seq1 = pF1KE5428.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5428/gi568815582f_3255941.tfa (gi568815582f:3255941_3456876), 200936 bp

>pF1KE5428 936
>gi568815582f:3255941_3456876 (Chr16)

1-936  (100001-100936)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGGGGTGAATGATAGCTCCTTGCAGGGCTTTGTTCTGATGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGGGGTGAATGATAGCTCCTTGCAGGGCTTTGTTCTGATGGGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCGGACCATCCCCAGCTGGAGATGATCTTTTTTATAGCCATCCTCTTCT
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCAGACCATCCCCAGCTGGAGATGATCTTTTTTATAGCCATCCTCTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTATTTGCTGACCCTACTTGGGAACTCAACCATCATCTTGCTTTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTATTTGCTGACCCTACTTGGGAACTCAACCATCATCTTGCTTTCCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGAGGCCCGGCTCCATACACCCATGTACTTCTTCCTCAGCAACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGAGGCCCGGCTCCATACACCCATGTACTTCTTCCTCAGCAACCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCTTGGACCTTGCTTTCGCTACTAGTTCAGTCCCCCAAATGCTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCCTTGGACCTTGCTTTCGCTACTAGTTCAGTCCCCCAAATGCTGATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATTTATGGGGACCAGGCAAGACCATCAGCTATGGTGGCTGCATAACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATTTATGGGGACCAGGCAAGACCATCAGCTATGGTGGCTGCATAACCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTATGTCTTCCTTTGGCTGGGGGCCACCGAGTGCATCCTGCTGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTATGTCTTCCTTTGGCTGGGGGCCACCGAGTGCATCCTGCTGGTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCATTTGACCGCTACGTGGCAGTGTGCCGGCCCCTCCGCTACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCATTTGACCGCTACGTGGCAGTGTGCCGGCCCCTCCGCTACACCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCATGAACCCCCAGCTCTGCTGGCTGCTGGCTGTGATTGCCTGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100401 CCATCATGAACCCCCAGCTCTGCTGGCTGCTGGCTGTGATTGCCTGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGTGGCTTGGGCAACTCTGTGATCCAGTCAACATTCACTCTGCAGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTGGCTTGGGCAACTCTGTGATCCAGTCAACATTCACTCTGCAGCTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATTGTGTGGGCACCGGAGGGTGGAGGGATTCCTCTGCGAGGTGCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATTGTGTGGGCACCGGAGGGTGGAGGGATTCCTCTGCGAGGTGCCTGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGATCAAACTGGCCTGTGGCGACACAAGTCTCAACCAGGCTGTGCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGATCAAACTGGCCTGTGGCGACACAAGTCTCAACCAGGCTGTGCTCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGTGTCTGCACCTTCTTCACTGCAGTCCCACTAAGCATCATCGTGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTGTCTGCACCTTCTTCACTGCAGTCCCACTAAGCATCATCGTGATCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACTGCCTCATTGCTCAGGCAGTGCTGAAAATCCGCTCTGCAGAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACTGCCTCATTGCTCAGGCAGTGCTGAAAATCCGCTCTGCAGAGGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGCGAAAGGCGTTCAATACGTGCCTCTCCCATCTGCTGGTGGTGTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGCGAAAGGCGTTCAATACGTGCCTCTCCCATCTGCTGGTGGTGTTCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTATGGCTCAGCCAGCTATGGGTATCTGCTTCCGGCCAAGAACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTATGGCTCAGCCAGCTATGGGTATCTGCTTCCGGCCAAGAACAGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACAGGACCAGGGCAAGTTCATTTCCCTGTTCTACTCGTTGGTCACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACAGGACCAGGGCAAGTTCATTTCCCTGTTCTACTCGTTGGTCACACCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGTGAATCCCCTCATCTACACGCTGCGGAACATGGAAGTGAAGGGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGTGAATCCCCTCATCTACACGCTGCGGAACATGGAAGTGAAGGGCGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 CTGAGGAGGTTGCTGGGGAAAGGAAGAGAAGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAGGAGGTTGCTGGGGAAAGGAAGAGAAGTTGGC