seq1 = pF1KE5415.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KE5415/gi568815586f_4441882.tfa (gi568815586f:4441882_4658990), 217109 bp

>pF1KE5415 1056
>gi568815586f:4441882_4658990 (Chr12)

1-17  (97059-97075)   100% ->
18-67  (100003-100052)   100% ->
68-209  (101882-102023)   100% ->
210-260  (103901-103951)   100% ->
261-370  (104428-104537)   100% ->
371-457  (106211-106297)   100% ->
458-607  (106806-106955)   100% ->
608-772  (111102-111266)   100% ->
773-922  (114472-114621)   100% ->
923-1056  (116976-117109)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCGGCCTGTGAG         ACATAAGAAACCAGTCAATTACTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  97059 ATGGTGCGGCCTGTGAGGTG...TAGACATAAGAAACCAGTCAATTACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACAGTTTGACCACTCTGACAGTGATG         ATGATTTTGTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100027 ACAGTTTGACCACTCTGACAGTGATGGTA...TAGATGATTTTGTTTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CAACTGTACCTTTAAACAAGAAATCCAGAACAGCACCAAAGGAGTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101897 CAACTGTACCTTTAAACAAGAAATCCAGAACAGCACCAAAGGAGTTAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAAGATAAACCAAAACCTAACTTGAACAATCTCCGGAAAGAAGAAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101947 CAAGATAAACCAAAACCTAACTTGAACAATCTCCGGAAAGAAGAAATCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGTACAAGAGAAAACCCCTAAAAAAAG         ACTCCCTGAAGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101997 AGTACAAGAGAAAACCCCTAAAAAAAGGTG...CAGACTCCCTGAAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTTTTAGTATTCCAGCTAGTGCAGTGCCTTGTACAAA         GATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103915 CTTTTAGTATTCCAGCTAGTGCAGTGCCTTGTACAAAGTA...TAGGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GCTTTAGATGACAAGCTCTACCAGAGAGACTTAGAAGTTGCACTAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104432 GCTTTAGATGACAAGCTCTACCAGAGAGACTTAGAAGTTGCACTAGCTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 ATCAGTGAAGGAACTTCCAACAGTCACCACTAATGTGCAGAACTCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104482 ATCAGTGAAGGAACTTCCAACAGTCACCACTAATGTGCAGAACTCTCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATAAAA         GCATTGAAAAACATGGCAGTAGTAAAATAGAAACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104532 ATAAAAGTA...TAGGCATTGAAAAACATGGCAGTAGTAAAATAGAAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATGAATAAGTCTCCTCATATCTCTAATTGCAGTGTAGCCAGTGATTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106246 ATGAATAAGTCTCCTCATATCTCTAATTGCAGTGTAGCCAGTGATTATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AG         ATTTGGATAAGATTACTGTGGAAGATGATGTTGGTGGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106296 AGGTA...AAGATTTGGATAAGATTACTGTGGAAGATGATGTTGGTGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTCAAGGGAAAAGAAAAGCAGCATCTAAAGCTGCAGCACAGCAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106845 TTCAAGGGAAAAGAAAAGCAGCATCTAAAGCTGCAGCACAGCAGAGGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATTCTTCTGGAAGGCAGTGATGGTGATAGTGCTAATGACACTGAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106895 ATTCTTCTGGAAGGCAGTGATGGTGATAGTGCTAATGACACTGAACCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTTTGCACCTG         GTGAAGATTCTGAGGATGATTCTGATTTTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106945 CTTTGCACCTGGTA...TAGGTGAAGATTCTGAGGATGATTCTGATTTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTGAGAGTGAGGATAATGACGAAGACTTCTCTATGAGAAAAAGTAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111132 GTGAGAGTGAGGATAATGACGAAGACTTCTCTATGAGAAAAAGTAAAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAAGAAATTAAAAAGAAAGAAGTGAAGGTAAAATCCCCAGTAGAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111182 AAAGAAATTAAAAAGAAAGAAGTGAAGGTAAAATCCCCAGTAGAAAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAGAAGAAATCTAAATCCAAATGTAATGCTTTGG         TGACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 111232 AGAGAAGAAATCTAAATCCAAATGTAATGCTTTGGGTA...AAGTGACTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CGGTGGACTCTGCTCCAGCTGCCGTCAAATCAGAATCTCAGTCCTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114478 CGGTGGACTCTGCTCCAGCTGCCGTCAAATCAGAATCTCAGTCCTTGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAAAAGGTTTCTCTGTCTTCAGATACCACTAGGAAACCATTAGAAATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114528 AAAAAGGTTTCTCTGTCTTCAGATACCACTAGGAAACCATTAGAAATACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGTCCTTCAGCTGAAAGCAAGAAACCTAAATGGGTCCCACCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114578 CAGTCCTTCAGCTGAAAGCAAGAAACCTAAATGGGTCCCACCAGGTA...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    923    CGGCATCTGGAGGTAGCAGAAGTAGCAGCAGCCCACTGGTGGTAGTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116973 CAGCGGCATCTGGAGGTAGCAGAAGTAGCAGCAGCCCACTGGTGGTAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCTGTGAAGTCTCCCAATCAGAGTCTCCGCCTTGGCTTGTCCAGATTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117023 TCTGTGAAGTCTCCCAATCAGAGTCTCCGCCTTGGCTTGTCCAGATTAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1020 ACGAGTTAAACCTTTGCATCCAAATGCCACTAGCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117073 ACGAGTTAAACCTTTGCATCCAAATGCCACTAGCACC