAGATCCTGACCAAACTACCCCATGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180399 GGCGCGCAGATCCTGACCAAACTACCCCATGAGGCC