seq1 = pF1KE5410.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5410/gi568815592f_29487945.tfa (gi568815592f:29487945_29688880), 200936 bp

>pF1KE5410 936
>gi568815592f:29487945_29688880 (Chr6)

1-936  (100001-100936)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTAACCAAAGCTCCACACCGGGCTTCCTCCTTCTGGGCTTCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTAACCAAAGCTCCACACCGGGCTTCCTCCTTCTGGGCTTCTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACACCCGGGGCTGGAAAGGACTCTCTTCGTGGTTGTCTTCACTTCCTACC
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100051 ACACCCAGGGCTGGAAAGGACTCTCTTCGTGGTTGTCCTCACTTCCTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTAACCCTAGTGGGCAACACACTCATCATCCTGCTGTCTGCGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTAACCCTAGTGGGCAACACACTCATCATCCTGCTGTCTGCGCTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCAAGCTCCACTCTCCAATGTACTTTTTCCTCTCCAACCTCTCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCAAGCTCCACTCTCCAATGTACTTTTTCCTCTCCAACCTCTCCTTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACCTCTGTTTCACCACGAGTTGTGTTCCCCAAATGCTGGTCAACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACCTCTGTTTCACCACGAGTTGTGTTCCCCAAATGCTGGTCAACCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGGCCCAAAGAAGACCATCAGCTTCCTGGACTGCTCTGTCCAGATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGGCCCAAAGAAGACCATCAGCTTCCTGGACTGCTCTGTCCAGATCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCTTCCTGTCCCTGGGGACAACTGAGTGCATCCTCTTGACAGTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCTTCCTGTCCCTGGGGACAACTGAGTGCATCCTCTTGACAGTGATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTTTGATCGCTACGTGGCTGTCTGCCAGCCCCTCCACTATGCCACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTTTGATCGCTACGTGGCTGTCTGCCAGCCCCTCCACTATGCCACCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCACCCCCGCCTGTGCTGGCAGCTGGCATCTGTGGCCTGGGTCATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCACCCCCGCCTGTGCTGGCAGCTGGCATCTGTGGCCTGGGTCATTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTAGTGGAGTCAGTGGTCCAGACACCATCCACCCTGCACCTGCCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTAGTGGAGTCAGTGGTCCAGACACCATCCACCCTGCACCTGCCCTTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCCGATCGGCAGGTGGATGATTTTGTCTGTGAGGTCCCAGCTCTAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCCGATCGGCAGGTGGATGATTTTGTCTGTGAGGTCCCAGCTCTAATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GACTCTCCTGTGAAGACACCTCCTACAATGAGATCCAGGTGGCTGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GACTCTCCTGTGAAGACACCTCCTACAATGAGATCCAGGTGGCTGTTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGTGTCTTCATCTTGGTTGTGCCTCTCAGCCTCATCCTTGTCTCTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGTGTCTTCATCTTGGTTGTGCCTCTCAGCCTCATCCTTGTCTCTTACGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGCCATTACCTGGGCAGTGCTGAGGATTAACTCTGCAAAAGGGCGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGCCATTACCTGGGCAGTGCTGAGGATTAACTCTGCAAAAGGGCGGAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAGCTTTTGGGACCTGCTCCTCCCATCTCACTGTGGTCACCCTCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAGCTTTTGGGACCTGCTCCTCCCATCTCACTGTGGTCACCCTCTTCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCTCAGTCATTGCTGTCTACCTCCAGCCCAAAAATCCCTATGCCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCTCAGTCATTGCTGTCTACCTCCAGCCCAAAAATCCCTATGCCCAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAGGGGCAAGTTCTTTGGTCTCTTCTATGCAGTGGGCACTCCTTCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAGGGGCAAGTTCTTTGGTCTCTTCTATGCAGTGGGCACTCCTTCACTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACCCTCTCATATACACCCTGAGGAACAAGGAGGTAACCAGGGCATTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACCCTCTCATATACACCCTGAGGAACAAGGAGGTAACCAGGGCATTCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 AGATTGCTGGGGAAGGAAATGGGGCTCACACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGATTGCTGGGGAAGGAAATGGGGCTCACACAAAGC