seq1 = pF1KE5418.tfa, 954 bp
seq2 = pF1KE5418/gi568815594f_55246337.tfa (gi568815594f:55246337_55470088), 223752 bp

>pF1KE5418 954
>gi568815594f:55246337_55470088 (Chr4)

1-221  (100001-100221)   100% ->
222-364  (113010-113152)   100% ->
365-562  (117738-117935)   100% ->
563-697  (121252-121386)   100% ->
698-954  (123496-123752)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCCTGGGCGGAGGCCGAGCACTCGGCGCTGAACCCGCTGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCCCTGGGCGGAGGCCGAGCACTCGGCGCTGAACCCGCTGCGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGTGGCTCACGCTGACCGCCGCCTTCCTGCTGACCCTACTGCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGTGGCTCACGCTGACCGCCGCCTTCCTGCTGACCCTACTGCTGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGCCGCCCGGCCTGCTCCCGGGCTGCGCGATCTTCCAGGACCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGCCGCCCGGCCTGCTCCCGGGCTGCGCGATCTTCCAGGACCTGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTATGGGAAAACCAAGTGTGGGGAGCCGTCGCGCCCCGCCGCCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCTATGGGAAAACCAAGTGTGGGGAGCCGTCGCGCCCCGCCGCCTGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCCTTTGATGTCCCCAAGAG         ATATTTTTCCCACTTTTATA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100201 AGCCTTTGATGTCCCCAAGAGGTA...CAGATATTTTTCCCACTTTTATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCATCTCAGTGCTGTGGAATGGCTTCCTGCTTTGGTGCCTTACTCAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113030 TCATCTCAGTGCTGTGGAATGGCTTCCTGCTTTGGTGCCTTACTCAATCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGTTCCTGGGAGCACCTTTTCCAAGCTGGCTTCATGGTTTGCTCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113080 CTGTTCCTGGGAGCACCTTTTCCAAGCTGGCTTCATGGTTTGCTCAGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCTCGGGGCGGCACAGTTCCAGG         GAGGGGAGCTGGCACTGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 113130 TCTCGGGGCGGCACAGTTCCAGGGTA...TAGGAGGGGAGCTGGCACTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGCATTCTTAGTGCTAGTATTTCTGTGGCTGCACAGCTTACGAAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117756 CTGCATTCTTAGTGCTAGTATTTCTGTGGCTGCACAGCTTACGAAGACTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCGAGTGCCTCTACGTCAGTGTCTTCTCCAATGTCATGATTCACGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117806 TTCGAGTGCCTCTACGTCAGTGTCTTCTCCAATGTCATGATTCACGTCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCAGTACTGTTTTGGACTTGTCTATTATGTCCTTGTTGGCCTAACTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117856 GCAGTACTGTTTTGGACTTGTCTATTATGTCCTTGTTGGCCTAACTGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGAGCCAAGTGCCAATGGATGGCAGGAATG         CCTACATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 117906 TGAGCCAAGTGCCAATGGATGGCAGGAATGGTG...TAGCCTACATAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGGAAAAATCTATTGATGCAAGCACGGTGGTTCCATATTCTTGGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121263 GGGAAAAATCTATTGATGCAAGCACGGTGGTTCCATATTCTTGGGATGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GATGTTCATCTGGTCATCTGCCCATCAGTATAAGTGCCATGTTATTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121313 GATGTTCATCTGGTCATCTGCCCATCAGTATAAGTGCCATGTTATTCTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCAATCTCAGGAAAAATAAAGCAG         GAGTGGTCATTCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 121363 GCAATCTCAGGAAAAATAAAGCAGGTG...CAGGAGTGGTCATTCACTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACCACAGGATCCCATTTGGAGACTGGTTTGAATATGTTTCTTCCCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123513 AACCACAGGATCCCATTTGGAGACTGGTTTGAATATGTTTCTTCCCCTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTACTTAGCAGAGCTGATGATCTACGTTTCCATGGCCGTCACCTTTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123563 CTACTTAGCAGAGCTGATGATCTACGTTTCCATGGCCGTCACCTTTGGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCACAACTTAACTTGGTGGCTAGTGGTGACAAATGTCTTCTTTAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123613 TCCACAACTTAACTTGGTGGCTAGTGGTGACAAATGTCTTCTTTAATCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCCCTGTCTGCCTTTCTCAGCCACCAATTCTACAAAAGCAAATTTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123663 GCCCTGTCTGCCTTTCTCAGCCACCAATTCTACAAAAGCAAATTTGTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTACCCGAAGCATAGGAAAGCTTTCCTACCATTTTTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123713 TTACCCGAAGCATAGGAAAGCTTTCCTACCATTTTTGTTT