seq1 = pF1KE5423.tfa, 1044 bp
seq2 = pF1KE5423/gi568815595r_131362726.tfa (gi568815595r:131362726_131602821), 240096 bp

>pF1KE5423 1044
>gi568815595r:131362726_131602821 (Chr3)

(complement)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-277  (101107-101291)   100% ->
278-369  (102301-102392)   100% ->
370-468  (104545-104643)   100% ->
469-568  (112742-112841)   100% ->
569-629  (115082-115142)   100% ->
630-738  (131543-131651)   100% ->
739-816  (133049-133126)   100% ->
817-894  (134654-134731)   100% ->
895-1044  (139947-140096)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGGTTGGAGGCTGCTGACGCAGGTCGGCGCCCAGGTGCTGGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGGTTGGAGGCTGCTGACGCAGGTCGGCGCCCAGGTGCTGGGTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTCGGGGACGGCCTGGGTGCTGCCCTGGGCCCGGGGAACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 ACTCGGGGACGGCCTGGGTGCTGCCCTGGGCCCGGGGAACAGGTA...TA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  AACACACATCTGGCTTTTTGTTAGAGGTCTTCATGGAAAGAGTGGTACA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101106 GAACACACATCTGGCTTTTTGTTAGAGGTCTTCATGGAAAGAGTGGTACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGTGGGATGAGCATCTTTCTGAAGAAAATGTCCCATTCATTAAGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101156 TGGTGGGATGAGCATCTTTCTGAAGAAAATGTCCCATTCATTAAGCAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTCTCTGATGAAGATAAAGCCCAATTAGCAAGTAAACTGTGTCCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101206 GGTCTCTGATGAAGATAAAGCCCAATTAGCAAGTAAACTGTGTCCTCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGATGAACCATGGCCTATACATCCTTGGGAACCAG         GTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101256 AAGATGAACCATGGCCTATACATCCTTGGGAACCAGGTG...CAGGTTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTAGAGTTGGTCTTATTGCCTTGAAGCTGGGCATGATGCCTTTATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102306 TTTAGAGTTGGTCTTATTGCCTTGAAGCTGGGCATGATGCCTTTATGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGGATGGTCAAAAGCATGTGGTCACATTACTTCAG         GTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102356 CAAGGATGGTCAAAAGCATGTGGTCACATTACTTCAGGTA...TAGGTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGACTGTCATGTCTTAAAATATACGTCAAAGGAAAACTGTAATGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104549 AAGACTGTCATGTCTTAAAATATACGTCAAAGGAAAACTGTAATGGAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGGCAACCCTGTCTGTAGGAGGAAAAACTGTATCACGTTTTCGT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104599 ATGGCAACCCTGTCTGTAGGAGGAAAAACTGTATCACGTTTTCGTGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     AAAGCTACATCCATATTGGAATTTTACCGGGAACTTGGATTGCCGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104649 .TAGAAAGCTACATCCATATTGGAATTTTACCGGGAACTTGGATTGCCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGAAACAGACAGTTAAAATCTTTAATATAACAGATAATGCTGCAATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112788 CGAAACAGACAGTTAAAATCTTTAATATAACAGATAATGCTGCAATTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAG         GCACTCCTCTTTATGCTGCTCACTTTCGTCCAGGACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112838 CCAGGTA...AAGGCACTCCTCTTTATGCTGCTCACTTTCGTCCAGGACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTATGTGGATGTCACAGCCAAAAC         TATTGGTAAAGGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 115119 GTATGTGGATGTCACAGCCAAAACGTA...CAGTATTGGTAAAGGTTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGGTGTCATGAAAAGATGGGGATTTAAAGGCCAGCCTGCTACGCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131560 AAGGTGTCATGAAAAGATGGGGATTTAAAGGCCAGCCTGCTACGCATGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAAACGAAAACCCACAGGAGACCTGGAGCTGTTGCAACTGGT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 131610 CAAACGAAAACCCACAGGAGACCTGGAGCTGTTGCAACTGGTGTG...TA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739  GATATTGGCAGAGTCTGGCCTGGAACTAAAATGCCTGGAAAAATGGGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133048 GGATATTGGCAGAGTCTGGCCTGGAACTAAAATGCCTGGAAAAATGGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACATATACAGGACAGAATATGGACTGAAA         GTGTGGAGAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 133098 ACATATACAGGACAGAATATGGACTGAAAGTA...TAGGTGTGGAGAATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AACACAAAGCACAACATAATCTATGTAAATGGCTCTGTACCTGGACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134666 AACACAAAGCACAACATAATCTATGTAAATGGCTCTGTACCTGGACATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAATTGCTTAGTAAAG         GTCAAAGATTCTAAACTGCCTGCAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 134716 AAATTGCTTAGTAAAGGTA...CAGGTCAAAGATTCTAAACTGCCTGCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATAAGGATCTCGGTAAAAATCTACCATTCCCTACATATTTTCCTGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139972 ATAAGGATCTCGGTAAAAATCTACCATTCCCTACATATTTTCCTGATGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GATGAAGAGGAACTGCCAGAAGATTTGTATGATGAAAACGTGTGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140022 GATGAAGAGGAACTGCCAGAAGATTTGTATGATGAAAACGTGTGTCAGCC

   1100     .    :    .    :    .
   1020 CGGTGCGCCTTCTATTACATTTGCC
        |||||||||||||||||||||||||
 140072 CGGTGCGCCTTCTATTACATTTGCC