seq1 = pF1KE5409.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KE5409/gi568815588f_114838254.tfa (gi568815588f:114838254_115075376), 237123 bp

>pF1KE5409 1047
>gi568815588f:114838254_115075376 (Chr10)

1-286  (100001-100286)   100% ->
287-385  (104392-104490)   100% ->
386-441  (112841-112896)   100% ->
442-523  (121473-121554)   100% ->
524-596  (132115-132187)   100% ->
597-736  (133882-134021)   100% ->
737-793  (136076-136132)   100% ->
794-1047  (136870-137123)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCTTCTGAGGCGGCGGTGGTGTCTTCGCCGTCTTTGAAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCTTCTGAGGCGGCGGTGGTGTCTTCGCCGTCTTTGAAAACAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACATCCCCTGTCCTTGAAACTGCAGGAACGGTCGCAGCAATGGCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACATCCCCTGTCCTTGAAACTGCAGGAACGGTCGCAGCAATGGCTGCGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCGTCAGCAAGGGCTGCAGCCGCGGTGGTTGCGGCCGCGGCCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCGTCAGCAAGGGCTGCAGCCGCGGTGGTTGCGGCCGCGGCCAGGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGATCCGAAGCCAGGGTCTCCAAGGCCGCTTTGGCTACCAAGCTGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGATCCGAAGCCAGGGTCTCCAAGGCCGCTTTGGCTACCAAGCTGCTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTGAGCGGCGTGTTCGCCGTGCACAAGCCCAAAGGGCCCACTTCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTGAGCGGCGTGTTCGCCGTGCACAAGCCCAAAGGGCCCACTTCAGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCTGCTGAATCGGTTGAAGGAGAAGCTGCTGGCAG         AAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100251 AGCTGCTGAATCGGTTGAAGGAGAAGCTGCTGGCAGGTA...TAGAAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGAATGCCTTCTCCAGAATGGACCAAGAGGAAAAAGCAGACTTTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104397 GGAATGCCTTCTCCAGAATGGACCAAGAGGAAAAAGCAGACTTTGAAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGGCATGGAGGGACTCTAGACAGCGCAGCCCGAGGAGTTCTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104447 TGGGCATGGAGGGACTCTAGACAGCGCAGCCCGAGGAGTTCTGGGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386    TTGTTGGAATTGGAAGCGGAACAAAAATGTTGACCAGTATGTTGTCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112838 TAGTTGTTGGAATTGGAAGCGGAACAAAAATGTTGACCAGTATGTTGTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGTCCAAG         AGATATACTGCCATTGGAGAACTGGGGAAAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112888 GGGTCCAAGGTA...TAGAGATATACTGCCATTGGAGAACTGGGGAAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TACTGATACACTAGATTCTACGGGGAGGGTAACAGAAGAAAAACCTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121505 TACTGATACACTAGATTCTACGGGGAGGGTAACAGAAGAAAAACCTTACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524          ATAAAATAACACAAGAAGATATTGAAGGCATTCTACAGAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121555 GTA...CAGATAAAATAACACAAGAAGATATTGAAGGCATTCTACAGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTACTGGAAATATAATGCAAGTGCCCCCCCT         CTATTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 132156 TTTACTGGAAATATAATGCAAGTGCCCCCCCTGTA...AAGCTATTCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATTAAAGAAAGATGGACAAAGACTTTCGACTTTGATGAAGAGAGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133891 ATTAAAGAAAGATGGACAAAGACTTTCGACTTTGATGAAGAGAGGTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCGTAGAAGCAAAACCTGCCAGGCCAGTGACTGTATACAGTATCTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133941 TCGTAGAAGCAAAACCTGCCAGGCCAGTGACTGTATACAGTATCTCCCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAAAAATTCCAGCCACCATTTTTCACATTAG         ATGTTGAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 133991 CAAAAATTCCAGCCACCATTTTTCACATTAGGTA...CAGATGTTGAATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGGAGGAGGTTTTTATATCAGAAGCTTGGTCAGTGACATTGGAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 136086 TGGAGGAGGTTTTTATATCAGAAGCTTGGTCAGTGACATTGGAAAAGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    794       AACTATCTTCCTGTGCCAATGTGCTAGAGCTGACCCGAACCAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136136 ...TAGAACTATCTTCCTGTGCCAATGTGCTAGAGCTGACCCGAACCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGGGACCATTTACGCTAGAAGAACATGCCCTTCCTGAAGACAAATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136914 CAGGGACCATTTACGCTAGAAGAACATGCCCTTCCTGAAGACAAATGGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AATTGATGACATTGCACAGTCTCTTGAGCATTGCTCATCTCTTTTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136964 AATTGATGACATTGCACAGTCTCTTGAGCATTGCTCATCTCTTTTCCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGAGTTGGCACTTAAAAAATCAAAACCTGAGTCTAATGAACAGGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137014 CAGAGTTGGCACTTAAAAAATCAAAACCTGAGTCTAATGAACAGGTTTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCTGTGAATATATAACTCTAAATGAGCCAAAGAGAGAAGATGATGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137064 AGCTGTGAATATATAACTCTAAATGAGCCAAAGAGAGAAGATGATGTAAT

   1100     .    :
   1038 TAAGACGTGT
        ||||||||||
 137114 TAAGACGTGT