seq1 = pF1KE5420.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE5420/gi568815582f_24156755.tfa (gi568815582f:24156755_24461860), 305106 bp

>pF1KE5420 945
>gi568815582f:24156755_24461860 (Chr16)

1-211  (100001-100211)   100% ->
212-295  (189980-190063)   100% ->
296-436  (198079-198219)   100% ->
437-945  (204598-205106)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGATGTGTGACAGAGGTATCCAGATGTTGATCACCACTGTAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGATGTGTGACAGAGGTATCCAGATGTTGATCACCACTGTAGGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTGCCGCTTTTAGTTTAATGACCATTGCAGTGGGCACGGACTACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTGCCGCTTTTAGTTTAATGACCATTGCAGTGGGCACGGACTACTGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATATTCCAGAGGTGTGTGCAGGACTAAATCTACAAGTGATAATGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TATATTCCAGAGGTGTGTGCAGGACTAAATCTACAAGTGATAATGAAACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCAGGAAGAATGAAGAAGTAATGACCCATTCGGGGCTGTGGAGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCAGGAAGAATGAAGAAGTAATGACCCATTCGGGGCTGTGGAGGACCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCCTAGAAG         GGGCTTTCCGAGGCGTGTGCAAGAAAATCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGCCTAGAAGGTA...CAGGGGCTTTCCGAGGCGTGTGCAAGAAAATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCACTTCCCTGAAGATGCTGACTACGAACAGGACACAGCCGAATATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190010 ATCACTTCCCTGAAGATGCTGACTACGAACAGGACACAGCCGAATATCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGC         GAGCTGTGAGGGCCTCCAGTGTCTTCCCCATCCTCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190060 CTGCGTA...CAGGAGCTGTGAGGGCCTCCAGTGTCTTCCCCATCCTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTCACGCTGCTGTTCTTCGGCGGGCTCTGCGTGGCAGCCAGTGAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198116 TGTCACGCTGCTGTTCTTCGGCGGGCTCTGCGTGGCAGCCAGTGAGTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCGCAGCAGACACAACGTCATTCTCAGCGCGGGCATCTTTTTTGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198166 ACCGCAGCAGACACAACGTCATTCTCAGCGCGGGCATCTTTTTTGTCTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCAG         GGTTAAGCAACATCATTGGCATCATAGTTTATATATC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198216 GCAGGTG...TAGGGTTAAGCAACATCATTGGCATCATAGTTTATATATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCCAACGCCGGAGACCCCGGGCAGCGTGACTCCAAAAAAAGTTACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204635 AGCCAACGCCGGAGACCCCGGGCAGCGTGACTCCAAAAAAAGTTACTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGGTTGGTCCTTTTATTTCGGAGCCTTCTCTTTCATCATCGCAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204685 ATGGTTGGTCCTTTTATTTCGGAGCCTTCTCTTTCATCATCGCAGAAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTAGGAGTGGTTGCCGTGCACATCTATATTGAAAAACATCAGCAGTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204735 GTAGGAGTGGTTGCCGTGCACATCTATATTGAAAAACATCAGCAGTTACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGCCAAATCCCACTCGGAGTTCCTGAAGAAATCTACTTTTGCCCGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204785 AGCCAAATCCCACTCGGAGTTCCTGAAGAAATCTACTTTTGCCCGCCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CACCCTACAGGTATCGATTCCGGAGGCGGTCAAGTTCTCGCTCCACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204835 CACCCTACAGGTATCGATTCCGGAGGCGGTCAAGTTCTCGCTCCACCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCCAGATCCCGAGACCTGTCCCCCATCAGCAAAGGCTTCCACACCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204885 CCCAGATCCCGAGACCTGTCCCCCATCAGCAAAGGCTTCCACACCATCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TTCCACTGACATCTCGATGTTCACCCTCTCCCGGGACCCCTCAAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204935 TTCCACTGACATCTCGATGTTCACCCTCTCCCGGGACCCCTCAAAGATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCATGGGGACCCTCCTCAACTCCGACCGGGACCACGCTTTTCTACAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204985 CCATGGGGACCCTCCTCAACTCCGACCGGGACCACGCTTTTCTACAGTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CACAATTCCACACCCAAAGAGTTCAAAGAGTCACTGCATAATAATCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205035 CACAATTCCACACCCAAAGAGTTCAAAGAGTCACTGCATAATAATCCGGC

    950     .    :    .    :
    924 CAACAGGCGCACCACGCCCGTC
        ||||||||||||||||||||||
 205085 CAACAGGCGCACCACGCCCGTC