seq1 = pF1KE5422.tfa, 996 bp
seq2 = pF1KE5422/gi568815587f_18312718.tfa (gi568815587f:18312718_18551124), 238407 bp

>pF1KE5422 996
>gi568815587f:18312718_18551124 (Chr11)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-244  (102467-102584)   100% ->
245-418  (117020-117193)   100% ->
419-592  (122023-122196)   100% ->
593-710  (125811-125928)   100% ->
711-834  (133493-133616)   99% ->
835-996  (138246-138407)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAACTGTCAAGGAGCAGCTAATTGAGAAGCTAATTGAGGATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAACTGTCAAGGAGCAGCTAATTGAGAAGCTAATTGAGGATGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAACTCCCAGTGTAAAATTACTATTGTTGGAACTGGTGCCGTAGGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAACTCCCAGTGTAAAATTACTATTGTTGGAACTGGTGCCGTAGGCATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTGTGCTATTAGTATCTTACTGAAG         GATTTGGCTGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 CTTGTGCTATTAGTATCTTACTGAAGGTG...TAGGATTTGGCTGATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGCCCTTGTTGATGTTGCATTGGACAAACTGAAGGGAGAAATGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102482 CTTGCCCTTGTTGATGTTGCATTGGACAAACTGAAGGGAGAAATGATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTTCAGCATGGCAGTCTTTTCTTTAGTACTTCAAAGATTACTTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102532 TCTTCAGCATGGCAGTCTTTTCTTTAGTACTTCAAAGATTACTTCTGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAG         ATTACAGTGTATCTGCAAACTCCAGAATAGTTATTGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102582 AAGGTT...TAGATTACAGTGTATCTGCAAACTCCAGAATAGTTATTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAGCAGGTGCAAGGCAGCAGGAGGGAGAAACTCGCCTTGCCCTGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117058 ACAGCAGGTGCAAGGCAGCAGGAGGGAGAAACTCGCCTTGCCCTGGTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACGTAATGTGGCTATAATGAAATCAATCATTCCTGCCATAGTCCATTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117108 ACGTAATGTGGCTATAATGAAATCAATCATTCCTGCCATAGTCCATTATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTCCTGATTGTAAAATTCTTGTTGTTTCAAATCCAG         TGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117158 GTCCTGATTGTAAAATTCTTGTTGTTTCAAATCCAGGTG...TAGTGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTTTGACATATATAGTCTGGAAGATAAGTGGCTTACCTGTAACTCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122028 ATTTTGACATATATAGTCTGGAAGATAAGTGGCTTACCTGTAACTCGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AATTGGAAGTGGTTGTAATCTAGACTCTGCCCGTTTCCGTTACCTAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122078 AATTGGAAGTGGTTGTAATCTAGACTCTGCCCGTTTCCGTTACCTAATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAGAAAAGTTGGGTGTCCACCCCACAAGCTGCCATGGTTGGATTATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122128 GAGAAAAGTTGGGTGTCCACCCCACAAGCTGCCATGGTTGGATTATTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAACATGGTGATTCTAGTG         TGCCCTTATGGAGTGGGGTGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 122178 GAACATGGTGATTCTAGTGGTA...TAGTGCCCTTATGGAGTGGGGTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTTGCTGGTGTTGCTCTGAAGACTCTGGACCCTAAATTAGGAACGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125833 TGTTGCTGGTGTTGCTCTGAAGACTCTGGACCCTAAATTAGGAACGGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGATAAGGAACACTGGAAAAATATCCATAAACAAGTTATTCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 125883 CAGATAAGGAACACTGGAAAAATATCCATAAACAAGTTATTCAAAGGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711      TGCCTATGAAATTATCAAGCTGAAGGGGTATACCTCTTGGGCTAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125933 ..TAGTGCCTATGAAATTATCAAGCTGAAGGGGTATACCTCTTGGGCTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGACTGTCTGTGATGGATCTGGTAGGATCCATTTTGAAAAATCTTAGGA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 133538 TGGACTGTCTGTGATGGATTTGGTAGGATCCATTTTGAAAAATCTTAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GAGTGCACCCAGTTTCCACCATGGTTAAG         GGATTATATGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 133588 GAGTGCACCCAGTTTCCACCATGGTTAAGGTA...CAGGGATTATATGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATAAAAGAAGAACTCTTTCTCAGTATCCCTTGTGTCTTGGGGCGGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138258 ATAAAAGAAGAACTCTTTCTCAGTATCCCTTGTGTCTTGGGGCGGAATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTCTCAGATGTTGTGAAAATTAACTTGAATTCTGAGGAGGAGGCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138308 TGTCTCAGATGTTGTGAAAATTAACTTGAATTCTGAGGAGGAGGCCCTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCAAGAAGAGTGCAGAAACACTTTGGAATATTCAAAAGGATCTAATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138358 TCAAGAAGAGTGCAGAAACACTTTGGAATATTCAAAAGGATCTAATATTT