seq1 = pF1KE5426.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE5426/gi568815579f_15628044.tfa (gi568815579f:15628044_15828988), 200945 bp

>pF1KE5426 945
>gi568815579f:15628044_15828988 (Chr19)

1-945  (100001-100945)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGGCTAAACCACACCTCCATGTCTGAATTCATCCTCGTCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGGGCTAAACCACACCTCCATGTCTGAATTCATCCTCGTCGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTGCCTTCCCCCACCTCCAACTGATGCTCTTCCTGCTGTTCCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTGCCTTCCCCCACCTCCAACTGATGCTCTTCCTGCTGTTCCTGCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACCTGTTCACACTGCTGGGCAACCTGCTCATCATGGCCACCGTCTGG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTACCTGTTCACGCTGCTGGGCAACCTGCTCATCATGGCCACCGTCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCGAGCGCAGCCTCCACACGCCCATGTACCTCTTCCTGTGCGTCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCGAGCGCAGCCTCCACACGCCCATGTACCTCTTCCTGTGCGTCCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTCTCCGAGATCCTCTACACCGTGGCCATCATCCCGCGCATGCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGTCTCCGAGATCCTCTACACCGTGGCCATCATCCCGCGCATGCTGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTGCTGTCCACCCAGCGCTCCATCGCCTTCCTGGCCTGTGCCAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTGCTGTCCACCCAGCGCTCCATCGCCTTCCTGGCCTGTGCCAGTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTTCTTCTCCTTCAGCTTTGGCTTCACCCACTCCTTCCTGCTCACCGT
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTTCTTCTCCTTCAGCTTCGGCTTCACCCACTCCTTCCTGCTCACCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGGCTACGACCGCTACGTGGCCATCTGCCACCCCCTGCGCTACAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGGGCTACGACCGCTACGTGGCCATCTGCCACCCCCTGCGCTACAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCTCATGAGCCCACGGGGCTGCGCCTGCCTGGTGGGCTGCTCCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCTCATGAGCCCACGGGGCTGCGCCTGCCTGGTGGGCTGCTCCTGGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGTGGCTCGGTCATGGGGATGGTGGTGACCTCGGCCATTTTCCAACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTGGCTCGGTCATGGGGATGGTGGTGACCTCGGCCATTTTCCAACTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCTGTGGATCCCATGAGATCCAGCATTTTTTATGTCATGTGCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCTGTGGATCCCATGAGATCCAGCATTTTTTATGTCATGTGCCACCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTTGAAGTTGGCCTGTGGAAATAATGTACCAGCTGTGGCCCTGGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTTGAAGTTGGCCTGTGGAAATAATGTACCAGCTGTGGCCCTGGGCGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCTTGGTATGTATCATGGCACTGCTGGGCTGTTTTCTCCTCATCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGCTTGGTATGTATCATGGCACTGCTGGGCTGTTTTCTCCTCATCCTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTCCTATGCCTTCATCGTGGCCGACATCTTGAAGATCCCTTCTGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTCCTATGCCTTCATCGTGGCCGACATCTTGAAGATCCCTTCTGCTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTCGGAACAAGGCCTTCTCCACCTGTGCCTCTCACCTTATTGTGGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTCGGAACAAGGCCTTCTCCACCTGTGCCTCTCACCTTATTGTGGTCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGCACTATGGCTTTGCCTCTGTCATCTACCTCAAGCCCAAAGGTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGCACTATGGCTTTGCCTCTGTCATCTACCTCAAGCCCAAAGGTCCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCTCAGGAGGGTGACACCCTGATGGCCACCACCTACGCAGTCCTCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCTCAGGAGGGTGACACCCTGATGGCCACCACCTACGCAGTCCTCACGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCTTCCTCAGCCCCATCATCTTCAGCCTCAGGAACAAAGAACTGAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCTTCCTCAGCCCCATCATCTTCAGCCTCAGGAACAAAGAACTGAAGGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 GCCATGAAGAGGACCTTCCTCAGCACACTCTATTCCTCAGGCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCATGAAGAGGACCTTCCTCAGCACACTCTATTCCTCAGGCACC